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- PDB-5c9i: Structure of N-acylhomoserine lactone acylase MacQ shortened spac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c9i
タイトルStructure of N-acylhomoserine lactone acylase MacQ shortened spacer mutant (delta202-208) in uncleaved form
要素Protein related to penicillin acylase
キーワードHYDROLASE / Acylase / Ntn-hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein related to penicillin acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Acidovorax sp. MR-S7 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Kusada, H. / Kimura, N.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Bifunctional quorum-quenching and antibiotic-acylase MacQ forms a 170-kDa capsule-shaped molecule containing spacer polypeptides
著者: Yasutake, Y. / Kusada, H. / Ebuchi, T. / Hanada, S. / Kamagata, Y. / Tamura, T. / Kimura, N.
履歴
登録2015年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein related to penicillin acylase
B: Protein related to penicillin acylase
C: Protein related to penicillin acylase
D: Protein related to penicillin acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,4895
ポリマ－335,3974
非ポリマー921
水42,6052365
1
C: Protein related to penicillin acylase
D: Protein related to penicillin acylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,6982
ポリマ－167,6982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein related to penicillin acylase
B: Protein related to penicillin acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,7913
ポリマ－167,6982
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area49840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.722, 137.769, 121.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein related to penicillin acylase


分子量: 83849.203 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 36-806 / 変異: deletion of residues 202-208 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidovorax sp. MR-S7 (バクテリア)
遺伝子: AVS7_00617 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami2 (DE3) / 参照: UniProt: A0A0A1VBK6
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 6% Tacsimate pH 6.0, 14-16% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 290370 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.796 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20582 14559 5 %RANDOM
Rwork0.16587 ---
obs0.16789 275722 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.318 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å2-0 Å20.18 Å2
2--0.47 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22973 0 6 2365 25344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01923645
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8841.92632224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.00853038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9423.1381093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.078153405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.82415190
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.23433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02118680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 1070 -
Rwork0.265 19801 -
obs--98.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6360.31140.10681.32750.42540.451-0.0177-0.0971-0.07750.0788-0.00570.01820.0994-0.05660.02350.0259-0.00140.01220.04940.0170.014916.5741-3.363975.8913
20.88140.45290.45640.2470.22650.2433-0.20270.04970.251-0.04340.0790.1475-0.1178-0.03130.12370.4781-0.00540.01780.49150.04890.56174.4834-15.549758.1456
30.57330.1352-0.03490.83150.08630.4002-0.0252-0.0315-0.08910.02290.01950.00270.10050.01970.00570.02890.00740.00020.01290.00870.022126.8123-12.619160.2527
40.5789-0.03650.43840.1673-0.00611.36290.00110.02390.0365-0.03460.0038-0.0168-0.0146-0.0359-0.0050.0074-0.00060.00230.00450.00630.03721.528911.850847.692
50.6643-0.3411-0.03771.2726-0.33220.4651-0.0080.0887-0.0982-0.0541-0.0282-0.01930.08720.00750.03620.0231-0.00690.0040.0235-0.01070.02-15.0599-2.223836.5343
62.23532.27-1.30972.5467-2.03743.02420.2283-0.18320.10470.3426-0.1650.0166-0.4964-0.0099-0.06330.34910.0607-0.00440.40990.03020.41063.1861-14.152948.857
70.4953-0.2197-0.20170.84980.0640.4358-0.07030.0068-0.09260.00980.02120.0080.1267-0.03150.04910.0429-0.01470.00980.00830.00330.0316-25.8809-10.93352.006
80.6139-0.02960.22510.2321-0.00061.14440.0067-0.06430.03830.0403-0.00410.0026-0.04610.0608-0.00260.0097-0.00590.00340.0139-0.00380.0265-19.318512.918764.7751
90.8109-0.2963-0.06881.34140.11650.9980.00930.17750.1332-0.05460.0073-0.0118-0.161-0.0417-0.01660.0356-0.0022-0.00120.14320.02590.032252.6734-20.48330.2005
100.7627-0.053-0.1250.93080.18840.88570.05240.09290.1959-0.1016-0.0229-0.0245-0.2119-0.0248-0.02950.05660.00390.00820.06750.02570.074549.1868-13.579715.4189
114.759-2.5341.55052.5779-0.23433.27270.1117-0.06810.1712-0.1618-0.07860.0742-0.2493-0.3376-0.03310.18240.00940.04570.0483-0.00050.152945.016-0.180722.8443
120.82830.1896-0.080.2729-0.06290.42430.00980.0416-0.0166-0.01020.01270.0190.0295-0.0531-0.02250.02970.004-0.01710.03610.00520.01336.3268-34.605722.9438
130.93830.2675-0.08281.213-0.03270.97890.0644-0.15710.09840.0706-0.04780.0059-0.18480.1225-0.01650.0575-0.02610.00480.0609-0.01560.01140.9794-22.94851.8984
140.70470.0769-0.21890.8068-0.19651.00140.0788-0.02440.1650.0779-0.01490.0303-0.25880.0594-0.06390.0757-0.00820.01650.0118-0.01220.0434.121-13.3844-15.9893
151.3843-0.1207-0.36880.09240.04370.42380-0.0621-0.07630.0023-0.0171-0.0245-0.00650.09410.0170.0341-0.0015-0.01380.02870.01190.020921.0854-36.0617-20.9182
164.67-3.7079-5.459928.389917.14414.6929-0.068-0.30410.01980.3538-0.30040.7015-0.0229-0.29620.36840.09930.012-0.02270.14920.01810.0662-13.8848-38.27534.0868
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2A181 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3A202 - 507
4X-RAY DIFFRACTION4A508 - 777
5X-RAY DIFFRACTION5B11 - 180
6X-RAY DIFFRACTION6B181 - 199
7X-RAY DIFFRACTION7B200 - 505
8X-RAY DIFFRACTION8B506 - 777
9X-RAY DIFFRACTION9C8 - 201
10X-RAY DIFFRACTION10C202 - 429
11X-RAY DIFFRACTION11C430 - 463
12X-RAY DIFFRACTION12C464 - 777
13X-RAY DIFFRACTION13D12 - 201
14X-RAY DIFFRACTION14D202 - 504
15X-RAY DIFFRACTION15D505 - 768
16X-RAY DIFFRACTION16D769 - 777

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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