PDB-5ce4: High Resolution X-Ray and Neutron diffraction structure of H-FABP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ce4

タイトル

High Resolution X-Ray and Neutron diffraction structure of H-FABP

要素

Fatty acid-binding protein, heart

キーワード

CELL CYCLE / FABP Lipocalin

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 0.98 Å

データ登録者

Podjarny, A.D. / Howard, E.I. / Blakeley, M.P. / Guillot, B.

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2016
タイトル: High-resolution neutron and X-ray diffraction room-temperature studies of an H-FABP-oleic acid complex: study of the internal water cluster and ligand binding by a transferred ...
著者: Howard, E.I. / Guillot, B. / Blakeley, M.P. / Haertlein, M. / Moulin, M. / Mitschler, A. / Cousido-Siah, A. / Fadel, F. / Valsecchi, W.M. / Tomizaki, T. / Petrova, T. / Claudot, J. / Podjarny, A.

履歴

登録	2015年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月6日	Group: Database references
改定 1.2	2018年11月14日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ce4.cif.gz	104.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ce4.ent.gz	82.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ce4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ce4_validation.pdf.gz	766.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ce4_full_validation.pdf.gz	766.4 KB	表示
XML形式データ	5ce4_validation.xml.gz	4.5 KB	表示
CIF形式データ	5ce4_validation.cif.gz	7.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/5ce4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/5ce4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6xw9-d 5hz9-6 1yiv-d 1hmt-d 5bvt-d 5edb-d 4a1h-2 6xvs-2 5ura-3 3wbg-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (3)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Fatty acid-binding protein, heart

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.588, 55.307, 71.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fatty acid-binding protein, heart / Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived ...Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived growth inhibitor / MDGI / Muscle fatty acid-binding protein / M-FABP 分子量: 14807.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: H-FABP / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP3, FABP11, MDGI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05413
#2: 化合物	ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験

手法
X線回折
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris 22% PEG 4000 Heavy water

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	293	1
2	293	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X06SA	1	0.7085
NUCLEAR REACTOR	ILL	LADI III	2	3-4

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
PSI PILATUS 6M	1	PIXEL	2012年6月7日
FUJI	2	IMAGE PLATE	2012年9月1日	LADI-III

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	bartels	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Ni/Ti Multilayer filter	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.7085	1
2	3	1
3	4	1

反射

解像度: 0.98→43.67 Å / Num. obs: 73795 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

解像度: 0.98→1.03 Å / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1796)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

解像度: 0.98→31.11 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 23.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1592	3772	5.12 %	Random selection
R_work	0.1394	-	-	-
obs	0.1404	73652	93.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.98→31.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1030	0	20	179	1229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.049	2523
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.967	4110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.348	608
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	173
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	309

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.98-0.9924	0.3753	114	0.3302	2555	X-RAY DIFFRACTION	91
0.9924-1.0055	0.3285	156	0.3111	2495	X-RAY DIFFRACTION	91
1.0055-1.0192	0.2644	139	0.2792	2534	X-RAY DIFFRACTION	93
1.0192-1.0338	0.2832	135	0.2577	2517	X-RAY DIFFRACTION	92
1.0338-1.0492	0.2503	137	0.2302	2548	X-RAY DIFFRACTION	92
1.0492-1.0656	0.2048	138	0.2069	2464	X-RAY DIFFRACTION	90
1.0656-1.0831	0.2266	132	0.1889	2423	X-RAY DIFFRACTION	87
1.0831-1.1018	0.1754	119	0.1632	2468	X-RAY DIFFRACTION	90
1.1018-1.1218	0.1919	139	0.1536	2589	X-RAY DIFFRACTION	94
1.1218-1.1434	0.1635	128	0.1403	2585	X-RAY DIFFRACTION	94
1.1434-1.1667	0.1583	152	0.1373	2561	X-RAY DIFFRACTION	93
1.1667-1.1921	0.1523	141	0.1348	2600	X-RAY DIFFRACTION	94
1.1921-1.2198	0.1518	123	0.1336	2575	X-RAY DIFFRACTION	94
1.2198-1.2503	0.1399	150	0.1257	2627	X-RAY DIFFRACTION	94
1.2503-1.2842	0.1383	135	0.1223	2570	X-RAY DIFFRACTION	93
1.2842-1.3219	0.1409	153	0.123	2536	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3219-1.3646	0.1286	138	0.1135	2421	X-RAY DIFFRACTION	88
1.3646-1.4134	0.1257	145	0.1139	2649	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4134-1.47	0.1376	130	0.1152	2658	X-RAY DIFFRACTION	96
1.47-1.5369	0.1378	142	0.1149	2660	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5369-1.6179	0.1239	150	0.1094	2658	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6179-1.7192	0.1429	138	0.1184	2650	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7192-1.852	0.1258	166	0.1226	2573	X-RAY DIFFRACTION	93
1.852-2.0383	0.1257	127	0.1188	2587	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9001-2.175	0.2937	121	0.2876	2342	X-RAY DIFFRACTION	67
2.0383-2.3332	0.1234	137	0.131	2772	X-RAY DIFFRACTION	97
2.175-2.7399	0.2551	121	0.2257	2645	X-RAY DIFFRACTION	75
2.3332-2.9392	0.1773	145	0.1524	2778	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7399-29.934	0.2231	184	0.1718	3297	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9392-31.1257	0.1832	163	0.1458	2827	X-RAY DIFFRACTION	94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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