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- PDB-5ces: C-terminal domain of the R-type pyocin baseplate protein PA0618 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ces
タイトルC-terminal domain of the R-type pyocin baseplate protein PA0618
要素PA0618
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / gpJ / gp6
機能・相同性Baseplate assembly protein J, predicted / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / Probable bacteriophage protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Plattner, M. / Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_144243 スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Action of a minimal contractile bactericidal nanomachine.
著者: Peng Ge / Dean Scholl / Nikolai S Prokhorov / Jaycob Avaylon / Mikhail M Shneider / Christopher Browning / Sergey A Buth / Michel Plattner / Urmi Chakraborty / Ke Ding / Petr G Leiman / Jeff ...著者: Peng Ge / Dean Scholl / Nikolai S Prokhorov / Jaycob Avaylon / Mikhail M Shneider / Christopher Browning / Sergey A Buth / Michel Plattner / Urmi Chakraborty / Ke Ding / Petr G Leiman / Jeff F Miller / Z Hong Zhou /
要旨: R-type bacteriocins are minimal contractile nanomachines that hold promise as precision antibiotics. Each bactericidal complex uses a collar to bridge a hollow tube with a contractile sheath loaded ...R-type bacteriocins are minimal contractile nanomachines that hold promise as precision antibiotics. Each bactericidal complex uses a collar to bridge a hollow tube with a contractile sheath loaded in a metastable state by a baseplate scaffold. Fine-tuning of such nucleic acid-free protein machines for precision medicine calls for an atomic description of the entire complex and contraction mechanism, which is not available from baseplate structures of the (DNA-containing) T4 bacteriophage. Here we report the atomic model of the complete R2 pyocin in its pre-contraction and post-contraction states, each containing 384 subunits of 11 unique atomic models of 10 gene products. Comparison of these structures suggests the following sequence of events during pyocin contraction: tail fibres trigger lateral dissociation of baseplate triplexes; the dissociation then initiates a cascade of events leading to sheath contraction; and this contraction converts chemical energy into mechanical force to drive the iron-tipped tube across the bacterial cell surface, killing the bacterium.
履歴
登録2015年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.42020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA0618
B: PA0618


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6032
ポリマ－22,6032
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.611, 72.611, 46.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 PA0618


分子量: 11301.653 Da / 分子数: 2
断片: Proteolytically stable C-terminal fragment, UNP residues 202-295
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA0618 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XCX5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 5000 MME, ammonium acetate, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91963 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91963 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.102→39.17 Å / Num. obs: 27538 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.378 % / Net I/σ(I): 30.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.102→39.17 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 499 3.5 %
Rwork0.1904 --
obs0.192 14247 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→39.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1392 0 0 58 1450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7051937
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.979527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1023-2.31380.30011230.24123390X-RAY DIFFRACTION99
2.3138-2.64850.25031230.21683396X-RAY DIFFRACTION100
2.6485-3.33660.2841250.24323458X-RAY DIFFRACTION100
3.3366-39.17670.21141280.1653504X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.56214.21652.13346.51013.84393.17680.17530.3277-0.42910.64380.1014-0.61271.63161.0778-0.27050.58950.11120.01190.3568-0.00720.580635.949662.14144.1646
24.1835-1.446-0.19482.0319-2.25488.7393-0.30390.16310.2666-0.0543-0.05150.04480.47360.20830.3660.6611-0.0482-0.0340.51320.03190.709828.748670.9645-3.5306
36.75612.31433.75643.20623.75038.6653-0.1199-0.23270.02860.4563-0.09170.11730.698-0.33880.18950.4997-0.01650.07190.34120.01960.472629.939763.34444.0596
48.17595.56596.21995.13562.73888.09410.939-0.7916-0.0060.6067-0.2489-0.07380.59030.1087-0.59420.7728-0.14230.15840.8268-0.1240.877510.009552.30113.1083
59.22714.9359-3.13529.2749-6.44885.4611-0.63810.36623.76621.84861.11620.8736-2.38031.0031-0.29891.865-0.52840.28311.4489-0.45231.492916.217971.538218.5936
64.97581.56843.19687.75123.68179.68740.4874-0.79761.51390.2192-0.58211.6726-0.578-1.41030.43440.7863-0.06310.20560.902-0.24021.36817.203864.12072.6289
77.2652.1949-0.29497.53553.08635.85790.3446-0.57850.32910.498-0.38560.39610.3444-0.16220.08290.5747-0.17550.13830.6576-0.05060.658713.804556.78882.044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 202 through 215 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 216 through 243 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 244 through 292 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 202 through 215 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 216 through 221 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 222 through 243 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 244 through 292 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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