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- PDB-5c93: Histidine kinase with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c93
タイトルHistidine kinase with ATP
要素Histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / Histidine Kinase / ATP
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / kinase activity
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum 16 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.518 Å
データ登録者Cai, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Fundation of China 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Conformational dynamics of the essential sensor histidine kinase WalK.
著者: Cai, Y. / Su, M. / Ahmad, A. / Hu, X. / Sang, J. / Kong, L. / Chen, X. / Wang, C. / Shuai, J. / Han, A.
履歴
登録2015年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase
B: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9418
ポリマ－58,5462
非ポリマー1,3956
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area22940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.645, 97.757, 117.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase / YycG


分子量: 29272.916 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 370-624 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum 16 (バクテリア)
遺伝子: Lp16_0032 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R9WYL1, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 21206 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.7 % / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4u7o

4u7o


解像度: 2.518→37.011 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2735 1039 4.93 %Random
Rwork0.2185 ---
obs0.2212 21072 95.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.518→37.011 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3659 0 82 6 3747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033811
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8755056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0361408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5184-2.65110.42121560.33062562X-RAY DIFFRACTION88
2.6511-2.81710.34741030.30812805X-RAY DIFFRACTION94
2.8171-3.03460.32851560.26892941X-RAY DIFFRACTION100
3.0346-3.33980.31571560.25122922X-RAY DIFFRACTION100
3.3398-3.82260.30061560.22882801X-RAY DIFFRACTION94
3.8226-4.81440.22541560.18852879X-RAY DIFFRACTION96
4.8144-37.01480.24711560.18823123X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26110.0371-0.46860.4764-0.249-0.2553-0.0499-0.0814-0.0548-0.00920.1509-0.01170.1374-0.062300.5140.0422-0.03290.4924-0.04680.472111.5379-4.1784-20.6159
20.26130.17470.09870.513-0.59330.6719-0.0313-0.0175-0.1785-0.06670.1150.0866-0.21680.11160.00030.38010.02530.06530.34910.0340.40181.4884-26.8078-29.0272
30.0220.05370.0740.3508-0.02440.1781-0.1233-0.007-0.12240.37090.17520.0070.6073-0.0623-0.00010.51490.0673-0.05930.5303-0.00490.491910.9139-5.2076-10.2006
40.0292-0.0167-0.0240.21250.0591-0.0102-0.27820.084-0.00960.46830.2518-0.1457-0.0886-0.0478-0.00340.488-0.0052-0.00690.5666-0.03630.45999.72035.7144-9.4232
50.14180.0469-0.01750.222-0.07480.106-0.0352-0.16290.0696-0.0731-0.02680.0043-0.09490.0691-0.00640.50330.01480.04550.44620.03560.449318.59912.4578-0.8598
60.40450.130.32650.1216-0.50780.40180.2755-0.02160.03040.3004-0.1208-0.1932-0.033-0.10720.0410.585-0.084-0.14780.4020.01740.442216.5926-6.18937.5401
7-0.00680.0424-0.01510.03920.0158-0.00540.1658-0.03980.1372-0.22960.4035-0.1-0.26440.1937-01.20720.02380.05010.7481-0.08081.079118.1399-22.0519-1.7183
80.0472-0.15680.16980.4861-0.53020.61680.4493-0.14610.0646-0.2179-0.2324-0.1341.03320.70880.01990.7349-0.0028-0.06110.5235-0.00750.528825.5946-8.64716.8343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 372 through 447 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 448 through 610 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 383 through 409 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 410 through 441 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 442 through 475 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 476 through 556 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 557 through 575 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 576 through 610 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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