PDB-5cfy: CRYSTAL STRUCTURE OF GLTPH R397A IN COMPLEX WITH NA+ AND L-ASP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cfy

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF GLTPH R397A IN COMPLEX WITH NA+ AND L-ASP

要素

425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ASPARTATE TRANSPORTER / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Boudker, O. / Oh, S.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Coupled ion binding and structural transitions along the transport cycle of glutamate transporters.
著者: Verdon, G. / Oh, S. / Serio, R.N. / Boudker, O.

履歴

登録	2015年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2016年4月20日	ID: 4OYG
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cfy.cif.gz	915.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cfy.ent.gz	776.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cfy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cfy_validation.pdf.gz	506.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cfy_full_validation.pdf.gz	607.5 KB	表示
XML形式データ	5cfy_validation.xml.gz	93.8 KB	表示
CIF形式データ	5cfy_validation.cif.gz	125.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oyeC 4oyfC 4p19C 4p1aC 4p3jC 4p6hC 2nwxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4oyf-d 7044 4oye-1 6dkf-d 7952 5dkp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (7)

登録構造単位

A: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

B: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

C: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

D: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

E: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

F: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

ヘテロ分子

270 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.958, 116.958, 313.517
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	6 - 427
2	1	1	4	B	6 - 427
3	1	1	4	C	6 - 427
4	1	1	4	D	6 - 427
5	1	1	4	E	6 - 427
6	1	1	4	F	6 - 427

#1: タンパク質	425aa long hypothetical proton glutamate symport protein 分子量: 44820.145 Da / 分子数: 6 / 変異: D37H, K40H, K132H, K223H, K264H, E368H, R397A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: PH1295 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: O59010
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: PEG400, SODIUM CHLORIDE, CITRATE/TRIS / PH範囲: 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→15 Å / Num. obs: 55613 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NWX

2nwx

解像度: 3.5→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 102.928 / SU ML: 0.619 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.606 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.294	2955	5 %	RANDOM
R_work	0.249	-	-	-
obs	0.251	55613	97.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 152.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.35 Å²	-2.18 Å²	0 Å²
2-	-	-4.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18168	0	66	6	18240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	18594
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.015	0.02	18948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.017	1.983	25368
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.266	3	43332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.784	5	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.106	23.913	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.919	15	2982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.548	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	20658
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	3900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.457	10.451	9876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.457	10.451	9875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.591	15.68	12324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.591	15.68	12325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.953	10.71	8718
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.953	10.711	8715
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.149	15.963	13043
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.692	85.265	22819
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.691	85.266	22820
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6201 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.18	0.5
2	B	medium positional	0.18	0.5
3	C	medium positional	0.17	0.5
4	D	medium positional	0.17	0.5
5	E	medium positional	0.18	0.5
6	F	medium positional	0.18	0.5
1	A	medium thermal	5.04	2
2	B	medium thermal	4.04	2
3	C	medium thermal	4.93	2
4	D	medium thermal	4.78	2
5	E	medium thermal	5.07	2
6	F	medium thermal	4.07	2

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.41	189	-
R_work	0.418	3812	-
obs	-	-	93.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1512	-0.3647	0.5107	1.0373	-0.5433	1.0197	-0.0074	-0.0097	0.0928	0.2191	-0.0408	0.4239	0.1846	-0.4173	0.0481	0.3974	-0.0551	0.1444	1.0122	0.1745	0.5049	-55.2418	58.3203	10.1582
2	1.5382	0.465	-0.597	1.5403	-0.4718	1.607	-0.0344	-0.2358	0.1538	0.2027	0.144	-0.038	-0.5468	-0.0748	-0.1096	0.5973	0.1336	-0.0022	0.5738	-0.0977	0.0331	-19.9273	85.4591	15.9887
3	0.915	-0.1932	0.3417	1.2381	0.5787	2.1178	0.0011	-0.2122	-0.4296	-0.0131	0.019	0.2549	0.5485	0.0398	-0.0201	0.6136	0.0488	-0.0424	0.4834	0.1205	0.2346	-13.5822	41.9462	6.6002
4	0.9148	0.2142	-0.319	1.2461	0.6152	1.9793	-0.0166	0.2087	0.4304	0.0295	0.0356	0.2415	-0.5116	0.0302	-0.019	0.6263	-0.0492	0.0396	0.4912	0.1146	0.2301	-13.5936	93.1089	-37.532
5	1.1652	0.3663	-0.4739	1.103	-0.4933	1.0626	-0.0224	0.0379	-0.1001	-0.2323	-0.0239	0.4237	-0.1786	-0.4433	0.0463	0.3945	0.0723	-0.1369	0.9998	0.1819	0.4948	-55.2282	76.7465	-41.0938
6	1.4544	-0.421	0.656	1.6083	-0.4617	1.5953	-0.0166	0.2562	-0.1454	-0.2007	0.1405	-0.0566	0.5296	-0.078	-0.1238	0.6	-0.1344	0.0009	0.579	-0.1025	0.0365	-19.92	49.598	-46.9227

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 416
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501 - 503
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 416
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501 - 503
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 416
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	501 - 503
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	6 - 416
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	501 - 503
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	6 - 416
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	501 - 503
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	6 - 416
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	501 - 503

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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