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- PDB-5chr: Dehaloperoxidase B in complex with substrate p-nitrocatechol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5chr
タイトルDehaloperoxidase B in complex with substrate p-nitrocatechol
要素Dehaloperoxidase B
キーワードOXIDOREDUCTASE / substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-NITROCATECHOL / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Dehaloperoxidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Amphitrite ornata (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Carey, L. / Ghiladi, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1150709 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2016
タイトル: Nonmicrobial Nitrophenol Degradation via Peroxygenase Activity of Dehaloperoxidase-Hemoglobin from Amphitrite ornata.
著者: McCombs, N.L. / D'Antonio, J. / Barrios, D.A. / Carey, L.M. / Ghiladi, R.A.
履歴
登録2015年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehaloperoxidase B
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,87312
ポリマ-30,8292
非ポリマー2,04410
3,585199
1
A: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5948
ポリマ-15,4141
非ポリマー1,1807
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2784
ポリマ-15,4141
非ポリマー8643
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.883, 67.192, 67.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dehaloperoxidase B


分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7

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非ポリマー , 6種, 209分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物 ChemComp-4NC / 4-NITROCATECHOL


分子量: 155.108 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H5NO4
#5: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, cacodylate buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 19721 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 9.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.98→47.6 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 1950 9.92 %
Rwork0.165 --
obs0.17 19663 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2124 0 138 199 2461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0153217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.12840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.01740.28891150.18931068X-RAY DIFFRACTION85
2.0174-2.07190.23031430.17911245X-RAY DIFFRACTION100
2.0719-2.13290.2461390.16661260X-RAY DIFFRACTION100
2.1329-2.20170.23441350.1621263X-RAY DIFFRACTION100
2.2017-2.28040.23581410.16221252X-RAY DIFFRACTION100
2.2804-2.37170.27071400.18011271X-RAY DIFFRACTION100
2.3717-2.47970.24011370.16731248X-RAY DIFFRACTION100
2.4797-2.61040.23631440.1841277X-RAY DIFFRACTION100
2.6104-2.77390.24741390.17811268X-RAY DIFFRACTION100
2.7739-2.98810.22651420.17271286X-RAY DIFFRACTION100
2.9881-3.28870.24091380.17831281X-RAY DIFFRACTION100
3.2887-3.76440.19311440.15351316X-RAY DIFFRACTION100
3.7644-4.74210.15791430.13111303X-RAY DIFFRACTION100
4.7421-47.6140.20931500.16641375X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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