PDB-5cb8: Crystal structure of Adenosine-5'-phosphosulfate kinase in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cb8

タイトル

Crystal structure of Adenosine-5'-phosphosulfate kinase in complex with APS and sulfate

要素

Probable adenylyl-sulfate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Synechocystis / sulfur metabolism / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfate assimilation via adenylyl sulfate reduction / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / adenylyl-sulfate kinase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Herrmann, J. / Jez, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Recapitulating the Structural Evolution of Redox Regulation in Adenosine 5'-Phosphosulfate Kinase from Cyanobacteria to Plants.
著者: Herrmann, J. / Nathin, D. / Lee, S.G. / Sun, T. / Jez, J.M.

履歴

登録	2015年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cb8.cif.gz	168.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cb8.ent.gz	132.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cb8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cb8_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cb8_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5cb8_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	5cb8_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cb8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cb6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cb6-1 5cb6-2 2oz2-d 3lxs-d 4e1d-d 4pi3-d 2bwj-2 5bmu-3 4gqk-d 2bwj-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Probable adenylyl-sulfate kinase

B: Probable adenylyl-sulfate kinase

ヘテロ分子

45.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.756, 140.756, 140.756
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	Probable adenylyl-sulfate kinase / APS kinase / ATP adenosine-5'-phosphosulfate 3'-phosphotransferase / Adenosine-5'-phosphosulfate kinase 分子量: 21872.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: cysC, slr0676 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P72940, adenylyl-sulfate kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADX / ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE / アデノシン5′-ホスホ硫酸タイプ: RNA linking / 分子量: 427.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₁₀PS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 5 mM APS and 10 mM K2SO4 and mixed with 0.1 M CAPS/KOH, pH 10.5, 2 M ammonium sulfate, and 0.2 M LiSO4 PH範囲: 10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→31.5 Å / Num. all: 810057 / Num. obs: 37779 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.4 % / Net I/σ(I): 50

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CB6

5cb6

解像度: 1.88→31.474 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1757	1891	5.01 %
R_work	0.1551	-	-
obs	0.1561	37755	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→31.474 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2742	0	82	557	3381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2925
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.038	3986
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.572	1145
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	456
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	505

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8799-1.9269	0.2498	138	0.1919	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9269-1.979	0.2025	123	0.1778	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.979-2.0372	0.2487	143	0.165	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0372-2.103	0.221	128	0.1639	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.103-2.1781	0.2028	143	0.1618	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1781-2.2653	0.2005	153	0.1535	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2653-2.3684	0.1926	145	0.1617	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3684-2.4932	0.1717	124	0.1557	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4932-2.6493	0.1751	127	0.1582	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6493-2.8538	0.1816	135	0.1581	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8538-3.1407	0.1919	126	0.1564	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1407-3.5946	0.1456	137	0.1477	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5946-4.5267	0.1365	132	0.1262	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5267-31.4784	0.1675	137	0.1706	2665	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7967	1.0651	-1.0999	1.5396	-0.256	1.8552	-0.0607	0.0071	-0.2481	-0.1031	0.0337	-0.4176	0.3008	0.4397	0.0863	0.243	0.0746	0.02	0.2413	-0.0166	0.1929	52.8336	21.8494	5.137
2	2.2462	0.9642	-0.431	1.199	-0.3236	1.0687	0.0075	-0.0051	0.1124	-0.0056	-0.0158	-0.0543	0.0492	0.0869	0.0206	0.169	0.017	-0.0132	0.1475	-0.0104	0.1422	45.888	31.5895	12.4075
3	1.2924	0.8226	-0.5324	1.1806	-0.3037	1.7569	-0.1221	0.098	-0.0785	-0.234	0.0659	-0.0661	0.2303	0.0065	0.0405	0.2418	0.0124	-0.0076	0.1532	-0.0081	0.1354	40.088	18.4062	5.57
4	1.8673	-0.1009	-1.07	1.3833	0.6985	2.8666	-0.0009	0.4465	0.292	-0.4086	0.0389	-0.1604	-0.1732	0.0295	-0.1182	0.1983	-0.0197	0.0353	0.2571	0.0793	0.2637	65.5874	48.1713	17.099
5	1.2259	-0.3292	-0.2218	1.0593	1.0842	2.4083	0.0077	0.0774	0.0728	-0.0533	0.0044	-0.0563	0.1271	-0.0071	-0.0133	0.1487	-0.0058	-0.0086	0.1374	0.0172	0.1725	58.0018	38.8402	24.4345
6	1.6798	-0.2486	-0.4556	1.1695	0.8436	1.2782	0.0374	0.0041	0.2465	-0.0616	0.0764	-0.2441	-0.089	0.1263	-0.0792	0.1359	-0.0155	-0.0033	0.1551	0.0123	0.2456	64.8313	51.9425	30.1603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 3:35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 36:103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 104:176
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 2:35
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resid 36:103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 104:177

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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