PDB-5c9e: SepL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c9e

タイトル

SepL

要素

SepL

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / secretion system component

機能・相同性

機能・相同性情報

outer membrane / secretion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.21 Å

データ登録者

Burkinshaw, B.J. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of SepL, an enteropathogenic Escherichia coli type III secretion system gatekeeper protein
著者: Burkinshaw, B.J. / Souza, S.A. / Strynadka, N.C.J.

履歴

登録	2015年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c9e.cif.gz	225.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c9e.ent.gz	185.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c9e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c9e_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c9e_full_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示
XML形式データ	5c9e_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	5c9e_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/5c9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/5c9e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1tfh-1 2x3a-d 3mom-d 3l1g-1 1zuo-5 5e0q-d 4eq2-d 5an6-2 3aum-d 6w6f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SepL

B: SepL

ヘテロ分子

65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SepL

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SepL

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.320, 84.320, 238.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	SepL 分子量: 32505.549 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 70-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: sepL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52149
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION 分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.1M SPG buffer pH 6, 25% PEG 1500, 3M NaCl additive

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.92023 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92023 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.21→84.32 Å / Num. obs: 14926 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / B_iso Wilson estimate: 81.53 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 23.1 / Num. measured all: 275631 / Scaling rejects: 2

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all
3.21-3.43	19.2	0.818	4.7	50201	2621	0.96	0.191
9.08-84.32	15.3	0.029	77.7	12134	794	1	0.007

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.3.5	データスケーリング
BUSTER-TNT	BUSTER 2.10.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.21→79.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9274 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.439

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2562	748	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2105	-	-	-
obs	0.2127	14857	99.97 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 191.38 Å² / B_iso mean: 97.91 Å² / B_iso min: 28.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.9192 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.9192 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.8383 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.815 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.21→79.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4270	0	4	9	4283
B_iso mean	-	-	132.23	44.87	-
残基数	-	-	-	-	526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1601	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	118	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	586	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	4338	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	578	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	5311	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	4338	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	5843	HARMONIC	2	1.25
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.67
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				21.37

LS精密化シェル

解像度: 3.21→3.47 Å / Total num. of bins used: 7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3466	143	4.81 %
R_work	0.2455	2829	-
all	0.2501	2972	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2589	0.7254	0.2675	3.4653	1.2931	4.4976	-0.1782	-0.0023	0.0866	-0.0133	0.3209	-0.2504	0.313	0.5376	-0.1427	-0.2975	0.0806	-0.065	-0.0205	0.0788	-0.1606	43.1818	68.0167	91.4009
2	2.0568	0.9185	0.2057	2.5994	-0.7111	4.1204	-0.1305	0.0125	-0.1942	0.1978	0.1216	0.1098	-0.2935	-0.2374	0.009	-0.1516	0.0361	0.1201	-0.141	0.0311	-0.2302	17.9113	59.2866	95.8771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|80 - A\|350 }	A	80 - 350
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|80 - B\|348 }	B	80 - 348

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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