PDB-5cde: R372A mutant of Xaa-Pro dipeptidase from Xanthomonas campestris

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cde

タイトル

R372A mutant of Xaa-Pro dipeptidase from Xanthomonas campestris

要素

Proline dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / Xaa-Pro dipeptidase / Xanthomonas campestris / prolidase

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Kumar, A. / Are, V. / Ghosh, B. / Jamdar, S. / Makde, R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: R372A mutant of Xaa-Pro dipeptidase from Xanthomonas campestris at 1.85 Angstrom resolution
著者: Kumar, A. / Are, V. / Ghosh, B. / Jamdar, S. / Makde, R.

履歴

登録	2015年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月4日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cde.cif.gz	317.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cde.ent.gz	258.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cde_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cde_full_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示
XML形式データ	5cde_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	5cde_validation.cif.gz	49.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/5cde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/5cde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cdl 5cdv
類似構造データ	5txc-2 5fch-d 5cik-d 4r60-d 5fcf-d 2z3w-d 5txc-1 5olj-d 4bp9-1 4bp9-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Proline dipeptidase

B: Proline dipeptidase

ヘテロ分子

86 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.088, 101.947, 111.509
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Proline dipeptidase 分子量: 42630.359 Da / 分子数: 2 / 変異: R372A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (バクテリア) 株: ATCC 33913 / NCPPB 528 / LMG 568 / 遺伝子: pepQ, XCC2409 / プラスミド: pST50Tr / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8P839
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M BisTris pH 5.5, 0.2 M Lithium sulphate, 25 % PEG 3350, 1 mM ZnCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

RRCAT INDUS-2

/ ビームライン: PX-BL21 / 波長: 1.28225 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月13日 / 詳細: x-ray mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.28225 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→46.36 Å / Num. obs: 77891 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.12 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 20.1 / Num. measured all: 539390 / Scaling rejects: 3

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.85-1.89	5.5	0.686	2.1	19647	3589	0.8	0.319	79.8
9.43-46.36	5.9	0.033	54	4027	681	0.999	0.014	97.7

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHENIX	1.9_1692	精密化
RESOLVE		位相決定
SOLVE		位相決定
Aimless	0.5.7	データスケーリング
XDS		data processing

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→34.921 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2242	3877	4.99 %	Random selection
R_work	0.1846	73804	-	-
obs	0.1866	77681	97.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.99 Å² / B_iso mean: 32.2078 Å² / B_iso min: 16.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→34.921 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5982	0	22	533	6537
B_iso mean	-	-	39.61	36.07	-
残基数	-	-	-	-	795

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6134
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	8370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	934
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1116
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.051	2184

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.8726	0.2949	115	0.2595	2065	2180	78
1.8726-1.8963	0.336	109	0.2629	2240	2349	84
1.8963-1.9212	0.2717	122	0.249	2380	2502	89
1.9212-1.9475	0.2758	138	0.2369	2576	2714	97
1.9475-1.9754	0.2932	122	0.2283	2680	2802	100
1.9754-2.0048	0.2895	142	0.2157	2645	2787	100
2.0048-2.0362	0.2615	133	0.2083	2683	2816	100
2.0362-2.0695	0.2767	153	0.2125	2677	2830	100
2.0695-2.1052	0.2414	145	0.2183	2638	2783	100
2.1052-2.1435	0.26	127	0.2106	2682	2809	100
2.1435-2.1847	0.2941	140	0.2057	2658	2798	100
2.1847-2.2293	0.2661	156	0.2007	2660	2816	100
2.2293-2.2778	0.2304	154	0.1925	2651	2805	100
2.2778-2.3308	0.2146	133	0.1922	2663	2796	100
2.3308-2.389	0.2622	137	0.1903	2669	2806	99
2.389-2.4536	0.2607	157	0.1979	2654	2811	100
2.4536-2.5258	0.2699	134	0.2024	2685	2819	99
2.5258-2.6073	0.2969	128	0.1959	2693	2821	99
2.6073-2.7004	0.2252	132	0.1985	2675	2807	99
2.7004-2.8085	0.2729	144	0.2095	2674	2818	99
2.8085-2.9363	0.2515	150	0.2027	2666	2816	99
2.9363-3.091	0.2281	134	0.1981	2697	2831	99
3.091-3.2845	0.2426	158	0.1882	2693	2851	100
3.2845-3.5379	0.2009	127	0.1776	2720	2847	99
3.5379-3.8935	0.1524	168	0.1519	2688	2856	100
3.8935-4.4559	0.1702	145	0.1432	2749	2894	100
4.4559-5.6102	0.1744	130	0.1495	2780	2910	100
5.6102-34.9272	0.2131	144	0.1723	2863	3007	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8919	0.4622	0.6962	2.2743	2.3016	4.0717	-0.0349	0.1145	0.4932	-0.5383	-0.159	0.0298	-1.2685	-0.2415	0.0562	0.7323	-0.0618	-0.0371	0.3	0.0962	0.4699	39.5132	68.536	51.5146
2	3.3352	0.525	0.0316	0.7517	0.0588	0.8646	0.0036	0.4675	-0.0025	-0.1675	0.0335	-0.0279	0.0798	0.1076	-0.0331	0.2579	0.0354	0.0003	0.2708	0.0045	0.1909	31.1668	33.4665	41.058
3	0.7505	0.0054	0.0004	1.2493	0.1279	1.943	-0.0242	-0.0166	0.1339	0.0383	-0.0351	-0.0843	-0.3006	0.223	0.0578	0.1951	-0.0611	0.0016	0.2294	0.0179	0.2393	44.4052	54.3576	63.9035
4	0.426	0.083	-0.0386	2.4015	-2.2695	3.1453	-0.2814	-0.038	0.5114	0.1561	-0.0358	-0.08	-0.7616	0.1316	0.3452	0.5578	-0.0019	-0.1801	0.2642	-0.0011	0.4839	9.1013	65.1536	60.7615
5	4.4429	0.5351	0.3283	0.5753	-0.0128	0.8883	0.0074	-0.5442	-0.0812	0.1157	-0.0003	-0.0359	-0.0172	-0.0701	-0.0038	0.2186	0.0085	-0.0021	0.2439	0.0124	0.183	24.188	35.0701	71.5295
6	4.7733	1.3654	0.2242	2.6318	-2.1398	6.5167	-0.0137	-0.4709	-0.3409	0.1607	-0.0365	-0.1551	0.1565	-0.0365	0.068	0.2379	0.0633	-0.0183	0.1951	-0.0067	0.2833	28.1761	24.8923	67.7395
7	6.564	-3.001	-1.0916	2.5979	0.4434	0.5617	-0.0133	0.0366	-0.2334	-0.0275	0.0038	0.0871	0.0743	0.0283	0.0296	0.2141	0.0123	-0.0198	0.2014	0.0084	0.1798	20.718	28.3079	61.8866
8	1.9969	1.1321	-1.0463	4.1935	-2.9227	4.1956	-0.3543	0.0579	0.4586	-0.1346	-0.0144	-0.0869	-0.6246	0.2491	0.2704	0.3904	-0.0829	-0.1683	0.2105	0.0312	0.4445	11.7817	61.189	54.4028
9	0.0454	-0.2059	0.0065	1.0403	-0.163	2.0341	-0.2322	0.4063	0.265	-0.2941	0.0377	-0.2838	-0.117	0.4568	0.1807	0.4228	-0.2221	-0.0906	0.4811	0.1571	0.4501	16.1411	57.7638	41.9753
10	0.8767	0.0503	0.6134	0.8605	0.2611	1.8055	-0.1498	0.1209	0.1767	-0.1695	0.0724	0.1473	-0.113	-0.0002	0.0675	0.1852	-0.0337	-0.0551	0.1678	0.0511	0.2525	3.2952	46.6573	46.2131

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 29 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 169 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 170 through 399 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 29 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 30 through 115 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 116 through 139 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 140 through 169 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 170 through 214 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 215 through 246 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 247 through 399 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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