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- PDB-5cbx: AncGR DNA Binding Domain - (+)GRE Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cbx
タイトルAncGR DNA Binding Domain - (+)GRE Complex
要素
  • AncGR DNA Binding Domain
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
キーワードdna binding protein/dna / DNA binding protein / dna binding protein-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / microglia differentiation / mammary gland duct morphogenesis / maternal behavior ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / microglia differentiation / mammary gland duct morphogenesis / maternal behavior / astrocyte differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / adrenal gland development / cellular response to steroid hormone stimulus / regulation of gluconeogenesis / estrogen response element binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / cellular response to dexamethasone stimulus / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / TBP-class protein binding / positive regulation of miRNA transcription / SUMOylation of intracellular receptors / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Hsp90 protein binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / spindle / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / chromatin organization / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / mitochondrial matrix / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / synapse / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種unclassified (unknown)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Hudson, W.H. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK095750 米国
American Heart Association14GRNT20460124 米国
American Heart Association13PRE16920012 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Distal substitutions drive divergent DNA specificity among paralogous transcription factors through subdivision of conformational space.
著者: Hudson, W.H. / Kossmann, B.R. / de Vera, I.M. / Chuo, S.W. / Weikum, E.R. / Eick, G.N. / Thornton, J.W. / Ivanov, I.N. / Kojetin, D.J. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2015年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AncGR DNA Binding Domain
B: AncGR DNA Binding Domain
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
E: AncGR DNA Binding Domain
F: AncGR DNA Binding Domain
G: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,49616
ポリマ－68,9738
非ポリマー5238
水2,864159
1
A: AncGR DNA Binding Domain
B: AncGR DNA Binding Domain
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7488
ポリマ－34,4864
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
2
E: AncGR DNA Binding Domain
F: AncGR DNA Binding Domain
G: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7488
ポリマ－34,4864
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.820, 81.575, 116.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
AncGR DNA Binding Domain / Glucocorticoid receptor


分子量: 11739.622 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unclassified (unknown) / 遺伝子: NR3C1, GRL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04150*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')


分子量: 5540.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')


分子量: 5466.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細This sequence was generated from ancestral sequence reconstruction

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 12% PEG 20000, and 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 57251 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 14.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2→33.326 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 2776 4.85 %
Rwork0.2105 --
obs0.2114 57246 94.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2237 1460 8 159 3864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063963
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8315629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6971582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9942-2.02860.32531050.31841877X-RAY DIFFRACTION67
2.0286-2.06550.33191220.31212526X-RAY DIFFRACTION86
2.0655-2.10520.24321290.28452603X-RAY DIFFRACTION91
2.1052-2.14820.29881480.28332702X-RAY DIFFRACTION94
2.1482-2.19490.27111490.2682750X-RAY DIFFRACTION96
2.1949-2.24590.27271490.2582737X-RAY DIFFRACTION96
2.2459-2.30210.28511590.26732800X-RAY DIFFRACTION98
2.3021-2.36430.2941570.262793X-RAY DIFFRACTION98
2.3643-2.43390.29031350.25562829X-RAY DIFFRACTION98
2.4339-2.51240.32151520.25462837X-RAY DIFFRACTION98
2.5124-2.60220.27981400.25152819X-RAY DIFFRACTION99
2.6022-2.70630.25981510.24362837X-RAY DIFFRACTION98
2.7063-2.82940.25351410.23922842X-RAY DIFFRACTION98
2.8294-2.97850.25781540.23922821X-RAY DIFFRACTION98
2.9785-3.1650.23711360.24412839X-RAY DIFFRACTION98
3.165-3.40910.27581330.21812753X-RAY DIFFRACTION95
3.4091-3.75180.22991370.212802X-RAY DIFFRACTION97
3.7518-4.29370.19421200.16842835X-RAY DIFFRACTION96
4.2937-5.40580.16411120.1652793X-RAY DIFFRACTION95
5.4058-33.33050.16861470.16212675X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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