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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cjq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a trimeric influenza hemagglutinin stem in complex with an broadly neutralizing antibody CR9114 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / hemagglutinin / trimer / influenza / immunogen / monoclonal / antibody / neutralizing / influenza vaccine / glycoprotein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, X. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2015 タイトル: A stable trimeric influenza hemagglutinin stem as a broadly protective immunogen. 著者: Impagliazzo, A. / Milder, F. / Kuipers, H. / Wagner, M.V. / Zhu, X. / Hoffman, R.M. / van Meersbergen, R. / Huizingh, J. / Wanningen, P. / Verspuij, J. / de Man, M. / Ding, Z. / Apetri, A. / ...著者: Impagliazzo, A. / Milder, F. / Kuipers, H. / Wagner, M.V. / Zhu, X. / Hoffman, R.M. / van Meersbergen, R. / Huizingh, J. / Wanningen, P. / Verspuij, J. / de Man, M. / Ding, Z. / Apetri, A. / Kukrer, B. / Sneekes-Vriese, E. / Tomkiewicz, D. / Laursen, N.S. / Lee, P.S. / Zakrzewska, A. / Dekking, L. / Tolboom, J. / Tettero, L. / van Meerten, S. / Yu, W. / Koudstaal, W. / Goudsmit, J. / Ward, A.B. / Meijberg, W. / Wilson, I.A. / Radosevic, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cjq.cif.gz | 132.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cjq.ent.gz | 106.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cjq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5cjq_validation.pdf.gz | 462.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5cjq_full_validation.pdf.gz | 512.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5cjq_validation.xml.gz | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5cjq_validation.cif.gz | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/5cjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/5cjq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 22712.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 24423.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
#3: タンパク質 | 分子量: 7013.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
#4: タンパク質 | 分子量: 22043.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.35 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 1.64 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月31日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 11619 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→50 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.96 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→38.85 Å / SU ML: 0.83 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 43.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→38.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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