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- PDB-5c9m: The structure of oxidized rat cytochrome c (T28A) at 1.362 angstr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c9m
タイトルThe structure of oxidized rat cytochrome c (T28A) at 1.362 angstroms resolution.
要素Cytochrome c, somatic
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome c oxidized rat mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Respiratory electron transport / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / response to carbon monoxide ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Respiratory electron transport / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / response to carbon monoxide / apoptosome / positive regulation of cellular respiration / Regulation of the apoptosome activity / negative regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process / response to gravity / glial cell apoptotic process / response to copper ion / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / hydrogen peroxide metabolic process / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / response to ischemia / mitochondrial intermembrane space / response to oxidative stress / electron transfer activity / heme binding / apoptotic process / enzyme binding / mitochondrion / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXACYANOFERRATE(3-) / HEME C / Cytochrome c, somatic
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.362 Å
データ登録者Edwards, B.F.P. / Mahapatra, G. / Vaishnav, A.A. / Brunzelle, J.S. / Huttemann, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIGMS RO1 089900 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of oxidized rat cytochrome c (T28A) at 1.362 angstroms resolution.
著者: Edwards, B.F.P. / Mahapatra, G. / Vaishnav, A.A. / Brunzelle, J.S. / Huttemann, M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Phosphomimetic substitution of cytochrome C tyrosine 48 decreases respiration and binding to cardiolipin and abolishes ability to trigger downstream caspase activation.
著者: Pecina, P. / Borisenko, G.G. / Belikova, N.A. / Tyurina, Y.Y. / Pecinova, A. / Lee, I. / Samhan-Arias, A.K. / Przyklenk, K. / Kagan, V.E. / Huttemann, M.
履歴
登録2015年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c, somatic
B: Cytochrome c, somatic
C: Cytochrome c, somatic
D: Cytochrome c, somatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,71612
ポリマ－46,3944
非ポリマー3,3228
水8,503472
1
A: Cytochrome c, somatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4293
ポリマ－11,5981
非ポリマー8302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome c, somatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6414
ポリマ－11,5981
非ポリマー1,0423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytochrome c, somatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4293
ポリマ－11,5981
非ポリマー8302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cytochrome c, somatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2172
ポリマ－11,5981
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.517, 52.567, 61.771
Angle α, β, γ (deg.)109.86, 92.93, 92.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Monomer confirmed by gel filtration

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome c, somatic


分子量: 11598.462 Da / 分子数: 4 / 変異: T29A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: somatic / 遺伝子: Cycs / プラスミド: pLW01 / 細胞株 (発現宿主): C41 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62898
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-FC6 / HEXACYANOFERRATE(3-) / FERRI(III)HEXACYANIDE


分子量: 211.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6FeN6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Mouse Cytochrome c has the same sequence (UNP P62897/CYC_MOUSE) as this entry (UNP P62898/CYC_RAT)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % / 解説: 0.3 x0.1 mm prisms
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 mg/ml protein, PEG 4000, isopropanol, sodium acetate, potassium ferricyanate
PH範囲: 6.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月18日
放射モノクロメーター: diamond laue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.362→57.962 Å / Num. all: 80448 / Num. obs: 76544 / % possible obs: 92.37 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.362→1.398 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 66.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
PHENIX1.8.1位相決定
Aimless0.3.11データスケーリング
XDSJan. 10, 2014データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C0Z

5c0z


解像度: 1.362→57.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.244 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16982 3901 4.8 %RANDOM
Rwork0.129 ---
obs0.131 76544 92.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.413 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.04 Å20.89 Å2
2---0.51 Å20.85 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.362→57.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 224 472 3916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193552
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8032.0634826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05837812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4975412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.91725.152132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.07515648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg31.575158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.023928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4821.8071660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4821.8061659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8242.722068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8242.7212069
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0422.0631892
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0332.061818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.452.9232632
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.72516.1864679
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.04615.2914441
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.51936932
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free35.9155137
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.15857187
LS精密化 シェル解像度: 1.362→1.398 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 202 -
Rwork0.229 4056 -
obs--66.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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