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- PDB-5cck: Crystal structure of Human anti-HIV-1 broadly neutralizing antibo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cck
タイトルCrystal structure of Human anti-HIV-1 broadly neutralizing antibody 3BC315 Fab
要素
  • Antibody 3BC315 Fab heavy chain
  • Antibody 3BC315 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / Env / bnAb / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lee, J.H. / Ward, A.B. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI082362 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI100663 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI084817 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI114401 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI098602 米国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Antibodies to a conformational epitope on gp41 neutralize HIV-1 by destabilizing the Env spike.
著者: Jeong Hyun Lee / Daniel P Leaman / Arthur S Kim / Alba Torrents de la Peña / Kwinten Sliepen / Anila Yasmeen / Ronald Derking / Alejandra Ramos / Steven W de Taeye / Gabriel Ozorowski / ...著者: Jeong Hyun Lee / Daniel P Leaman / Arthur S Kim / Alba Torrents de la Peña / Kwinten Sliepen / Anila Yasmeen / Ronald Derking / Alejandra Ramos / Steven W de Taeye / Gabriel Ozorowski / Florian Klein / Dennis R Burton / Michel C Nussenzweig / Pascal Poignard / John P Moore / Per Johan Klasse / Rogier W Sanders / Michael B Zwick / Ian A Wilson / Andrew B Ward /
要旨: The recent identification of three broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against gp120-gp41 interface epitopes has expanded the targetable surface on the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer. ...The recent identification of three broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against gp120-gp41 interface epitopes has expanded the targetable surface on the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer. By using biochemical, biophysical and computational methods, we map the previously unknown trimer epitopes of two related antibodies, 3BC315 and 3BC176. A cryo-EM reconstruction of a soluble Env trimer bound to 3BC315 Fab at 9.3 Å resolution reveals that the antibody binds between two gp41 protomers, and neutralizes the virus by accelerating trimer decay. In contrast, bnAb 35O22 binding to a partially overlapping quaternary epitope at the gp120-gp41 interface does not induce decay. A conserved gp41-proximal glycan at N88 was also shown to play a role in the binding kinetics of 3BC176 and 3BC315. Finally, our data suggest that the dynamic structure of the Env trimer influences exposure of bnAb epitopes.
履歴
登録2015年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Other
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Antibody 3BC315 Fab heavy chain
L: Antibody 3BC315 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2303
ポリマ－48,0092
非ポリマー2211
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.075, 49.522, 159.025
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Antibody 3BC315 Fab heavy chain


分子量: 24999.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody 3BC315 Fab light chain


分子量: 23009.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.3 / 詳細: 0.1M CAPS pH 10.3, 0.25 M NaCl, 20% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.28 Å / Num. obs: 27626 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 61.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→47.28 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2066 2002 7.25 %
Rwork0.1561 --
obs0.1597 27626 96.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3276 0 14 339 3629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073427
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1824672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9081227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9507-1.99950.23861330.15421679X-RAY DIFFRACTION90
1.9995-2.05350.24231270.14511708X-RAY DIFFRACTION93
2.0535-2.11390.1951450.14411744X-RAY DIFFRACTION93
2.1139-2.18220.20611300.14561732X-RAY DIFFRACTION93
2.1822-2.26020.2091410.14321737X-RAY DIFFRACTION94
2.2602-2.35070.22181320.15681805X-RAY DIFFRACTION96
2.3507-2.45760.22091460.15761841X-RAY DIFFRACTION98
2.4576-2.58720.2321460.17611868X-RAY DIFFRACTION99
2.5872-2.74930.24381470.18041873X-RAY DIFFRACTION100
2.7493-2.96150.21041510.17161869X-RAY DIFFRACTION100
2.9615-3.25950.23111480.17051904X-RAY DIFFRACTION100
3.2595-3.7310.20161460.15251906X-RAY DIFFRACTION100
3.731-4.70.14961530.13191911X-RAY DIFFRACTION99
4.7-47.29630.20571570.16082047X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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