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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cfu | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of ANT(2")-Ia in complex with adenylyl-2"-tobramycin | ||||||
要素 | Aminoglycoside Nucleotidyltransferase (2")-Ia | ||||||
キーワード | transferase/antibiotic / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / nucleotidyltransferase / AMPCPP / tobramycin / modified aminoglycoside / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / transferase-antibiotic complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Rodionov, D. / Bassenden, A.V. / Berghuis, A.M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: Revisiting the Catalytic Cycle and Kinetic Mechanism of AminoglycosideO-Nucleotidyltransferase(2′′): A Structural and Kinetic Study. 著者: Bassenden, A.V. / Park, J. / Rodionov, D. / Berghuis, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cfu.cif.gz | 95.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cfu.ent.gz | 69 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cfu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 20964.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aadB, TNCP6 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6X3H6 |
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-非ポリマー , 5種, 221分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-51H / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.5, 22% 1,4- butanediol, 1mM MnCl2, 10 mM ATP, 10mM tobramycin |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月11日 / 詳細: 2x2 binning | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rigaku VariMax-HF focusing mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.82→30.83 Å / Num. obs: 15735 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 18.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 41.8 / Num. measured all: 311166 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4XJE 解像度: 1.82→30.828 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.03 Å2 / Biso mean: 25.6569 Å2 / Biso min: 9.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.82→30.828 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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