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- PDB-5ced: Penicillin G Acylated Bd3459 Predatory Endopeptidase from Bdellov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ced
タイトルPenicillin G Acylated Bd3459 Predatory Endopeptidase from Bdellovibrio bacteriovorus in complex with immunity protein Bd3460
要素
  • Bd3459
  • Bd3460
キーワードHYDROLASE / transpeptidase and ankyrin repeat / hydrolae / protein binding
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan metabolic process / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13 / Peptidase S13, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 3 (S13) family / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / Ankyrin repeat-containing domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. ...D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13 / Peptidase S13, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 3 (S13) family / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / Ankyrin repeat-containing domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / 3-Layer(bba) Sandwich / Ankyrin repeat / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OPEN FORM - PENICILLIN G / Uncharacterized protein / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Cadby, I.T. / Lambert, C. / Sockett, R.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J015229/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Ankyrin-mediated self-protection during cell invasion by the bacterial predator Bdellovibrio bacteriovorus.
著者: Lambert, C. / Cadby, I.T. / Till, R. / Bui, N.K. / Lerner, T.R. / Hughes, W.S. / Lee, D.J. / Alderwick, L.J. / Vollmer, W. / Sockett, E.R. / Lovering, A.L.
履歴
登録2015年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bd3459
B: Bd3460
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3113
ポリマ－73,9752
非ポリマー3361
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area24410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.540, 59.160, 192.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bd3459


分子量: 49219.406 Da / 分子数: 1 / 断片: Bd3459 / 変異: K38M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
遺伝子: Bd3459 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q6MHT0, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: タンパク質 Bd3460


分子量: 24755.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
遺伝子: Bd3460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MHS9
#3: 化合物 ChemComp-PNM / OPEN FORM - PENICILLIN G


分子量: 336.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N2O4S / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M citrate pH 5.0, 3.2M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→100 Å / Num. obs: 37468 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェルRsym value: 0.672

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5cec

5cec


解像度: 2.02→96.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 7.891 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2066 1977 5 %RANDOM
Rwork0.1716 ---
obs0.1733 37468 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 126.07 Å2 / Biso mean: 45.436 Å2 / Biso min: 12.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.98 Å20 Å2-0 Å2
2--2.09 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→96.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4400 0 249 178 4827
Biso mean--45.44 39.67 -
残基数----543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.024491
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.9726047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.003310167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0735572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63525.967181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59915840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1891513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2722.1622299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.272.1622298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9483.2362863
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 151 -
Rwork0.266 2734 -
all-2885 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6489-0.06560.15783.22171.50813.33290.0456-0.12120.0483-0.0052-0.11190.5719-0.302-0.47360.06620.06230.04030.07230.0901-0.01580.2291-31.262-0.134-26.468
22.03910.80321.31263.1202-0.06567.24350.1102-0.1617-0.05410.3524-0.0225-0.46060.28270.2184-0.08770.3239-0.02380.04490.1812-0.12870.2257-8.0512.6544.106
311.6533-7.67290.18685.2593-1.4218.46790.31780.5083-0.2851-0.3371-0.37280.11060.780.55210.0550.84490.0032-0.03580.5872-0.25730.6295-8.405-8.631-0.272
410.0873-6.67375.380817.9564-4.02275.63480.24930.6573-0.2347-1.0535-0.3634-0.34370.24961.21670.11410.3703-0.04820.26370.4654-0.06690.38870.5696.108-11.571
52.14970.49691.1574.3206-1.78277.01670.1627-0.5097-0.25040.5172-0.0699-0.42610.38260.0797-0.09280.4626-0.04940.03010.303-0.10750.2946-8.7121.8727.206
62.5610.053-0.35972.03080.07943.61850.1104-0.3511-0.02710.2541-0.01820.2384-0.1498-0.2402-0.09220.1160.00490.08230.095-0.02990.1663-25.827-0.14-20.627
72.8383-1.0936-0.97134.0848-0.6383.20520.17370.0867-0.0055-0.0759-0.09580.238-0.1398-0.1929-0.07790.01410.0131-0.00490.0245-0.02470.072-23.764-4.292-35.184
81.2544-0.07093.09750.25020.730312.3475-0.0446-0.08790.2213-0.030.0645-0.0462-0.8440.1674-0.01990.3483-0.07970.10150.0785-0.06730.3193-14.13912.539-19.067
97.55855.4549-7.67423.17779.481519.5236-0.65090.1292-0.65940.78290.1536-0.63911.6413-0.13340.49730.40570.0801-0.03180.40150.20030.3776-6.825-28.975-25.089
1011.4529-0.51682.099211.01650.727211.20850.2532-1.2188-1.05750.8874-0.0598-0.41681.00330.3964-0.19350.37650.1052-0.03980.50080.13280.2028-2.856-22.009-19.968
115.49030.44070.95893.08930.36343.3483-0.0351-0.4828-0.35630.2446-0.0461-0.21220.18260.26630.08110.12280.0819-0.02140.12320.02580.1294-2.754-19.709-31.4
123.1908-0.1815-0.05533.3337-0.95925.362-0.0766-0.08090.2520.0443-0.0931-0.2985-0.07240.44860.16970.02860.0199-0.02010.0642-0.00840.0938-4.714-10.435-38.562
134.8636-0.2351-0.22254.3394-0.23066.08080.0893-0.10120.2331-0.1005-0.1295-0.3399-0.330.48160.04020.0625-0.00450.00630.05410.01660.1076-4.453-3.405-44.9
143.77020.1041-0.86473.2240.60462.96940.0320.01560.0709-0.18820.0452-0.1745-0.130.1978-0.07720.0778-0.01930.00290.03660.02940.0634-10.3921.688-51.323
156.1997-0.8505-0.26199.92383.0428.2798-0.09590.70040.1423-0.59580.1996-0.01270.0672-0.1405-0.10370.1499-0.0007-0.03620.12130.03080.0574-15.566-0.321-60.701
168.47120.9002-6.07574.1472-1.51168.74860.45320.10390.64130.1603-0.17010.0038-0.6389-0.0053-0.28320.11710.04130.00240.07730.07280.1879-18.20210.128-54.87
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2A89 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3A146 - 184
4X-RAY DIFFRACTION4A185 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5A205 - 239
6X-RAY DIFFRACTION6A240 - 359
7X-RAY DIFFRACTION7A360 - 410
8X-RAY DIFFRACTION8A411 - 438
9X-RAY DIFFRACTION9B27 - 33
10X-RAY DIFFRACTION10B34 - 53
11X-RAY DIFFRACTION11B54 - 96
12X-RAY DIFFRACTION12B97 - 129
13X-RAY DIFFRACTION13B130 - 156
14X-RAY DIFFRACTION14B157 - 189
15X-RAY DIFFRACTION15B190 - 201
16X-RAY DIFFRACTION16B202 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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