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万見
- PDB-5c94: Infectious bronchitis virus nsp9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c94
タイトルInfectious bronchitis virus nsp9
要素Non-structural protein 9
キーワードHYDROLASE / Coronaviurs RNA replicase / NSP / Homodimer / RNA binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / endonuclease activity ...転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / endonuclease activity / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nonstructural protein 14, gammacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, gammacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal, gammacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 6, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 5, gammacoronavirus / Replicase NSP9 / Non-structural protein 2, IBV-like ...Nonstructural protein 14, gammacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, gammacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal, gammacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 6, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 5, gammacoronavirus / Replicase NSP9 / Non-structural protein 2, IBV-like / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Thrombin, subunit H / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Avian infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.438 Å
データ登録者Chen, C. / Dou, Y. / Yang, H. / Su, D.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370735 中国
Sichuan Key Technology Support Program14zc1822 中国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for dimerization and RNA binding of avian infectious bronchitis virus nsp9.
著者: Hu, T. / Chen, C. / Li, H. / Dou, Y. / Zhou, M. / Lu, D. / Zong, Q. / Li, Y. / Yang, C. / Zhong, Z. / Singh, N. / Hu, H. / Zhang, R. / Yang, H. / Su, D.
履歴
登録2015年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6284
ポリマ－12,3231
非ポリマー3043
水95553
1
A: Non-structural protein 9
ヘテロ分子

A: Non-structural protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2558
ポリマ－24,6462
非ポリマー6096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation46_465z-1/2,-y+3/2,x+1/21
Buried area3250 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.426, 123.426, 123.426
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 9 / Nsp9 protein


分子量: 12323.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Avian infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
株: M41 / 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0C6Y3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.18 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 28%(w/v) polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.438→22.534 Å / Num. obs: 6258 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 0.164
反射 シェル解像度: 2.438→3.07 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.438→22.534 Å / FOM work R set: 0.8548 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 290 4.63 %
Rwork0.1872 5968 -
obs0.1894 6258 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.88 Å2 / Biso mean: 34.92 Å2 / Biso min: 10 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.438→22.534 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数846 0 20 53 919
Biso mean--59.06 36.96 -
残基数----116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009895
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4221210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.207322
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4375-3.06980.27451530.22752886303999
3.0698-22.53540.21451370.170730823219100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.3494 Å / Origin y: 103.2501 Å / Origin z: 78.5357 Å
111213212223313233
T0.1339 Å2-0.021 Å20.0243 Å2-0.087 Å20.0168 Å2--0.1603 Å2
L0.6196 °2-0.1836 °2-0.2622 °2-1.0246 °2-0.1089 °2--0.6948 °2
S-0.0286 Å °-0.0567 Å °0.0083 Å °0.1425 Å °0.0371 Å °0.1066 Å °0.0823 Å °0.0366 Å °-0.0005 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A and resseq -4:111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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