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- PDB-5cad: Crystal structure of the vicilin from Solanum melongena revealed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cad
タイトルCrystal structure of the vicilin from Solanum melongena revealed existence of different anionic ligands in structurally similar pockets
要素SM80.1 Vicilin
キーワードPLANT PROTEIN / Solanaceae / Solanum melongena / 7S vicilin / SM80.1
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PYROGLUTAMIC ACID / SM80.1 Vicilin
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum melongena (ナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Jain, A. / Kumar, A. / Salunke, D.M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the vicilin from Solanum melongena reveals existence of different anionic ligands in structurally similar pockets
著者: Jain, A. / Kumar, A. / Salunke, D.M.
履歴
登録2015年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SM80.1 Vicilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8564
ポリマ－42,6441
非ポリマー2123
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.330, 119.330, 158.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 SM80.1 Vicilin


分子量: 42643.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum melongena (ナス) / 組織: seed / 参照: UniProt: A0A158RFR1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PCA / PYROGLUTAMIC ACID


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 129.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 % / 解説: Hexagonal crystal
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50mM Tris-Cl, 1.5 M Sodium malonate, 10% Peg 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→22.71 Å / Num. obs: 70495 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.49→1.57 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX1.8.1位相決定
Coot0.6モデル構築
iMOSFLMdata processing
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.49→22.71 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 23
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2102 3556 5 %Random selection
Rwork0.1994 66896 --
obs-70452 99.9 %-
溶媒の処理Bsol: 59.2503 Å2
原子変位パラメータBiso max: 67.63 Å2 / Biso mean: 21.2462 Å2 / Biso min: 1.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.122 Å20 Å20 Å2
2---3.122 Å20 Å2
3---6.243 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.49→22.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2912 0 14 256 3182
Biso mean--32.31 30.46 -
残基数----379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.969
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION6cnsACT.param
X-RAY DIFFRACTION7cnsPCA.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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