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- PDB-5cbp: Crystal Structure of Conjoint Pyrococcus furiosus L-asparaginase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cbp
タイトルCrystal Structure of Conjoint Pyrococcus furiosus L-asparaginase at 37 degree C
要素(L-asparaginase) x 2
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


asparaginase / asparaginase activity / amino acid metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type I L-asparaginase family / Type I (cytosolic) L-asparaginase / L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase ...Type I L-asparaginase family / Type I (cytosolic) L-asparaginase / L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like / L-asparaginase, N-terminal / Asparaginase/glutaminase-like superfamily / L-asparaginase, N-terminal domain superfamily / Asparaginase, N-terminal / Asparaginase / glutaminase domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / ISOPROPYL ALCOHOL / L-asparaginase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.358 Å
データ登録者Sharma, P. / Yadav, S.P. / Tomar, R. / Kundu, B. / Ashish, F.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Heat induces end to end repetitive association in P. furiosus L-asparaginase which enables its thermophilic property.
著者: Sharma, P. / Tomar, R. / Yadav, S.S. / Badmalia, M.D. / Nath, S.K. / Kundu, B.
履歴
登録2015年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-asparaginase
B: L-asparaginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,71812
ポリマ－33,7962
非ポリマー92210
水1,11762
1
A: L-asparaginase
B: L-asparaginase
ヘテロ分子

A: L-asparaginase
B: L-asparaginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,43624
ポリマ－67,5924
非ポリマー1,84420
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
Buried area13970 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area22390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.555, 90.555, 190.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-517-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 L-asparaginase


分子量: 19891.836 Da / 分子数: 1 / 断片: N-Terminal domain, UNP residues 1-182 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
株: DSM 3638 / 遺伝子: PF2047, ph0066 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q8TZE8
#2: タンパク質 L-asparaginase


分子量: 13904.347 Da / 分子数: 1 / 断片: C-Terminal domain UNP residues 202-326 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
株: DSM 3638 / 遺伝子: PF2047, ph0066 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q8TZE8

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非ポリマー , 4種, 72分子

#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.47 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate, 30%(v/v) 2-Propanol
PH範囲: 5.5-6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月15日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.358→50 Å / Num. obs: 19854 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 38.9
反射 シェル解像度: 2.36→2.4 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.2_869精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RA9

4ra9


解像度: 2.358→36.836 Å / SU ML: 0.69 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2431 1006 5.13 %Random selection
Rwork0.2014 ---
obs0.2035 19618 99.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.489 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.666 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.666 Å2-0 Å2
3----13.3319 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.358→36.836 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2363 0 61 62 2486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1473336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.963945
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3582-2.48250.37551490.28622595X-RAY DIFFRACTION100
2.4825-2.6380.29251490.25862604X-RAY DIFFRACTION100
2.638-2.84170.32651370.24822624X-RAY DIFFRACTION100
2.8417-3.12750.30481520.24222610X-RAY DIFFRACTION99
3.1275-3.57970.28341300.20672611X-RAY DIFFRACTION98
3.5797-4.50880.21271470.17412672X-RAY DIFFRACTION99
4.5088-36.84010.18591420.18012896X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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