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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5c9m | ||||||
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タイトル | The structure of oxidized rat cytochrome c (T28A) at 1.362 angstroms resolution. | ||||||
![]() | Cytochrome c, somatic | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / cytochrome c oxidized rat mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Respiratory electron transport / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / response to carbon monoxide ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Respiratory electron transport / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / response to carbon monoxide / apoptosome / positive regulation of cellular respiration / Regulation of the apoptosome activity / negative regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process / response to gravity / glial cell apoptotic process / response to copper ion / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / hydrogen peroxide metabolic process / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / response to ischemia / mitochondrial intermembrane space / response to oxidative stress / electron transfer activity / heme binding / apoptotic process / enzyme binding / mitochondrion / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Edwards, B.F.P. / Mahapatra, G. / Vaishnav, A.A. / Brunzelle, J.S. / Huttemann, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of oxidized rat cytochrome c (T28A) at 1.362 angstroms resolution. 著者: Edwards, B.F.P. / Mahapatra, G. / Vaishnav, A.A. / Brunzelle, J.S. / Huttemann, M. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Phosphomimetic substitution of cytochrome C tyrosine 48 decreases respiration and binding to cardiolipin and abolishes ability to trigger downstream caspase activation. 著者: Pecina, P. / Borisenko, G.G. / Belikova, N.A. / Tyurina, Y.Y. / Pecinova, A. / Lee, I. / Samhan-Arias, A.K. / Przyklenk, K. / Kagan, V.E. / Huttemann, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5c0zS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Monomer confirmed by gel filtration |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11598.462 Da / 分子数: 4 / 変異: T29A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 化合物 | ChemComp-FC6 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | Mouse Cytochrome c has the same sequence (UNP P62897/CYC_MOUSE) as this entry (UNP P62898/CYC_RAT) | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % / 解説: 0.3 x0.1 mm prisms |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20 mg/ml protein, PEG 4000, isopropanol, sodium acetate, potassium ferricyanate PH範囲: 6.5-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月18日 |
放射 | モノクロメーター: diamond laue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.362→57.962 Å / Num. all: 80448 / Num. obs: 76544 / % possible obs: 92.37 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.362→1.398 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 66.24 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5C0Z 解像度: 1.362→57.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.244 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.413 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.362→57.96 Å
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拘束条件 |
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