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- PDB-5ce5: Probing the roles of two tryptophans surrounding the unique zinc ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ce5
タイトルProbing the roles of two tryptophans surrounding the unique zinc coordination site in lipase family I.5
要素Triacylglycerol lipase
キーワードHYDROLASE / Lipase / Zinc / Domain Thermostability / Thermoactivity
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Lipase-like, C-terminal domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / triacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus thermocatenulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sezerman, O.U. / Podjarny, A.D. / Emel, T. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: Probing the roles of two tryptophans surrounding the unique zinc coordination site in lipase family I.5.
著者: Timucin, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / Sezerman, O.U.
履歴
登録2015年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0468
ポリマ－43,0511
非ポリマー9957
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.305, 128.180, 127.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-730-

HOH

21A-801-

HOH

31A-830-

HOH

41A-846-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Triacylglycerol lipase / BTL2 Lipase


分子量: 43050.992 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-417 / 変異: W61A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermocatenulatus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59260, triacylglycerol lipase

-
非ポリマー , 6種, 359分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-P15 / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / ヘキサエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 296.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28O7
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.59 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium citrate, MPD, ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 40640 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.125 / Rsym value: 0.128 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1796精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2w22

2w22


解像度: 2→45.28 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 2004 4.93 %
Rwork0.1639 --
obs0.1658 40640 98.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3042 0 62 352 3456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073179
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0224310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0351145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004561
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9951-2.0450.26951450.24262464X-RAY DIFFRACTION90
2.045-2.10030.27441490.21182648X-RAY DIFFRACTION96
2.1003-2.16210.20641380.19422720X-RAY DIFFRACTION98
2.1621-2.23190.22541140.18192758X-RAY DIFFRACTION99
2.2319-2.31160.23831690.17992725X-RAY DIFFRACTION99
2.3116-2.40420.22021560.17392742X-RAY DIFFRACTION99
2.4042-2.51360.23341440.17032765X-RAY DIFFRACTION99
2.5136-2.64610.20651620.1652744X-RAY DIFFRACTION99
2.6461-2.81190.19411470.16362763X-RAY DIFFRACTION99
2.8119-3.02890.2243930.17142859X-RAY DIFFRACTION99
3.0289-3.33370.19921460.15522787X-RAY DIFFRACTION99
3.3337-3.81590.17191400.1482833X-RAY DIFFRACTION100
3.8159-4.80670.18981400.13452857X-RAY DIFFRACTION100
4.8067-45.29170.17691610.16182971X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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