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- PDB-5cdv: Proline dipeptidase from Deinococcus radiodurans R1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cdv
タイトルProline dipeptidase from Deinococcus radiodurans R1
要素Proline dipeptidase
キーワードHYDROLASE / xaa-Pro peptidase / prolidase / Deinococcus radiodurans
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Creatinase, N-terminal / Creatinase/Prolidase N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase ...: / Creatinase, N-terminal / Creatinase/Prolidase N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Proline dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kumar, A. / Are, V. / Ghosh, B. / Jamdar, S. / Makde, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Proline dipeptidase from Deinococcus radiodurans R1 at 1.45 Angstrom resolution
著者: Kumar, A. / Are, V. / Ghosh, B. / Jamdar, S. / Makde, R.
履歴
登録2015年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7008
ポリマ－37,1471
非ポリマー5537
水6,684371
1
A: Proline dipeptidase
ヘテロ分子

A: Proline dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,39916
ポリマ－74,2932
非ポリマー1,10614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area27810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.619, 60.619, 202.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-851-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Proline dipeptidase


分子量: 37146.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_1246 / プラスミド: pST50Tr / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9RUY4
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.8M NaH2PO4, 0.8M KH2PO4, 10mM Tris-Cl pH 8.0, 100mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月8日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→39.48 Å / Num. obs: 67571 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.45 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSdata processing
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q6D

3q6d


解像度: 1.45→39.48 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1978 3366 4.99 %Random
Rwork0.1817 ---
obs0.1825 67444 98.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→39.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2592 0 27 371 2990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2913622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.916969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006477
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.47070.21911250.21052365X-RAY DIFFRACTION89
1.4707-1.49270.27761050.222494X-RAY DIFFRACTION94
1.4927-1.5160.20531140.18112605X-RAY DIFFRACTION96
1.516-1.54090.23071490.1782617X-RAY DIFFRACTION100
1.5409-1.56740.18841660.17012611X-RAY DIFFRACTION100
1.5674-1.59590.18271400.16932700X-RAY DIFFRACTION100
1.5959-1.62660.18111250.17162628X-RAY DIFFRACTION100
1.6266-1.65980.20411440.16122662X-RAY DIFFRACTION100
1.6598-1.69590.19681410.16462667X-RAY DIFFRACTION100
1.6959-1.73540.20891620.17072669X-RAY DIFFRACTION100
1.7354-1.77880.17881440.16422647X-RAY DIFFRACTION100
1.7788-1.82690.19591320.16742666X-RAY DIFFRACTION100
1.8269-1.88060.19461290.17622684X-RAY DIFFRACTION100
1.8806-1.94130.2641230.26742673X-RAY DIFFRACTION99
1.9413-2.01070.18881460.1812666X-RAY DIFFRACTION100
2.0107-2.09120.18351480.17342692X-RAY DIFFRACTION99
2.0912-2.18640.17951200.16542694X-RAY DIFFRACTION100
2.1864-2.30160.25871460.23822677X-RAY DIFFRACTION99
2.3016-2.44580.18481550.1862699X-RAY DIFFRACTION100
2.4458-2.63460.20091630.1772704X-RAY DIFFRACTION100
2.6346-2.89970.21011590.18672730X-RAY DIFFRACTION100
2.8997-3.31910.19831390.17922768X-RAY DIFFRACTION100
3.3191-4.1810.1711420.15912801X-RAY DIFFRACTION100
4.181-39.49560.1741490.17222959X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34330.17860.48620.22150.23150.49760.08240.0497-0.05150.07070.0161-0.05550.09070.01160.07530.07450.008-0.01720.0737-0.00290.08874.84-16.9141-0.6354
20.34140.048-0.38630.03690.210.40320.00190.14230.02750.0793-0.0046-0.0385-0.0181-0.15320.00690.04880.0249-0.00240.13210.0160.0893-27.4777-26.701-12.2493
30.14550.384-0.28170.0352-0.40.9092-0.00440.10960.04890.00130.1257-0.0062-0.1591-0.16330.07280.06240.0335-0.00590.11910.01540.0761-17.8616-20.3075-26.3209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 128 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 129 through 232 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 233 through 349 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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