PDB-5cbq: Crystal structure of a T1-like thiolase from Mycobacterium smegmatis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cbq

タイトル

Crystal structure of a T1-like thiolase from Mycobacterium smegmatis

要素

Beta-ketothiolase

キーワード

TRANSFERASE / Thiolase / Mycobacterium smegmatis / coenzyme A

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA C-acetyltransferase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Janardan, N. / Murthy, M.R.N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of a mitochondrial 3-ketoacyl-CoA (T1)-like thiolase from Mycobacterium smegmatis
著者: Janardan, N. / Harijan, R.K. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Murthy, M.R.

履歴

登録	2015年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cbq.cif.gz	435.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cbq.ent.gz	357.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cbq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cbq_validation.pdf.gz	489 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cbq_full_validation.pdf.gz	544.4 KB	表示
XML形式データ	5cbq_validation.xml.gz	97.5 KB	表示
CIF形式データ	5cbq_validation.cif.gz	127 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cbq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zrcC 5byvC 5bz4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5byv-2 5bz4-3 5bz4-2 4zrc-d 5byv-3 5bz4-1 5byv-1 5lp7-2 1m1o-d 1m4t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (7) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-ketothiolase

B: Beta-ketothiolase

C: Beta-ketothiolase

D: Beta-ketothiolase

E: Beta-ketothiolase

F: Beta-ketothiolase

263 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-ketothiolase

B: Beta-ketothiolase

C: Beta-ketothiolase

D: Beta-ketothiolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Beta-ketothiolase

F: Beta-ketothiolase

E: Beta-ketothiolase

F: Beta-ketothiolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.460, 181.470, 271.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: 1

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	VAL	VAL	A	A	4 - 404	10 - 410
2	GLN	GLN	B	B	4 - 405	10 - 411
3	GLN	GLN	C	C	4 - 405	10 - 411
4	GLU	GLU	D	D	4 - 406	10 - 412
5	GLN	GLN	E	E	4 - 405	10 - 411
6	VAL	VAL	F	F	4 - 404	10 - 410

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.356105, 0.911604, 0.205347), (0.915268, 0.295976, 0.273283), (0.188348, 0.285265, -0.93976)	-10.0818, -35.44979, 198.04489
3	given	(0.364495, -0.921258, -0.135745), (-0.924349, -0.375604, 0.067091), (-0.112795, 0.101022, -0.988469)	74.97512, 81.51023, 223.23468
4	given	(-0.995769, 0.014715, -0.090702), (0.021182, -0.923752, -0.382405), (-0.089413, -0.382709, 0.919532)	82.54122, 119.4108, 26.37203
5	given	(-0.528788, 0.844561, -0.084264), (-0.76711, -0.518047, -0.378377), (-0.363215, -0.135441, 0.921808)	-27.30582, 108.50759, 59.6585
6	given	(-0.58423, -0.799619, -0.138867), (-0.811307, 0.579914, 0.074027), (0.021337, 0.155912, -0.98754)	111.63689, -12.77686, 166.1734

#1: タンパク質	Beta-ketothiolase 分子量: 43836.699 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_2207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QUH3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.15 M calcium chloride dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→135.9 Å / Num. obs: 91315 / % possible obs: 89.09 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.45→135.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 10.677 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.641 / ESU R Free: 0.316
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26757	4603	5 %	RANDOM
R_work	0.22575	-	-	-
obs	0.22782	86712	89.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.142 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→135.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17367	0	0	336	17703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	17843
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.83	1.969	24227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.387	5	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.465	23.393	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.246	15	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.404	15	168
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	13558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.957	3.827	9587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.547	5.731	11972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.736	4.094	8252
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.973	31.726	26519
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2799 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Auth asym-ID	Rms dev position (Å)
A	7.66
B	7.74
C	6.59
D	8.55
E	6.18
F	10.25

LS精密化シェル

解像度: 2.453→2.517 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	314	-
R_work	0.312	5998	-
obs	-	-	83.95 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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