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Yorodumi- PDB-5cfj: Structural and functional attributes of malaria parasite Ap4A hyd... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cfj | ||||||
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Title | Structural and functional attributes of malaria parasite Ap4A hydrolase | ||||||
Components | BIS(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (Diadenosine tetraphosphatase), putative | ||||||
Keywords | HYDROLASE / AP4A / Purinergic signalling / Plasmodium / Nudix hydrolyse | ||||||
Function / homology | Function and homology information Detoxification of Reactive Oxygen Species / AMP biosynthetic process / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / ATP biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.25 Å | ||||||
Authors | Sharma, A. / Yogavel, M. / Sharma, A. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: Structural and functional attributes of malaria parasite diadenosine tetraphosphate hydrolase Authors: Sharma, A. / Yogavel, M. / Sharma, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cfj.cif.gz | 73.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cfj.ent.gz | 53.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cfj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5cfj_validation.pdf.gz | 441.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5cfj_full_validation.pdf.gz | 441.9 KB | Display | |
Data in XML | 5cfj_validation.xml.gz | 9.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5cfj_validation.cif.gz | 12.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfj | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17775.174 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (eukaryote) Strain: isolate 3D7 / Gene: PFE1035c / Plasmid: pETM11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: C0H4F3, bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: Lithium sulphate, sodium acetate, ethylene glycol, PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.976 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Oct 22, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.15→50 Å / Num. obs: 47576 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 14.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.044 / Χ2: 0.943 / Net I/av σ(I): 36.228 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 251771 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.25→25.713 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 150.59 Å2 / Biso mean: 22.3357 Å2 / Biso min: 10.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.25→25.713 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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