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- PDB-5cff: Crystal structure of Miranda/Staufen dsRBD5 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cff
タイトルCrystal structure of Miranda/Staufen dsRBD5 complex
要素
  • Miranda
  • Staufen
キーワードTRANSCRIPTION/RNA BINDING PROTEIN / Coiled-coil and dsRNA-binding domain complex / TRANSCRIPTION-RNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


germ plasm / regulation of intracellular mRNA localization / subsynaptic reticulum / pole plasm RNA localization / ganglion mother cell fate determination / bicoid mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / pole plasm protein localization / posterior cell cortex / regulation of pole plasm oskar mRNA localization ...germ plasm / regulation of intracellular mRNA localization / subsynaptic reticulum / pole plasm RNA localization / ganglion mother cell fate determination / bicoid mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / pole plasm protein localization / posterior cell cortex / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / protein localization to cell cortex / anterograde dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / neuroblast fate determination / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / pole plasm assembly / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / ventral cord development / neuronal ribonucleoprotein granule / RNA localization / basal cortex / anterior/posterior axis specification, embryo / asymmetric neuroblast division / apical cortex / intracellular mRNA localization / basal part of cell / protein localization to synapse / oogenesis / lncRNA binding / myosin binding / germ cell development / regulation of proteolysis / neuroblast proliferation / long-term memory / dendrite cytoplasm / basal plasma membrane / mRNA 3'-UTR binding / P-body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / apical part of cell / double-stranded RNA binding / cell cortex / neuron projection / apical plasma membrane / neuronal cell body / mRNA binding / centrosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Staufen, C-terminal / : / Staufen C-terminal domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maternal effect protein staufen / Miranda, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shan, Z. / Wen, W.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: The structural basis of Miranda-mediated Staufen localization during Drosophila neuroblast asymmetric division
著者: Jia, M. / Shan, Z. / Yang, Y. / Liu, C. / Li, J. / Luo, Z.G. / Zhang, M. / Cai, Y. / Wen, W. / Wang, W.
履歴
登録2015年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Miranda
B: Miranda
C: Miranda
D: Miranda
E: Staufen
F: Staufen
G: Staufen
H: Staufen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6988
ポリマ－74,6988
非ポリマー00
水48627
1
A: Miranda
C: Miranda
F: Staufen
H: Staufen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3494
ポリマ－37,3494
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
2
B: Miranda
D: Miranda
E: Staufen
G: Staufen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3494
ポリマ－37,3494
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area16980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.023, 51.332, 100.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.560, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
12chain E
22chain F
32chain G
42chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYSERSERchain AAA503 - 5893 - 89
21GLYGLYSERSERchain BBB501 - 5881 - 88
31PROPROSERSERchain CCC502 - 5882 - 88
41PROPROSERSERchain DDD502 - 5892 - 89
12GLYGLYLEULEUchain EEE949 - 10183 - 72
22PROPROLEULEUchain FFF948 - 10182 - 72
32GLYGLYLEULEUchain GGG949 - 10183 - 72
42GLYGLYLEULEUchain HHH949 - 10183 - 72

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Miranda


分子量: 10729.630 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 514-589 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: mira, CG12249, Dmel_CG12249 / プラスミド: pET.32M.3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9VDR7
#2: タンパク質
Staufen


分子量: 7944.774 Da / 分子数: 4
断片: The fifth dsRNA-binding domain, UNP residues 953-1019
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: stau, CG5753 / プラスミド: pET.32M.3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25159
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: sodium acetate,1,6-hexanediol,calcium chloride etc

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月28日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.5 % / 数: 189671 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 2.49 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 34191 / % possible obs: 94.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.785010.0453.8654.8
5.386.7810.0553.9495.4
4.75.3810.0483.665.7
4.274.710.053.3715.9
3.974.2710.0553.3035.5
3.733.9710.0693.9892.4
3.553.7310.0763.5112.9
3.393.5510.0923.4874.7
3.263.3910.12.665.6
3.153.2610.1212.2546
3.053.1510.1472.1396
2.963.0510.1771.9826
2.892.9610.2071.8956
2.822.8910.2571.7696.1
2.752.8210.3121.7296.1
2.692.7510.441.7825.9
2.642.6910.4322.5995.6
2.592.6410.6761.7245.9
2.542.5910.6381.5286.1
2.52.5410.6641.6016.1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 34191 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 53.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 2.488 / Net I/av σ(I): 35.389 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 189671
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.546.10.66417801.60199.8
2.54-2.596.10.63818071.52899.9
2.59-2.645.90.67617641.72499.6
2.64-2.695.60.43217732.59999.6
2.69-2.755.90.4417901.78299.8
2.75-2.826.10.31217801.72999.9
2.82-2.896.10.25717921.76999.9
2.89-2.9660.20717771.89599.9
2.96-3.0560.17718031.98299.8
3.05-3.1560.14717622.13999.8
3.15-3.2660.12117892.25499.8
3.26-3.395.60.117692.6699.5
3.39-3.554.70.09217563.48797.8
3.55-3.732.90.07610373.51157.3
3.73-3.972.40.06911213.98961.7
3.97-4.275.50.05517493.30397.3
4.27-4.75.90.0518253.37199.8
4.7-5.385.70.04817953.6699.4
5.38-6.785.40.05518373.94999.8
6.78-504.80.04516853.86588.1

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→27.664 Å / FOM work R set: 0.7235 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.26 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 1696 5.02 %
Rwork0.2423 32081 -
obs0.2443 33777 93.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.78 Å2 / Biso mean: 42.57 Å2 / Biso min: 14.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→27.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4591 0 0 27 4618
Biso mean---33.19 -
残基数----626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014656
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1836309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053772
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9471648
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1440X-RAY DIFFRACTION12.008TORSIONAL
12B1440X-RAY DIFFRACTION12.008TORSIONAL
13C1440X-RAY DIFFRACTION12.008TORSIONAL
14D1440X-RAY DIFFRACTION12.008TORSIONAL
21E1143X-RAY DIFFRACTION12.008TORSIONAL
22F1143X-RAY DIFFRACTION12.008TORSIONAL
23G1143X-RAY DIFFRACTION12.008TORSIONAL
24H1143X-RAY DIFFRACTION12.008TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4929-2.56620.35171590.32052767292697
2.5662-2.64890.42491280.35422701282996
2.6489-2.74350.45151360.36492761289797
2.7435-2.85330.42181660.31942790295699
2.8533-2.9830.36881520.29322768292099
2.983-3.14010.32511350.27982827296299
3.1401-3.33650.34691250.29482805293098
3.3365-3.59360.32641310.2552738286996
3.5936-3.95430.3225780.25661510158853
3.9543-4.52430.23651640.18772773293798
4.5243-5.6920.21021630.192928653028100
5.692-27.66540.23071590.2142776293594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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