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万見
- PDB-5cib: Complex of yeast cytochrome c peroxidase (W191G) bound to 2,4-dim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cib
タイトルComplex of yeast cytochrome c peroxidase (W191G) bound to 2,4-dimethylaniline with iso-1 cytochrome c
要素
  • Cytochrome c iso-1
  • Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
キーワードELECTRON TRANSPORT/OXIDOREDUCTASE / electron transfer / heme proteins / electron hopping / multi-step tunneling / photochemistry / ELECTRON TRANSPORT-OXIDOREDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cytochrome-c peroxidase / cardiolipin binding / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cytochrome-c peroxidase / cardiolipin binding / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Cytochrome c / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Cytochrome c-like domain / Peroxidase; domain 1 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 ...Cytochrome c, class IA/ IB / Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Cytochrome c / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Cytochrome c-like domain / Peroxidase; domain 1 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-dimethylaniline / HEME C / Cytochrome c isoform 1 / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.011 Å
データ登録者Crane, B.R. / Payne, T.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-0749997 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Constraints on the Radical Cation Center of Cytochrome c Peroxidase for Electron Transfer from Cytochrome c.
著者: Payne, T.M. / Yee, E.F. / Dzikovski, B. / Crane, B.R.
履歴
登録2015年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年7月19日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list ...citation / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct.title
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52018年10月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_validate_close_contact ...entity_src_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_site.details
改定 1.62019年11月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02021年3月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年10月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
B: Cytochrome c iso-1
C: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
D: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,65610
ポリマ－90,9404
非ポリマー2,7166
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area34090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.371, 107.461, 87.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c peroxidase, mitochondrial / CCP


分子量: 33396.102 Da / 分子数: 2 / 断片: cytochrome c peroxidase / 変異: W191G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCP1, CCP, CPO, YKR066C / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c iso-1


分子量: 12073.835 Da / 分子数: 2 / 断片: iso-1 cytochrome c / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / プラスミド: PBTR-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00044
#3: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-51S / 2,4-dimethylaniline / 2,4-ジメチルアニリン


分子量: 121.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11N
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 15-15%, 100 mM NaAcetate, 175 mM NaCl / PH範囲: 4.8-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月23日 / 詳細: Rh coated Si mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 15317 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 8.4 % / Net I/σ(I): 17.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.011→39.298 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 35.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3039 1513 9.89 %
Rwork0.2359 13792 -
obs0.2424 15305 95.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.42 Å2 / Biso mean: 60.1002 Å2 / Biso min: 32.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.011→39.298 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6416 0 190 0 6606
Biso mean--66.36 --
残基数----758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036810
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8269240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028902
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0642472
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.011-3.10830.37891200.2781077119784
3.1083-3.21940.35671280.27431202133090
3.2194-3.34820.35531380.27321201133993
3.3482-3.50050.36451340.26041222135692
3.5005-3.68490.30591380.24361241137996
3.6849-3.91560.32651390.22751259139896
3.9156-4.21760.29691410.23271297143898
4.2176-4.64140.28371430.20171302144599
4.6414-5.31160.2731360.22311311144799
5.3116-6.68670.28621500.25213361486100
6.6867-39.3010.26671460.223613441490100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1523-0.62380.51190.79470.48352.6359-0.0150.0453-0.08470.0863-0.0680.040.134-0.0389-00.4091-0.05650.02170.34170.00350.4517-15.489618.2631-3.27
20.39720.19050.03290.3123-0.15420.0593-0.27870.90960.2447-0.36230.14570.4394-0.9508-0.5016-00.6660.0924-0.06990.75670.10750.6877-35.040135.5474-20.4585
3-0.00670.04310.0148-0.01630.0509-0.01540.0273-0.24921.11190.43890.0381-0.0283-0.59450.0028-01.6041-0.14930.73780.5937-0.0028-1.023-28.894348.4262-21.2522
40.1184-0.1188-0.03930.083-0.07090.0787-0.24310.12740.3695-0.26990.1471-0.7257-0.52580.1215-00.6423-0.066-0.09980.63070.07750.6162-22.035240.9497-26.3866
5-0.0136-0.08250.0264-0.0340.05260.03380.14250.57110.61540.07920.12070.260.3482-0.370100.7297-0.0269-0.01850.56760.05770.6589-29.559933.4433-24.7526
61.60150.72240.87570.66670.76643.08180.1009-0.12320.07630.0442-0.0525-0.01680.1037-0.0200.3960.04210.00860.40530.00960.4508-15.866818.4867-51.5934
70.0166-0.0049-0.0281-0.0223-0.01530.00480.03580.20660.0368-0.10980.1889-0.0425-0.0454-0.091600.0845-0.00850.13141.11270.63971.2928-35.41384.6752-21.2921
80.04960.00140.0103-0.0040.00170.00610.1015-0.1076-0.08320.6677-0.06540.6357-0.35320.2783-0-0.8158-0.395-1.28761.92560.0823-0.4202-35.0459-0.6062-39.8884
9-0.010.0545-0.01080.02860.03620.0059-0.16970.09650.2238-0.02160.11070.3849-0.2986-0.0836-00.6652-0.05780.04840.9217-0.11270.7067-26.2021-11.7089-34.2122
100.0087-0.0102-0.0010.0011-0.00020.00390.1203-0.07790.16540.02910.0971-0.1220.05550.004200.3825-0.07770.16171.83470.06540.4236-26.1671-2.8391-25.6861
11-0.01970.12840.00530.00680.0519-0.0578-0.7025-0.0173-0.17321.0358-0.27860.10030.0016-0.0061-00.5453-0.31870.03471.69470.08260.5622-27.74051.962-30.76
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 294)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid -5 through 33 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 34 through 48 )B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 49 through 74 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 75 through 103 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 294 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid -5 through 4 )D0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 5 through 31 )D0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 32 through 58 )D0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 59 through 68 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 69 through 103 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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