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万見
- PDB-5cdj: apical domain of chloroplast chaperonin 60a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cdj
タイトルapical domain of chloroplast chaperonin 60a
要素RuBisCO large subunit-binding protein subunit alpha, chloroplastic
キーワードCHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast / ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family ...GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RuBisCO large subunit-binding protein subunit alpha, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Zhang, S. / Yu, F. / Liu, C. / Gao, F.
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2016
タイトル: Functional Partition of Cpn60 alpha and Cpn60 beta Subunits in Substrate Recognition and Cooperation with Co-chaperonins
著者: Zhang, S. / Zhou, H. / Yu, F. / Gao, F. / He, J. / Liu, C.
履歴
登録2015年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RuBisCO large subunit-binding protein subunit alpha, chloroplastic
B: RuBisCO large subunit-binding protein subunit alpha, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7492
ポリマ－40,7492
非ポリマー00
水6,341352
1
A: RuBisCO large subunit-binding protein subunit alpha, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3741
ポリマ－20,3741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RuBisCO large subunit-binding protein subunit alpha, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3741
ポリマ－20,3741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.912, 53.024, 59.311
Angle α, β, γ (deg.)110.02, 106.32, 91.42
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 RuBisCO large subunit-binding protein subunit alpha, chloroplastic / CPN60a / 60 kDa chaperonin subunit alpha / CPN-60 alpha


分子量: 20374.443 Da / 分子数: 2 / 断片: apical-domain, UNP residues 224-408 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42694
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→32.33 Å / Num. obs: 35856 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
CNSデータ削減
CNSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.75→32.33 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 21.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2106 1786 4.98 %
Rwork0.1857 --
obs0.1869 34075 96.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→32.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2804 0 0 352 3156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7813815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5481081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003490
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79730.26191130.21462508X-RAY DIFFRACTION91
1.7973-1.85020.26691540.21232561X-RAY DIFFRACTION96
1.8502-1.90990.23981390.19782618X-RAY DIFFRACTION96
1.9099-1.97820.2371340.20422648X-RAY DIFFRACTION96
1.9782-2.05740.22161440.18792593X-RAY DIFFRACTION96
2.0574-2.1510.23461480.17842643X-RAY DIFFRACTION97
2.151-2.26440.21231380.18622650X-RAY DIFFRACTION97
2.2644-2.40620.21651390.18452660X-RAY DIFFRACTION98
2.4062-2.59190.25361410.18462658X-RAY DIFFRACTION98
2.5919-2.85260.19251510.18372642X-RAY DIFFRACTION98
2.8526-3.26510.23891130.19032686X-RAY DIFFRACTION98
3.2651-4.11230.17741330.17162649X-RAY DIFFRACTION97
4.1123-32.33650.17441390.18132554X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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