PDB-5c9g: Crystal Structure of a Putative enoyl-CoA hydratase/isomerase fam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c9g

タイトル

Crystal Structure of a Putative enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein from Hyphomonas neptunium

要素

Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid beta-oxidation / isomerase activity / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Hyphomonas neptunium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Szlachta, K. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Cymbrowski, M.T. / Stead, M. / Hillerich, B.S. / Ahmed, M. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Putative enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein from Hyphomonas neptunium
著者: Szlachta, K. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Cymbrowski, M.T. / Stead, M. / Hillerich, B.S. / Ahmed, M. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / Hammonds, J. / New York ...

履歴

登録	2015年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c9g.cif.gz	591.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c9g.ent.gz	485.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/5c9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/5c9g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4olqSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4olq-1 4olq-2 6b4s-d 3gz6-d 6gpx-d 6jqf-d 3o2x-d 3ljz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-028317

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

D: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

E: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

F: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

ヘテロ分子

182 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

E: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

F: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.479, 128.120, 209.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	TYR	TYR	A	A	0 - 259	22 - 281
2	1	SER	SER	TYR	TYR	B	B	0 - 259	22 - 281
1	2	THR	THR	TYR	TYR	A	A	2 - 259	24 - 281
2	2	THR	THR	TYR	TYR	C	C	2 - 259	24 - 281
1	3	GLY	GLY	ARG	ARG	A	A	-12 - 260	10 - 282
2	3	GLY	GLY	ARG	ARG	D	D	-12 - 260	10 - 282
1	4	THR	THR	TYR	TYR	A	A	2 - 259	24 - 281
2	4	THR	THR	TYR	TYR	E	E	2 - 259	24 - 281
1	5	GLN	GLN	TYR	TYR	A	A	-1 - 259	21 - 281
2	5	GLN	GLN	TYR	TYR	F	F	-1 - 259	21 - 281
1	6	THR	THR	TYR	TYR	B	B	2 - 259	24 - 281
2	6	THR	THR	TYR	TYR	C	C	2 - 259	24 - 281
1	7	SER	SER	TYR	TYR	B	B	0 - 259	22 - 281
2	7	SER	SER	TYR	TYR	D	D	0 - 259	22 - 281
1	8	THR	THR	TYR	TYR	B	B	2 - 259	24 - 281
2	8	THR	THR	TYR	TYR	E	E	2 - 259	24 - 281
1	9	SER	SER	TYR	TYR	B	B	0 - 259	22 - 281
2	9	SER	SER	TYR	TYR	F	F	0 - 259	22 - 281
1	10	THR	THR	TYR	TYR	C	C	2 - 259	24 - 281
2	10	THR	THR	TYR	TYR	D	D	2 - 259	24 - 281
1	11	THR	THR	ARG	ARG	C	C	2 - 260	24 - 282
2	11	THR	THR	ARG	ARG	E	E	2 - 260	24 - 282
1	12	THR	THR	TYR	TYR	C	C	2 - 259	24 - 281
2	12	THR	THR	TYR	TYR	F	F	2 - 259	24 - 281
1	13	THR	THR	TYR	TYR	D	D	2 - 259	24 - 281
2	13	THR	THR	TYR	TYR	E	E	2 - 259	24 - 281
1	14	GLN	GLN	TYR	TYR	D	D	-1 - 259	21 - 281
2	14	GLN	GLN	TYR	TYR	F	F	-1 - 259	21 - 281
1	15	THR	THR	TYR	TYR	E	E	2 - 259	24 - 281
2	15	THR	THR	TYR	TYR	F	F	2 - 259	24 - 281

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein 分子量: 30233.537 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hyphomonas neptunium (strain ATCC 15444) (バクテリア) 株: ATCC 15444 / 遺伝子: HNE_1107 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q0C365
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 ul of 17.6 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of (the JCSG+ condition #G8) 0.15M DL-Malic acid, 19% ...詳細: 0.2 ul of 17.6 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of (the JCSG+ condition #G8) 0.15M DL-Malic acid, 19% PEG 3350 and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci).

結晶

マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.06 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 ul of 17.6 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of (the JCSG+ condition #G8) 0.15M DL-Malic acid, 19% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月24日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 98973 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.14 / Χ²: 1.159 / Net I/av σ(I): 14.857 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 726544

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.1-2.14	6.9	4779	0.747	0.472	0.664	95.2
2.14-2.18	7.1	4763	0.79	0.434	0.65	95.6
2.18-2.22	7.1	4775	0.841	0.377	0.672	95.9	0.981
2.22-2.26	7.2	4809	0.884	0.243	0.689	95.9	0.635	0.682
2.26-2.31	7.2	4822	0.9	0.272	0.696	96.7	0.71	0.762
2.31-2.37	7.2	4840	0.925	0.225	0.717	96.2	0.587	0.63
2.37-2.42	7.2	4851	0.946	0.199	0.723	97.3	0.518	0.556
2.42-2.49	7.2	4871	0.952	0.173	0.734	97.3	0.451	0.484
2.49-2.56	7.2	4901	0.961	0.153	0.779	96.9	0.399	0.428
2.56-2.65	7.2	4873	0.972	0.125	0.8	97.2	0.326	0.35
2.65-2.74	7.2	4917	0.98	0.106	0.842	97.8	0.276	0.297
2.74-2.85	7.3	4912	0.985	0.086	0.903	97.5	0.225	0.241
2.85-2.98	7.3	4937	0.99	0.073	0.945	97.9	0.189	0.203
2.98-3.14	7.3	4968	0.992	0.06	1.051	98.2	0.156	0.167
3.14-3.33	7.4	5031	0.995	0.047	1.24	98.8	0.124	0.133
3.33-3.59	7.5	5049	0.996	0.039	1.525	99.7	0.103	0.11
3.59-3.95	7.7	5115	0.995	0.037	2.067	100	0.096	0.103
3.95-4.52	7.9	5140	0.997	0.033	2.573	100	0.087	0.093
4.52-5.7	8	5190	0.997	0.029	2.191	100	0.079	0.084
5.7-40	7.6	5430	0.999	0.02	1.891	99.9	0.053	0.057

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ収集
MOLREP		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OLQ

4olq

解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.2091 / WR_factor R_work: 0.177 / FOM work R set: 0.8058 / SU B: 10.332 / SU ML: 0.14 / SU R Cruickshank DPI: 0.2367 / SU R_free: 0.1855 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.186
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2321	4923	5 %	RANDOM
R_work	0.1984	-	-	-
obs	0.2	93373	97.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.38 Å² / B_iso mean: 33.663 Å² / B_iso min: 15.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.19 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.29 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11687	0	22	1153	12862
B_iso mean	-	-	66.59	37.01	-
残基数	-	-	-	-	1587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	11916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	11648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	1.974	16147
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.576	3	26678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.653	5	1583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.604	23.547	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.683	15	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.683	15	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	13704
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	2613
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.29	2.845	6344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.29	2.845	6343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.128	4.261	7920

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	28946	0.08
1	2	B	28946	0.08
2	1	A	28684	0.08
2	2	C	28684	0.08
3	1	A	31100	0.04
3	2	D	31100	0.04
4	1	A	28872	0.09
4	2	E	28872	0.09
5	1	A	28776	0.08
5	2	F	28776	0.08
6	1	B	29552	0.08
6	2	C	29552	0.08
7	1	B	29744	0.08
7	2	D	29744	0.08
8	1	B	29696	0.08
8	2	E	29696	0.08
9	1	B	30214	0.07
9	2	F	30214	0.07
10	1	C	29552	0.08
10	2	D	29552	0.08
11	1	C	30438	0.05
11	2	E	30438	0.05
12	1	C	29416	0.09
12	2	F	29416	0.09
13	1	D	29656	0.09
13	2	E	29656	0.09
14	1	D	29616	0.08
14	2	F	29616	0.08
15	1	E	29396	0.09
15	2	F	29396	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	348	-
R_work	0.291	6593	-
all	-	6941	-
obs	-	-	95.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2877	-0.1712	0.1993	0.129	-0.1256	0.1437	-0.0319	-0.0466	-0.0693	0.015	0.066	0.0261	-0.0323	-0.0446	-0.0341	0.0255	0.0093	0.0086	0.0608	0.0005	0.0422	-9.537	21.3597	15.6612
2	0.2549	-0.047	0.1673	0.1339	-0.062	0.361	-0.0398	-0.0143	0.0293	0.0142	0.0009	-0.0107	-0.0388	0.0292	0.0389	0.0313	0.0095	-0.0093	0.0347	-0.0104	0.0098	21.3774	33.1338	24.3619
3	0.3581	0.2649	0.0765	0.3444	-0.0619	0.2146	-0.0062	0.0198	-0.0046	0.0247	0.0319	0.0153	0.0456	0.0156	-0.0256	0.0496	0.0233	-0.0019	0.0244	-0.0068	0.007	12.1294	4.529	37.5844
4	0.0346	0.013	0.0737	0.0741	0.0314	0.1672	0.0014	0.0043	-0.0084	-0.0101	0.0194	0.0078	0.0035	0.0308	-0.0208	0.0149	-0.0071	-0.0003	0.0505	-0.0071	0.0303	29.9363	21.4049	88.4303
5	0.4976	-0.2085	0.0959	0.313	-0.0276	0.1356	0.0252	0.002	-0.0276	-0.0067	-0.0007	-0.0017	0.0567	-0.02	-0.0244	0.0367	-0.018	-0.01	0.0215	0.0024	0.0052	8.4116	4.8766	67.1701
6	0.3306	0.0915	0.1542	0.2054	0.0947	0.1991	-0.0412	0.0206	0.052	-0.0227	0.0168	0.016	-0.0045	-0.0072	0.0244	0.0274	-0.0084	-0.0032	0.0311	0.0115	0.0117	-1.2847	33.5362	80.5854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-12 - 260
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 260
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-12 - 260
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 260
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-3 - 260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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