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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5chy | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY | ||||||
要素 | CHEY | ||||||
キーワード | SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN / RESPONSE REGULATORS / TWO-COMPONENT SYSTEMS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / bacterial-type flagellum / histidine phosphotransfer kinase activity / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / bacterial-type flagellum / histidine phosphotransfer kinase activity / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / protein acetylation / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / acetyltransferase activity / chemotaxis / magnesium ion binding / signal transduction / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, X. / Rebello, J. / Matsumura, P. / Volz, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: Crystal structures of CheY mutants Y106W and T87I/Y106W. CheY activation correlates with movement of residue 106. 著者: Zhu, X. / Rebello, J. / Matsumura, P. / Volz, K. #1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1996 タイトル: Tyrosine 106 Plays an Important Role in Chemotaxis Signal Transduction in Escherichia Coli 著者: Zhu, X. / Amsler, C.D. / Volz, K. / Matsumura, P. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: Uncoupled Phosphorylation and Activation in Bacterial Chemotaxis. The 2.1-A Structure of a Threonine to Isoleucine Mutant at Position 87 of Chey 著者: Ganguli, S. / Wang, H. / Matsumura, P. / Volz, K. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of Escherichia Coli Chey Refined at 1.7-A Resolution 著者: Volz, K. / Matsumura, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5chy.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5chy.ent.gz | 26.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5chy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5chy_validation.pdf.gz | 433 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5chy_full_validation.pdf.gz | 438.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5chy_validation.xml.gz | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5chy_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/5chy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/5chy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14004.171 Da / 分子数: 1 / 変異: Y106W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / プラスミド: CHEY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06143, UniProt: P0AE67*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.12 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: 28% PEG 8000, 0.12 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.0 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 292 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 7433 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / % possible all: 80.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 21022 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→10 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROFFT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.13 Å / Total num. of bins used: 7 / Num. reflection obs: 1357 / Rfactor obs: 0.278 |