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- PDB-5c9l: Crystal structure of native PLL lectin from Photorhabdus luminesc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c9l
タイトルCrystal structure of native PLL lectin from Photorhabdus luminescens at 1.65 A resolution
要素PLL lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / seven-bladed beta-propeller / fucose-specific
機能・相同性Protein of unknown function DUF346 / Repeat of unknown function (DUF346) / metal ion binding / : / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Kumar, A. / Sykorova, P. / Demo, G. / Dobes, P. / Hyrsl, P. / Wimmerova, M.
資金援助 チェコ, 3件
組織認可番号国
Czech Science Foundation13-25401S チェコ
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0068 チェコ
SYLICACZ.1.05/1.1.00/02.0068 チェコ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: A Novel Fucose-binding Lectin from Photorhabdus luminescens (PLL) with an Unusual Heptabladed beta-Propeller Tetrameric Structure.
著者: Kumar, A. / Sykorova, P. / Demo, G. / Dobes, P. / Hyrsl, P. / Wimmerova, M.
履歴
登録2015年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLL lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,83916
ポリマ－40,4371
非ポリマー1,40215
水6,720373
1
A: PLL lectin
ヘテロ分子

A: PLL lectin
ヘテロ分子

A: PLL lectin
ヘテロ分子

A: PLL lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,35764
ポリマ－161,7494
非ポリマー5,60760
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area18540 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area44030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.120, 87.677, 157.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

HG

21A-862-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PLL lectin


分子量: 40437.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Photorhabdus luminescens (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7N8J0

-
非ポリマー , 6種, 388分子

#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / Density meas: 983296.125 Mg/m3 / 溶媒含有率: 58.48 % / 解説: prism
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 10% PEG 4000, 0.2 M CaCl2, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→76.75 Å / Num. obs: 59360 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Mean I/σ(I) obs: 14.4 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→39.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.048 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15894 3001 5.1 %RANDOM
Rwork0.14063 ---
obs0.14158 56352 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å2-0 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→39.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2743 0 63 373 3179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0680.0192959
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3971.8844040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24436158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7835377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.51224.275131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.61515420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5131514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.023410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9521.1831448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.951.1821447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7621.7721813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7621.7731814
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8211.41509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8121.41509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8821.9832217
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.87411.2383721
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.56310.4993519
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.178 250 -
Rwork0.14 4029 -
obs--98.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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