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- PDB-5c9h: Structural Basis of Template Boundary Definition in Tetrahymena T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c9h
タイトルStructural Basis of Template Boundary Definition in Tetrahymena Telomerase
要素
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*CP*AP*UP*UP*CP*AP*GP*UP*UP*CP*U)-3')
  • Telomerase reverse transcriptase
キーワードRNA binding protein/RNA / Telomerase / RNA-Protein complex / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase catalytic core complex / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / telomerase activity / chromosome, telomeric region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Telomerase reverse transcriptase, TEN domain / Telomerase reverse transcriptase, CTE domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Reverse transcriptase domain ...: / Telomerase reverse transcriptase, TEN domain / Telomerase reverse transcriptase, CTE domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jansson, L.I. / Akiyama, B.M. / Ooms, A. / Lu, C. / Rubin, S.M. / Stone, M.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM095850 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008646-16 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of template-boundary definition in Tetrahymena telomerase.
著者: Jansson, L.I. / Akiyama, B.M. / Ooms, A. / Lu, C. / Rubin, S.M. / Stone, M.D.
履歴
登録2015年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase
B: Telomerase reverse transcriptase
D: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*A)-3')
C: RNA (5'-R(P*UP*CP*AP*UP*UP*CP*AP*GP*UP*UP*CP*U)-3')
E: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*A)-3')
G: RNA (5'-R(P*UP*CP*AP*UP*UP*CP*AP*GP*UP*UP*CP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8218
ポリマ－89,7736
非ポリマー492
水43224
1
A: Telomerase reverse transcriptase
D: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*A)-3')
C: RNA (5'-R(P*UP*CP*AP*UP*UP*CP*AP*GP*UP*UP*CP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9114
ポリマ－44,8863
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area15790 Å2
手法PISA
2
B: Telomerase reverse transcriptase
E: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*A)-3')
G: RNA (5'-R(P*UP*CP*AP*UP*UP*CP*AP*GP*UP*UP*CP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9114
ポリマ－44,8863
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.530, 117.770, 131.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase / Telomerase catalytic subunit / Telomerase subunit P133


分子量: 36765.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物)
遺伝子: TERT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O77448, RNA-directed DNA polymerase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*A)-3')


分子量: 4103.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*CP*AP*UP*UP*CP*AP*GP*UP*UP*CP*U)-3')


分子量: 4017.366 Da / 分子数: 2 / Mutation: A10U / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200mM KCl, 10mM MgCl2, 50mM MES monohydrate pH 5.6, 4% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→41.512 Å / Num. obs: 18728 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.969 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R4G

2r4g


解像度: 3→41.512 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 1865 10.01 %
Rwork0.2387 --
obs0.2439 18640 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→41.512 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3885 882 2 24 4793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.826866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7481942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004717
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.08110.40451390.32231252X-RAY DIFFRACTION98
3.0811-3.17170.31781370.29221240X-RAY DIFFRACTION100
3.1717-3.27410.31621440.26451290X-RAY DIFFRACTION98
3.2741-3.39110.35191400.26261260X-RAY DIFFRACTION100
3.3911-3.52680.29741420.26091272X-RAY DIFFRACTION98
3.5268-3.68720.31431420.27311274X-RAY DIFFRACTION99
3.6872-3.88140.32051420.24541287X-RAY DIFFRACTION99
3.8814-4.12440.29661420.21851275X-RAY DIFFRACTION100
4.1244-4.44250.24681430.19661283X-RAY DIFFRACTION99
4.4425-4.8890.25261460.18751318X-RAY DIFFRACTION99
4.889-5.59490.26461430.20951279X-RAY DIFFRACTION100
5.5949-7.04350.25661480.25571341X-RAY DIFFRACTION100
7.0435-41.51580.27621570.23581404X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 62.1211 Å / Origin y: 32.7153 Å / Origin z: 145.0066 Å
111213212223313233
T0.145 Å20.009 Å20.0491 Å2-0.2255 Å20.0631 Å2--0.1944 Å2
L1.5367 °2-0.03 °20.1301 °2-1.891 °20.3402 °2--1.1481 °2
S0.0164 Å °-0.2708 Å °0.0164 Å °0.3162 Å °-0.0312 Å °-0.0583 Å °0.0192 Å °-0.0111 Å °0.0273 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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