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- PDB-5ce8: Crystal structure of branched-chain aminotransferase from thermop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ce8
タイトルCrystal structure of branched-chain aminotransferase from thermophilic archaea Thermoproteus uzoniensis
要素Branched-chain amino acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / aminotransferase / branched-chain / PLP / BCAT
機能・相同性
機能・相同性情報


L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine biosynthetic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase I / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV ...Branched-chain amino acid aminotransferase I / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoproteus uzoniensis (古細菌)
Thermoproteus uzoniensis 768-20 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Stekhanova, T.N. / Mardanov, A.V. / Rakitin, A.L. / Ravin, N.V. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
Russian Scientific Fund14-24-00172 ロシア
7th EU Frame Programme (ERA-IB)EIB.12.012
引用ジャーナル: Extremophiles / 年: 2016
タイトル: First structure of archaeal branched-chain amino acid aminotransferase from Thermoproteus uzoniensis specific for L-amino acids and R-amines.
著者: Boyko, K.M. / Stekhanova, T.N. / Nikolaeva, A.Y. / Mardanov, A.V. / Rakitin, A.L. / Ravin, N.V. / Bezsudnova, E.Y. / Popov, V.O.
履歴
登録2015年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Branched-chain amino acid aminotransferase
B: Branched-chain amino acid aminotransferase
C: Branched-chain amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7287
ポリマ－102,8813
非ポリマー8484
水5,999333
1
A: Branched-chain amino acid aminotransferase
B: Branched-chain amino acid aminotransferase
C: Branched-chain amino acid aminotransferase
ヘテロ分子

A: Branched-chain amino acid aminotransferase
B: Branched-chain amino acid aminotransferase
C: Branched-chain amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,45714
ポリマ－205,7626
非ポリマー1,6958
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area29370 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area51840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.540, 93.540, 212.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 Branched-chain amino acid aminotransferase


分子量: 34293.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoproteus uzoniensis (strain 768-20) (古細菌)
遺伝子: TUZN_1299 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2L0W0
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H10NO6P
由来: (組換発現) Thermoproteus uzoniensis 768-20 (古細菌)
遺伝子: TUZN_1299 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 5% w/v PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.491
11K, H, -L20.509
反射解像度: 2→75.69 Å / Num. all: 72201 / Num. obs: 72105 / % possible obs: 99.87 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 32.901 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.912 / Net I/σ(I): 19.28 / Num. measured all: 1413383
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2-2.119.80.880.6794.77192859974097280.69799.9
2.1-2.20.9380.4976.8162326804580450.51100
2.2-2.40.9640.3599.6423511512443124250.36999.9
2.4-2.630.9860.23314.52204767996899680.239100
2.63-2.810.9910.17418.82114117570257010.178100
2.81-3.030.9940.13222.6197718525752380.13699.6
3.03-3.320.9960.09929.7298246498949880.102100
3.32-3.710.9970.08335.6888775448644860.086100
3.71-4.270.9970.06940.3173625394039280.07199.7
4.27-5.20.9980.06243.1463231335733410.06399.5
5.2-7.240.9980.05943.152702265826580.061100
7.24-800.9990.04845.8329902161515990.04999
801

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EIY

2eiy


解像度: 2→75.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.1635 / WRfactor Rwork: 0.1159 / FOM work R set: 0.8849 / SU B: 2.359 / SU ML: 0.067 / SU R Cruickshank DPI: 0.022 / SU Rfree: 0.0235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1681 3583 5 %RANDOM
Rwork0.1199 ---
obs0.1222 68521 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.81 Å2 / Biso mean: 26.434 Å2 / Biso min: 11.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7 Å20 Å20 Å2
2--2.7 Å20 Å2
3----5.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→75.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6873 0 7 333 7213
Biso mean--23.79 29.03 -
残基数----887
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0197016
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3961.9889535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.263315679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7375884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.8122.954281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.86151165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8761559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.21102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0217817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8562.5313545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8532.5313544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6943.7894426
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 236 -
Rwork0.208 5043 -
all-5279 -
obs--99.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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