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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cev | ||||||||||||
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タイトル | ARGINASE FROM BACILLUS CALDEVELOX, L-LYSINE COMPLEX | ||||||||||||
![]() | PROTEIN (ARGINASE) | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / ENZYME / ARGININE HYDROLYSIS / NITROGEN METABOLISM / MANGANESE METALLOENZYME | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Bewley, M.C. / Jeffrey, P.D. / Patchett, M.L. / Kanyo, Z.F. / Baker, E.N. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of Bacillus caldovelox arginase in complex with substrate and inhibitors reveal new insights into activation, inhibition and catalysis in the arginase superfamily. 著者: Bewley, M.C. / Jeffrey, P.D. / Patchett, M.L. / Kanyo, Z.F. / Baker, E.N. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 347.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 284.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 441.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32476.248 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: EACH MOLECULE HAS AN L-LYSINE MOLECULE BOUND IN ITS ACTIVE SITE (THESE ARE LABELLED R 401 - R 406) AND A GUANIDINE ION AT AN EXTERNAL, INTER-SUBUNIT SITE (LABELLED R 407 - R 412). 由来: (組換発現) ![]() 株: BACILLUS SPECIES DSM 411 / 解説: BACILLUS SPECIES DSM 411 / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-LYS / #4: 化合物 | ChemComp-GAI / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MIXING 2 UL PROTEIN WITH 2 UL RESERVOIR SOLUTION PROTEIN SOLUTION 27 MG/ML PROTEIN, 10 MM MOPS, PH 7.5 RESERVOIR SOLUTION 28% MONOMETHYLPEG 2000, 5 MM MNCL2, 10 MM GUANIDINE HYDROCHLORIDE, 10 ...詳細: MIXING 2 UL PROTEIN WITH 2 UL RESERVOIR SOLUTION PROTEIN SOLUTION 27 MG/ML PROTEIN, 10 MM MOPS, PH 7.5 RESERVOIR SOLUTION 28% MONOMETHYLPEG 2000, 5 MM MNCL2, 10 MM GUANIDINE HYDROCHLORIDE, 10 MM L-LYSINE, IN 0.05 M BISTRISPROPANE/HCL, PH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 68127 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 72.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 424670 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: REFINED MODEL FOR THE PH 8.5 NATIVE STRUCTURE: 2CEV 解像度: 2.5→8 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |