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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cdb
タイトルStructure of the complex of a bimolecular human telomeric DNA with a 13-diphenylalkyl Berberine derivative
要素human telomeric DNA
キーワードDNA / DRUG-DNA COMPLEX / G-QUADRUPLEX
機能・相同性13-diphenylalkyl Berberine / : / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Bazzicalupi, C. / Gratteri, P. / Papi, F.
引用ジャーナル: Chem Asian J / 年: 2016
タイトル: Solution and Solid-State Analysis of Binding of 13-Substituted Berberine Analogues to Human Telomeric G-quadruplexes.
著者: Ferraroni, M. / Bazzicalupi, C. / Papi, F. / Fiorillo, G. / Guaman-Ortiz, L.M. / Nocentini, A. / Scovassi, A.I. / Lombardi, P. / Gratteri, P.
履歴
登録2015年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: human telomeric DNA
B: human telomeric DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1705
ポリマ－7,5472
非ポリマー6233
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.132, 41.132, 71.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 human telomeric DNA


分子量: 3773.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-50B / 13-diphenylalkyl Berberine / 13-(4,4-ジフェニルブチル)-9,10-ジメトキシ-5,6-ジヒドロベンゾ[g]-1,3-ベンゾジオキソロ[5,(以下略)


分子量: 544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C36H34NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.35 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulphate, lithium sulphate, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35.62 Å / Num. obs: 7183 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 25.5 % / Biso Wilson estimate: 47.638 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 1.128 / Net I/σ(I): 20.83 / Num. measured all: 183179
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.7-1.811.90.9822.0120.8412699113810612.10393.2
1.8-1.920.7872.4441.2220866107310732.51100
1.92-2.080.8961.5922.6731103100510051.619100
2.08-2.270.9780.7895.57278579279270.803100
2.27-2.540.9970.32813.1268828468460.333100
2.54-2.9310.12128.35225907627620.123100
2.93-3.5810.04156.92187056516510.042100
3.58-5.0410.04179.71145345235230.041100
5.040.9990.03884.0779433353350.039100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.45 Å29.08 Å
Translation4.45 Å29.08 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P1D

4p1d


解像度: 1.7→35.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.2935 / WRfactor Rwork: 0.2343 / FOM work R set: 0.6624 / SU B: 4.681 / SU ML: 0.131 / SU R Cruickshank DPI: 0.1397 / SU Rfree: 0.1409 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2841 355 5 %RANDOM
Rwork0.2311 ---
obs0.2335 7120 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.8 Å2 / Biso mean: 45.885 Å2 / Biso min: 29.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.5 Å2-0 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→35.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 482 43 28 553
Biso mean--52.72 60.87 -
残基数----24
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.014589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8131.679905
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2914.863587

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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