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万見
- PDB-5c82: Crystal structure of Nourseothricin acetyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c82
タイトルCrystal structure of Nourseothricin acetyltransferase
要素Nourseothricin acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Acettyl transferase / antibiotic ressistance / Se-Met SAD
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / Nourseothricin acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces noursei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kumar, D. / Ghosh, A. / Taneja, B. / Chakraborty, K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
CSIR-IGIB インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Nourseothricin acetyltransferase
著者: Kumar, D. / Ghosh, A. / Taneja, B. / Chakraborty, K.
履歴
登録2015年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年7月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_poly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _entity_poly.pdbx_target_identifier / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nourseothricin acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9412
ポリマ－20,7911
非ポリマー1501
水1,74797
1
A: Nourseothricin acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Nourseothricin acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8824
ポリマ－41,5822
非ポリマー3002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.536, 44.641, 42.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Nourseothricin acetyltransferase


分子量: 20790.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces noursei (バクテリア)
遺伝子: nat1 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) ROSETTA / 参照: UniProt: Q08414
#2: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.75 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Carboxylic acids (0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate), 0.1 M Buffer ...詳細: 0.1 M Carboxylic acids (0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate), 0.1 M Buffer System 3(Tris base; BICINE) 8.5, 50 % v/v Precipitant Mix 4(25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月9日
放射モノクロメーター: Si (111) and Si (220) Double crystal monochromato
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→33.82 Å / Num. obs: 9075 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 29.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→15.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9328 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9031 / SU R Cruickshank DPI: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.269 / SU Rfree Blow DPI: 0.196 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.195
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 465 5.14 %RANDOM
Rwork0.1807 ---
obs0.1829 9046 98.69 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3899 Å20 Å22.5328 Å2
2---1.7618 Å20 Å2
3----4.6281 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.269 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→15.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1306 0 10 97 1413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011347HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11837HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d440SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes30HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes208HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1347HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion174SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1591SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.46 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 126 5.12 %
Rwork0.1852 2334 -
all0.1886 2460 -
obs--95.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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