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- PDB-5cbl: Crystal structure of the C-terminal domain of human galectin-4 wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cbl
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of human galectin-4 with lactose
要素(Galectin-4) x 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / galectins / beta-galactosides binding
機能・相同性
機能・相同性情報


antibacterial peptide biosynthetic process / galactoside binding / carbohydrate binding / : / cell adhesion / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / Galectin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.781 Å
データ登録者Rustiguel, J.K. / Nonato, M.C.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2011/21811-1 and 2010/16153-2 ブラジル
引用ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2015
タイトル: Recombinant expression, purification and preliminary biophysical and structural studies of C-terminal carbohydrate recognition domain from human galectin-4.
著者: Rustiguel, J.K. / Kumagai, P.S. / Dias-Baruffi, M. / Costa-Filho, A.J. / Nonato, M.C.
履歴
登録2015年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Data collection / Database references
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年5月1日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _cell.Z_PDB / _chem_comp.formula ..._cell.Z_PDB / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_branch_scheme.entity_id / _pdbx_entity_branch.entity_id / _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id / _pdbx_entity_branch_link.entity_id / _pdbx_entity_branch_list.entity_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Galectin-4
B: Galectin-4
C: Galectin-4
D: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,22811
ポリマ－65,5794
非ポリマー1,6497
水5,350297
1
A: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7182
ポリマ－16,3761
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9824
ポリマ－16,4521
非ポリマー5303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8103
ポリマ－16,3761
非ポリマー4342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7182
ポリマ－16,3761
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.512, 126.741, 45.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLYGLYchain AAA184 - 3239 - 148
2GLYGLYchain BBB184 - 3239 - 148
3PROPROchain CCC185 - 32310 - 148
4PROPROchain DDD186 - 32311 - 148

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACDB

#1: タンパク質 Galectin-4 / Gal-4 / Antigen NY-CO-27 / L-36 lactose-binding protein / L36LBP / Lactose-binding lectin 4


分子量: 16375.621 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 179-323 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS4 / プラスミド: pET-28a-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P56470
#2: タンパク質 Galectin-4 / Gal-4 / Antigen NY-CO-27 / L-36 lactose-binding protein / L36LBP / Lactose-binding lectin 4


分子量: 16451.740 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 179-323 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS4 / プラスミド: pET-28a-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P56470

-
糖 , 1種, 4分子

#3: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 300分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.99 % / 解説: twinning crystals
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% a 35% PEG 4000-10000, 0.2 to 0.4 M lithium or ammonium sulfate
PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.9 % / 数: 274222 / Rsym value: 0.101 / D res high: 1.781 Å / D res low: 63.37 Å / Num. obs: 46238 / % possible obs: 95.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.6363.3710.0510.0516.2
3.985.6310.0680.0686.1
3.253.9810.0750.0756.4
2.823.2510.0990.0995.8
2.522.8210.1320.1326.1
2.32.5210.1660.1665.7
2.132.310.2130.2135.9
1.992.1310.270.276
1.881.9910.3670.3675.8
1.781.8810.5060.5065.9
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.27
反射解像度: 1.781→63.37 Å / Num. obs: 46238 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 5.9 % / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.111 / Rsym value: 0.101 / Net I/av σ(I): 4.5 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 274222
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.78-1.885.90.5063.24034668770.2260.5063.297.4
1.88-1.995.80.36723637662690.1650.3674.493.9
1.99-2.1360.272.63532158920.1180.27694.3
2.13-2.35.90.2133.23370457160.0940.2137.597.3
2.3-2.525.70.16642824049650.0740.1668.992
2.52-2.826.10.13252893747740.0570.13211.198.1
2.82-3.255.80.0996.12333540280.0440.09913.793.2
3.25-3.986.40.0758.12261535600.0310.07517.798.4
3.98-5.636.10.0688.11599626410.0290.06818.693.1
5.63-63.376.20.05110.3935215160.0210.05117.597

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.78 Å63.37 Å
Translation1.78 Å63.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.1.3データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OJB

3ojb


解像度: 1.781→63.37 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.7 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 2075 4.49 %random selection
Rwork0.182 44162 --
obs0.1854 46206 95.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.21 Å2 / Biso mean: 29.8378 Å2 / Biso min: 9.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.781→63.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4130 0 220 297 4647
Biso mean--35.27 29.02 -
残基数----542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9795966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004767
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.951515
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3034X-RAY DIFFRACTION11.598TORSIONAL
12B3034X-RAY DIFFRACTION11.598TORSIONAL
13C3034X-RAY DIFFRACTION11.598TORSIONAL
14D3034X-RAY DIFFRACTION11.598TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7813-1.82580.29071520.25273254340693
1.8258-1.87520.24871430.25383159330293
1.8752-1.93040.26221470.24123160330792
1.9304-1.99260.25461360.23443040317688
1.9926-2.06380.24771320.22653053318588
2.0638-2.14640.25781410.2183181332293
2.1464-2.24410.23111470.21753271341894
2.2441-2.36230.24441470.20793145329291
2.3623-2.51020.23441390.20482954309386
2.5102-2.70380.26031510.19823281343294
2.7038-2.97550.2421440.18253182332693
2.9755-3.40530.18521340.15863075320989
3.4053-4.28710.18091490.14093252340193
4.2871-25.88830.2271430.1583155329890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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