[日本語] English
万見
- PDB-5cb0: Crystal structure and functional implications of the tandem-type ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cb0
タイトルCrystal structure and functional implications of the tandem-type universal stress protein UspE from Escherichia coli
要素Universal stress protein E
キーワードUNKNOWN FUNCTION / UspE / UspA superfamily / Enterohemorrhagic Escherichia coli
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation / response to stress / small molecule binding / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to UV / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12370 / UspA / Universal stress protein family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxotetradecanoic acid / Universal stress protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.207 Å
データ登録者Xu, Y. / Quan, C.S. / Jin, X. / Jin, L. / Kim, J.S. / Guo, J. / Fan, S. / Ha, N.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
The National Natural Science Foundation of China31200556 中国
the China Postdoctoral Science Foundation2013M540229 中国
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure and functional implications of the tandem-type universal stress protein UspE from Escherichia coli.
著者: Xu, Y. / Guo, J. / Jin, X. / Kim, J.S. / Ji, Y. / Fan, S. / Ha, N.C. / Quan, C.S.
履歴
登録2015年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Universal stress protein E
B: Universal stress protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9804
ポリマ－71,4962
非ポリマー4852
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area26240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.134, 121.134, 241.745
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質 Universal stress protein E


分子量: 35747.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: uspE, ydaA, b1333, JW1327 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AAC0
#2: 化合物 ChemComp-Z6X / 3-oxotetradecanoic acid / 3-オキソテトラデカン酸


分子量: 242.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 10% 1.4-dioxane, 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES (pH 6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→19.9 Å / Num. all: 16684 / Num. obs: 16684 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 3.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OLQ

3olq


解像度: 3.207→19.9 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 29.47 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3006 1313 10.03 %
Rwork0.2431 --
obs0.2489 13096 46.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.207→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4631 0 34 0 4665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3936489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7011791
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009841
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2074-3.33580.3409820.2618730X-RAY DIFFRACTION26
3.3358-3.48760.34421060.2774965X-RAY DIFFRACTION34
3.4876-3.67140.34981360.27391221X-RAY DIFFRACTION43
3.6714-3.90130.35031520.27911365X-RAY DIFFRACTION48
3.9013-4.20230.30591530.24471382X-RAY DIFFRACTION50
4.2023-4.62480.33581650.22411479X-RAY DIFFRACTION52
4.6248-5.29310.27771650.2291490X-RAY DIFFRACTION53
5.2931-6.66530.26581690.261514X-RAY DIFFRACTION54
6.6653-44.96220.27151850.2221637X-RAY DIFFRACTION58

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る