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- PDB-5c9a: Crystal structure of empty coxsackievirus A16 particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c9a
タイトルCrystal structure of empty coxsackievirus A16 particle
要素
  • VP0
  • VP1
  • VP3
キーワードVIRUS / HAND-FOOT-AND-MOUTH DISEASE / IMMUNOGENICITY / PICORNAVIRUS / ICOSAHEDRAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SPHINGOSINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ren, J. / Wang, X. / Zhu, L. / Hu, Z. / Gao, Q. / Yang, P. / Li, X. / Wang, J. / Shen, X. / Fry, E.E. ...Ren, J. / Wang, X. / Zhu, L. / Hu, Z. / Gao, Q. / Yang, P. / Li, X. / Wang, J. / Shen, X. / Fry, E.E. / Rao, Z. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structures of Coxsackievirus A16 Capsids with Native Antigenicity: Implications for Particle Expansion, Receptor Binding, and Immunogenicity.
著者: Ren, J. / Wang, X. / Zhu, L. / Hu, Z. / Gao, Q. / Yang, P. / Li, X. / Wang, J. / Shen, X. / Fry, E.E. / Rao, Z. / Stuart, D.I.
履歴
登録2015年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP0
C: VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,45212
ポリマ－94,8653
非ポリマー5879
水1,02757
1
A: VP1
B: VP0
C: VP3
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,727,101720
ポリマ－5,691,896180
非ポリマー35,206540
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1
B: VP0
C: VP3
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 477 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,25860
ポリマ－474,32515
非ポリマー2,93445
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1
B: VP0
C: VP3
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 573 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)572,71072
ポリマ－569,19018
非ポリマー3,52154
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)491.400, 491.400, 708.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5435, 0.3084, 0.7807), (-0.7728, 0.5469, 0.322), (-0.3276, -0.7783, 0.5356)-119.7, 93.66, 218.2
3generate(-0.1923, -0.2808, 0.9403), (-0.9489, -0.191, -0.2511), (0.2501, -0.9406, -0.2297)16.11, 307.7, 301.6
4generate(-0.1919, -0.9467, 0.2586), (-0.2819, -0.1992, -0.9385), (0.94, -0.253, -0.2287)218.4, 348.3, 131.6
5generate(0.5446, -0.7739, -0.3233), (0.3078, 0.543, -0.7813), (0.7802, 0.326, 0.5339)208.7, 156.3, -54.05
6generate(-0.9242, -0.3534, 0.1448), (-0.3549, 0.6547, -0.6673), (0.141, -0.6682, -0.7305)255.8, 204.2, 369.5
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20generate(-0.9686, -0.1569, -0.193), (-0.1563, -0.2197, 0.963), (-0.1934, 0.9629, 0.1883)296.6, 0.3957, 48.8
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25generate(0.549, -0.7222, 0.4208), (0.1955, 0.6004, 0.7754), (-0.8127, -0.3434, 0.4708)70.65, -111.7, 236.2
26generate(-0.5002, 0.4739, -0.7247), (-0.433, 0.588, 0.6833), (0.7499, 0.6555, -0.08889)254.7, -16.03, 18.51
27generate(-0.4049, 0.6711, -0.621), (-0.9116, -0.3492, 0.2169), (-0.0713, 0.654, 0.7532)200.3, 240.9, -28.39
28generate(-0.5396, 0.7262, -0.426), (-0.295, -0.637, -0.7122), (-0.7886, -0.2587, 0.5579)175.7, 363.9, 207.2
29generate(-0.7189, 0.5618, -0.4093), (0.5618, 0.123, -0.818), (-0.4092, -0.8181, -0.4041)215.3, 182.9, 398.9
30generate(-0.6939, 0.4058, -0.5949), (0.4764, 0.8782, 0.04332), (0.54, -0.2533, -0.8027)264.1, -51.33, 282.3
31generate(-0.4141, -0.8936, 0.1732), (0.7495, -0.4428, -0.4921), (0.5165, -0.07397, 0.8531)254.3, 172.1, -28.62
32generate(0.4104, -0.7463, -0.524), (0.9101, 0.3711, 0.1843), (0.05694, -0.5526, 0.8315)257.3, -66.77, 90.88
33generate(0.9707, 0.1308, -0.2016), (0.1476, 0.3376, 0.9296), (0.1896, -0.9322, 0.3084)23.19, -100.3, 213.7
34generate(0.4915, 0.5289, 0.6918), (-0.486, -0.4926, 0.7219), (0.7226, -0.6911, 0.01494)-124.9, 116.4, 170.7
35generate(-0.3638, -0.1067, 0.9253), (-0.1181, -0.9801, -0.1594), (0.924, -0.1673, 0.344)18.29, 286.4, 23.1
36generate(0.1912, 0.9723, 0.1342), (0.2949, 0.07351, -0.9527), (-0.9362, 0.2217, -0.2727)-43.91, 246.7, 312.3
37generate(-0.6926, 0.4774, 0.5407), (0.4116, 0.8772, -0.2472), (-0.5923, 0.05133, -0.8041)54.91, 8.995, 384.1
38generate(-0.9217, -0.3756, -0.09696), (-0.3748, 0.7977, 0.4724), (-0.1001, 0.4718, -0.876)300.9, -11.43, 284.9
39generate(-0.1793, -0.4096, -0.8945), (-0.9753, -0.04558, 0.2163), (-0.1294, 0.9111, -0.3913)354.1, 211, 149
40generate(0.5071, 0.4238, -0.7505), (-0.5654, -0.4935, -0.6608), (-0.6504, 0.7595, -0.01064)141, 370.7, 165
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48generate(-0.5529, 0.7706, 0.3169), (-0.2105, -0.4972, 0.8417), (0.8062, 0.3987, 0.4371)40.8, 62.05, -48.36
49generate(-1, -0.000958, -0.00925), (-0.000189, -0.9924, 0.1232), (-0.009298, 0.1232, 0.9923)249, 223.8, -11.92
50generate(-0.5406, -0.2982, -0.7866), (0.725, -0.6395, -0.2558), (-0.4267, -0.7086, 0.5619)366, 158.1, 217.5
51generate(-0.4988, -0.4338, 0.7504), (0.4801, 0.5825, 0.6559), (-0.7216, 0.6874, -0.08232)106.5, -122.5, 195.6
52generate(-0.1793, -0.9749, -0.1318), (-0.4085, -0.04816, 0.9115), (-0.895, 0.2173, -0.3896)289.4, 19.06, 329
53generate(0.6992, -0.4793, -0.5305), (-0.4814, -0.8642, 0.1464), (-0.5286, 0.153, -0.835)189.9, 263.4, 369.9
54generate(0.9231, 0.3694, 0.1069), (0.3602, -0.7333, -0.5766), (-0.1346, 0.5708, -0.81)-54.89, 271.5, 265.6
55generate(0.1806, 0.4007, 0.8983), (0.9521, 0.1579, -0.2618), (-0.2467, 0.9025, -0.353)-106.9, 33.81, 157.6
56generate(-0.4122, 0.7528, 0.5132), (-0.8963, -0.4361, -0.08031), (0.1634, -0.4931, 0.8545)-9.128, 300.8, 66.38
57generate(-0.9726, -0.1221, 0.1979), (-0.1235, -0.4499, -0.8845), (0.197, -0.8847, 0.4224)223.9, 349.3, 186.5
58generate(-0.4997, -0.5183, -0.694), (0.5718, 0.4045, -0.7137), (0.6506, -0.7535, 0.09427)371.7, 128.8, 172.6
59generate(0.3534, 0.1083, -0.9292), (0.2315, 0.9523, 0.199), (0.9064, -0.2854, 0.3115)230.6, -57.65, 45.06
60generate(0.4079, 0.8945, -0.183), (-0.6797, 0.4313, 0.5933), (0.6096, -0.1176, 0.7839)-4.893, 49.05, -22.67

-
要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 VP1


分子量: 33090.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
細胞株: vero / 参照: UniProt: I3W9E1
#2: タンパク質 VP0


分子量: 35120.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
細胞株: vero / 参照: UniProt: I3W9E1
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26654.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
細胞株: vero / 参照: UniProt: I3W9E1

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非ポリマー , 4種, 66分子

#4: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.2 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 1437314 / % possible obs: 62.1 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.535 / Net I/σ(I): 1.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 1.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / % possible all: 16.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C4W

5c4w


解像度: 2.7→49.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 30503649.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 7095 0.5 %RANDOM
Rwork0.291 ---
obs0.291 1418902 61.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 8.44418 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å2-0 Å20 Å2
2--1.01 Å20 Å2
3----2.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.5 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.63 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→49.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6358 0 29 57 6444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.696
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.7712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it10.868
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it14.0616
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 178 0.6 %
Rwork0.405 31320 -
obs--13.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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