PDB-5cff: Crystal structure of Miranda/Staufen dsRBD5 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cff

タイトル

Crystal structure of Miranda/Staufen dsRBD5 complex

要素

Miranda
Staufen

キーワード

TRANSCRIPTION/RNA BINDING PROTEIN / Coiled-coil and dsRNA-binding domain complex / TRANSCRIPTION-RNA BINDING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

germ plasm / regulation of intracellular mRNA localization / subsynaptic reticulum / pole plasm RNA localization / ganglion mother cell fate determination / bicoid mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / protein localization to cell cortex / pole plasm protein localization / posterior cell cortex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Shan, Z. / Wen, W.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: The structural basis of Miranda-mediated Staufen localization during Drosophila neuroblast asymmetric division
著者: Jia, M. / Shan, Z. / Yang, Y. / Liu, C. / Li, J. / Luo, Z.G. / Zhang, M. / Cai, Y. / Wen, W. / Wang, W.

履歴

登録	2015年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月28日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cff.cif.gz	125.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cff.ent.gz	100.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cff.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cff	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6a68-d 5nl6-d 6hk9-1 3bat-d 4tql-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Miranda

B: Miranda

C: Miranda

D: Miranda

E: Staufen

F: Staufen

G: Staufen

H: Staufen

74.7 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Miranda

C: Miranda

F: Staufen

H: Staufen

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Miranda

D: Miranda

E: Staufen

G: Staufen

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	200.023, 51.332, 100.274
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.560, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
1	2	chain E
2	2	chain F
3	2	chain G
4	2	chain H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	503 - 589
2	1	1	chain B	B	501 - 588
3	1	1	chain C	C	502 - 588
4	1	1	chain D	D	502 - 589
1	1	2	chain E	E	949 - 1018
2	1	2	chain F	F	948 - 1018
3	1	2	chain G	G	949 - 1018
4	1	2	chain H	H	949 - 1018

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Miranda 分子量: 10729.630 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 514-589 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: mira, CG12249, Dmel_CG12249 / プラスミド: pET.32M.3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9VDR7
#2: タンパク質	Staufen / 分子量: 7944.774 Da / 分子数: 4 断片: The fifth dsRNA-binding domain, UNP residues 953-1019 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: stau, CG5753 / プラスミド: pET.32M.3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25159
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.91 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: sodium acetate,1,6-hexanediol,calcium chloride etc

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月28日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.5 % / 数: 189671 / R_merge(I) obs: 0.078 / Χ²: 2.49 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 34191 / % possible obs: 94.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.78	50	1	0.045	3.865	4.8
5.38	6.78	1	0.055	3.949	5.4
4.7	5.38	1	0.048	3.66	5.7
4.27	4.7	1	0.05	3.371	5.9
3.97	4.27	1	0.055	3.303	5.5
3.73	3.97	1	0.069	3.989	2.4
3.55	3.73	1	0.076	3.511	2.9
3.39	3.55	1	0.092	3.487	4.7
3.26	3.39	1	0.1	2.66	5.6
3.15	3.26	1	0.121	2.254	6
3.05	3.15	1	0.147	2.139	6
2.96	3.05	1	0.177	1.982	6
2.89	2.96	1	0.207	1.895	6
2.82	2.89	1	0.257	1.769	6.1
2.75	2.82	1	0.312	1.729	6.1
2.69	2.75	1	0.44	1.782	5.9
2.64	2.69	1	0.432	2.599	5.6
2.59	2.64	1	0.676	1.724	5.9
2.54	2.59	1	0.638	1.528	6.1
2.5	2.54	1	0.664	1.601	6.1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 34191 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 53.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / Χ²: 2.488 / Net I/av σ(I): 35.389 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 189671

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	6.1	0.664	1780	1.601	99.8
2.54-2.59	6.1	0.638	1807	1.528	99.9
2.59-2.64	5.9	0.676	1764	1.724	99.6
2.64-2.69	5.6	0.432	1773	2.599	99.6
2.69-2.75	5.9	0.44	1790	1.782	99.8
2.75-2.82	6.1	0.312	1780	1.729	99.9
2.82-2.89	6.1	0.257	1792	1.769	99.9
2.89-2.96	6	0.207	1777	1.895	99.9
2.96-3.05	6	0.177	1803	1.982	99.8
3.05-3.15	6	0.147	1762	2.139	99.8
3.15-3.26	6	0.121	1789	2.254	99.8
3.26-3.39	5.6	0.1	1769	2.66	99.5
3.39-3.55	4.7	0.092	1756	3.487	97.8
3.55-3.73	2.9	0.076	1037	3.511	57.3
3.73-3.97	2.4	0.069	1121	3.989	61.7
3.97-4.27	5.5	0.055	1749	3.303	97.3
4.27-4.7	5.9	0.05	1825	3.371	99.8
4.7-5.38	5.7	0.048	1795	3.66	99.4
5.38-6.78	5.4	0.055	1837	3.949	99.8
6.78-50	4.8	0.045	1685	3.865	88.1

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→27.664 Å / FOM work R set: 0.7235 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.26 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	1696	5.02 %
R_work	0.2423	32081	-
obs	0.2443	33777	93.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.78 Å² / B_iso mean: 42.57 Å² / B_iso min: 14.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→27.664 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4591	0	0	27	4618
B_iso mean	-	-	-	33.19	-
残基数	-	-	-	-	626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4656
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.183	6309
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	772
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	812
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.947	1648

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1440	X-RAY DIFFRACTION	12.008	TORSIONAL
1	2	B	1440	X-RAY DIFFRACTION	12.008	TORSIONAL
1	3	C	1440	X-RAY DIFFRACTION	12.008	TORSIONAL
1	4	D	1440	X-RAY DIFFRACTION	12.008	TORSIONAL
2	1	E	1143	X-RAY DIFFRACTION	12.008	TORSIONAL
2	2	F	1143	X-RAY DIFFRACTION	12.008	TORSIONAL
2	3	G	1143	X-RAY DIFFRACTION	12.008	TORSIONAL
2	4	H	1143	X-RAY DIFFRACTION	12.008	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4929-2.5662	0.3517	159	0.3205	2767	2926	97
2.5662-2.6489	0.4249	128	0.3542	2701	2829	96
2.6489-2.7435	0.4515	136	0.3649	2761	2897	97
2.7435-2.8533	0.4218	166	0.3194	2790	2956	99
2.8533-2.983	0.3688	152	0.2932	2768	2920	99
2.983-3.1401	0.3251	135	0.2798	2827	2962	99
3.1401-3.3365	0.3469	125	0.2948	2805	2930	98
3.3365-3.5936	0.3264	131	0.255	2738	2869	96
3.5936-3.9543	0.3225	78	0.2566	1510	1588	53
3.9543-4.5243	0.2365	164	0.1877	2773	2937	98
4.5243-5.692	0.2102	163	0.1929	2865	3028	100
5.692-27.6654	0.2307	159	0.214	2776	2935	94

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