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- PDB-4yfb: Structure of N-acylhomoserine lactone acylase MacQ in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yfb
タイトルStructure of N-acylhomoserine lactone acylase MacQ in complex with phenylacetic acid
要素(Protein related to penicillin ...) x 3
キーワードHYDROLASE / Acylase / product complex / Ntn-hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob ...Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHENYLACETIC ACID / Protein related to penicillin acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Acidovorax sp. MR-S7 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Kusada, H. / Kimura, N.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Bifunctional quorum-quenching and antibiotic-acylase MacQ forms a 170-kDa capsule-shaped molecule containing spacer polypeptides
著者: Yasutake, Y. / Kusada, H. / Ebuchi, T. / Hanada, S. / Kamagata, Y. / Tamura, T. / Kimura, N.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein related to penicillin acylase
B: Protein related to penicillin acylase
C: Protein related to penicillin acylase
D: Protein related to penicillin acylase
E: Protein related to penicillin acylase
F: Protein related to penicillin acylase
G: Protein related to penicillin acylase
H: Protein related to penicillin acylase
I: Protein related to penicillin acylase
J: Protein related to penicillin acylase
K: Protein related to penicillin acylase
L: Protein related to penicillin acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,90020
ポリマ－337,98712
非ポリマー9138
水43,2542401
1
A: Protein related to penicillin acylase
B: Protein related to penicillin acylase
C: Protein related to penicillin acylase
D: Protein related to penicillin acylase
E: Protein related to penicillin acylase
F: Protein related to penicillin acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,45010
ポリマ－168,9946
非ポリマー4564
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Protein related to penicillin acylase
H: Protein related to penicillin acylase
I: Protein related to penicillin acylase
J: Protein related to penicillin acylase
K: Protein related to penicillin acylase
L: Protein related to penicillin acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,45010
ポリマ－168,9946
非ポリマー4564
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.472, 139.026, 122.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Protein related to penicillin ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質
Protein related to penicillin acylase / N-Acyl-L-homoserine lactone acylase / MacQ


分子量: 19231.340 Da / 分子数: 4 / 断片: alpha-chain, UNP residues 29-206 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidovorax sp. MR-S7 (バクテリア)
遺伝子: AVS7_00617 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A1VBK6
#2: タンパク質・ペプチド
Protein related to penicillin acylase / N-Acyl-L-homoserine lactone acylase / MacQ


分子量: 2653.900 Da / 分子数: 4 / 断片: spacer peptide, UNP residues 207-233 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidovorax sp. MR-S7 (バクテリア)
遺伝子: AVS7_00617 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A1VBK6
#3: タンパク質
Protein related to penicillin acylase / N-Acyl-L-homoserine lactone acylase / MacQ


分子量: 62611.613 Da / 分子数: 4 / 断片: beta-chain, UNP residues 234-806 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidovorax sp. MR-S7 (バクテリア)
遺伝子: AVS7_00617 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A1VBK6

-
非ポリマー , 3種, 2409分子

#4: 化合物
ChemComp-PAC / 2-PHENYLACETIC ACID / フェニル酢酸


分子量: 136.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, calcium acetate, PEG 3350 / PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 319483 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 16.29
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 3.18 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code, 2WYB

2wyb


解像度: 1.75→25.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.815 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19344 16060 5 %RANDOM
Rwork0.16055 ---
obs0.16221 303343 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.298 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å2-0.44 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→25.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23038 0 64 2401 25503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.01923794
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9621.93132401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.64853037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.84323.0041092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.249153414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.91615196
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.23449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02118784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 1206 -
Rwork0.25 21994 -
obs--99.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24460.62550.14941.45850.25940.9297-0.0217-0.1243-0.06090.0803-0.03130.05020.104-0.15240.05310.0184-0.01410.01590.0495-0.01110.021717.2616-0.481575.9524
23.43751.31730.61875.62911.03281.88260.03680.0513-0.38750.06420.0128-0.23570.40890.067-0.04960.14430.0213-0.01720.07310.02970.073928.6244-11.776481.0559
30.7774-0.0401-0.03211.46180.86621.6197-0.0051-0.1129-0.10.0259-0.06360.0420.1042-0.20940.06870.0303-0.03550.00450.0670.00240.040814.6892-3.925876.7004
49.03880.05290.01852.5548-4.02936.3869-0.13540.1441-0.7246-0.36920.1112-0.02270.5045-0.3410.02420.4684-0.0009-0.01610.503-0.13610.43326.6822-20.919745.0978
514.728113.330516.318412.117914.805818.10750.1038-0.2149-0.3901-0.3140.0452-0.2776-0.2698-0.2574-0.14890.8461-0.1117-0.17620.3799-0.05740.47717.5993-8.691253.9791
60.6442-0.0171-0.07440.88960.10010.7802-0.0304-0.0766-0.1460.0835-0.03290.02820.2057-0.02650.06330.0614-0.00470.01140.01430.00690.059725.9149-10.086564.9447
70.58210.1476-0.05221.6713-0.31780.877-0.01190.085-0.0954-0.0449-0.00480.02110.15920.02410.01680.04340.01520.00770.0276-0.02220.043233.1855-10.036649.9831
80.53780.02480.41470.25070.00241.46050.0010.03970.0708-0.04190.0063-0.0092-0.0958-0.1023-0.00730.0260.0099-0.00070.01940.00770.054720.353212.435949.0738
91.1258-0.6447-0.13991.6323-0.29680.6529-0.03490.0739-0.0562-0.1335-0.0533-0.11050.20.08820.08820.07090.01630.02290.03340.0130.0281-14.22781.408338.0115
101.5360.4412-0.1791.2637-0.51.4566-0.04360.1643-0.1683-0.1766-0.0201-0.02890.24970.02350.06370.10530.02460.00930.0362-0.01260.0247-16.4428-0.738732.2288
115.554-3.2464-0.83558.74560.3681.0092-0.0441-0.12130.02040.0327-0.0319-0.4340.27020.20080.0760.19340.06040.05470.05130.04490.0942-10.7967-16.514449.7219
1213.6556-0.01091.17515.36342.11418.1270.1696-0.1503-0.63190.7531-0.1707-0.3729-0.14090.40470.00110.4905-0.00610.04360.3353-0.00640.2987-4.6269-20.370267.4169
1311.8387-21.11924.769937.7013-8.51351.9265-0.8086-0.4082-0.38191.70570.8470.5977-0.3841-0.1251-0.03830.57710.0649-0.08110.50910.0050.4526-15.5155-7.631159.1569
140.54570.007-0.21660.8945-0.07250.6951-0.0670.0041-0.1435-0.0703-0.0088-0.00560.2572-0.0090.07590.1067-0.01190.01210.01110.01060.0563-25.3917-10.423352.5702
151.48680.26910.60280.2250.26731.0627-0.0363-0.20210.06570.05980.0154-0.0036-0.05080.0750.02090.0458-0.0038-0.00450.091-0.00940.0301-17.311611.373276.9881
161.0402-0.05330.14050.5379-0.42152.04630.01450.00410.0729-0.0116-0.0282-0.0281-0.08760.11440.01370.0089-0.0063-0.00590.00740.00560.0307-19.849116.063650.4786
171.0909-0.3247-0.21221.4689-0.26171.0631-0.02960.0069-0.0093-0.03530.035-0.1757-0.02980.2856-0.00540.02490.0154-0.00110.1762-0.01760.038659.756-30.08640.9104
181.3842-0.23481.1263.4-0.87478.08660.03250.09060.1142-0.08330.08930.2487-0.23-0.2296-0.12180.0370.0244-0.01490.08980.02810.075238.8401-18.7983-3.8199
191.1616-0.4245-0.29021.00260.42791.25420.00820.05790.1792-0.03880.0378-0.0454-0.24080.12-0.04610.0651-0.0251-0.00220.11510.02090.065451.7675-16.9984-1.1439
2016.09362.36665.150218.45230.231311.1345-0.2360.7221.0359-0.34320.05840.3393-0.6848-0.41810.17760.26910.0409-0.02990.2307-0.01190.343920.5778-2.347714.4689
2118.7854-16.88881.357415.1965-1.22330.09890.26970.3487-0.192-0.2249-0.26620.23160.0180.014-0.00350.2740.0318-0.00290.2385-0.01480.388933.2803-15.09914.0644
220.51570.0349-0.14230.89750.09060.66890.0641-0.02490.15480.0073-0.0212-0.0091-0.19480.1352-0.0430.074-0.01710.00850.1113-0.00550.084247.5731-13.017117.6474
231.89290.52310.20740.3004-0.08760.78420.0387-0.11950.02890.03480.01190.0713-0.0106-0.0434-0.05060.07620.0267-0.00930.05020.02430.040125.2775-35.335928.0759
241.21880.1632-0.51090.4466-0.11021.2716-0.04630.0551-0.1334-0.0410.0088-0.04450.14050.09550.03760.05710.04-0.01130.05640.0030.051745.8908-39.47111.476
250.92890.2876-0.05961.370.40021.05340.0257-0.096-0.0230.1341-0.03790.0274-0.08560.02960.01220.0406-0.0008-0.00330.03160.00510.00771.5173-25.96451.3681
261.6238-0.08710.1730.9322-0.65831.7194-0.0084-0.11810.0180.10630.00420.0735-0.1455-0.09120.00420.0340.01230.00070.0306-0.01820.0333-4.5916-24.65533.9214
274.51813.41141.76678.9023.08535.31470.1253-0.1215-0.08880.08060.0477-0.4905-0.37090.306-0.1730.1534-0.0318-0.00080.0348-0.00040.045211.3019-8.0026-3.7349
288.1662-5.20875.831620.68447.00910.81950.01740.27950.14720.2310.0904-0.5752-0.00160.3589-0.10780.3537-0.0973-0.09050.4836-0.04570.328128.5938-2.2598-12.134
2914.495418.19512.874725.55363.38140.5977-0.20010.0064-0.028-0.52010.115-0.9883-0.03140.05560.08510.2526-0.07880.03530.4634-0.01410.348816.7902-16.6507-13.3885
300.5606-0.0397-0.20540.9048-0.04120.70340.06480.06440.07820.0425-0.03450.0341-0.2029-0.0187-0.03040.06870.0176-0.00270.0361-0.00450.03783.7643-13.5511-16.1338
311.4952-0.0934-0.4360.24910.12360.5876-0.01210.0206-0.0925-0.0038-0.02950.0049-0.02470.03970.04160.02170.0058-0.02530.0152-0.01050.03819.5143-36.3155-20.9971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2A97 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3A116 - 178
4X-RAY DIFFRACTION4B8 - 14
5X-RAY DIFFRACTION5B15 - 22
6X-RAY DIFFRACTION6C1 - 210
7X-RAY DIFFRACTION7C211 - 337
8X-RAY DIFFRACTION8C338 - 575
9X-RAY DIFFRACTION9D11 - 95
10X-RAY DIFFRACTION10D96 - 159
11X-RAY DIFFRACTION11D160 - 178
12X-RAY DIFFRACTION12E8 - 15
13X-RAY DIFFRACTION13E16 - 21
14X-RAY DIFFRACTION14F1 - 303
15X-RAY DIFFRACTION15F304 - 460
16X-RAY DIFFRACTION16F461 - 575
17X-RAY DIFFRACTION17G8 - 60
18X-RAY DIFFRACTION18G61 - 83
19X-RAY DIFFRACTION19G84 - 178
20X-RAY DIFFRACTION20H8 - 13
21X-RAY DIFFRACTION21H14 - 22
22X-RAY DIFFRACTION22I1 - 297
23X-RAY DIFFRACTION23I298 - 456
24X-RAY DIFFRACTION24I457 - 575
25X-RAY DIFFRACTION25J12 - 96
26X-RAY DIFFRACTION26J97 - 158
27X-RAY DIFFRACTION27J159 - 178
28X-RAY DIFFRACTION28K8 - 14
29X-RAY DIFFRACTION29K15 - 23
30X-RAY DIFFRACTION30L1 - 300
31X-RAY DIFFRACTION31L301 - 574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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