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- PDB-5c7o: Structure of human testis-specific glyceraldehyde-3-phosphate deh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c7o
タイトルStructure of human testis-specific glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase holo form with NAD+
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
キーワードOXIDOREDUCTASE / human sperm GAPDH metabolic enzyme sperm specific with NAD+ cofactor
機能・相同性
機能・相同性情報


flagellated sperm motility / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / Gluconeogenesis / Glycolysis / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of glycolytic process / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding ...flagellated sperm motility / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / Gluconeogenesis / Glycolysis / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of glycolytic process / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.729 Å
データ登録者Betts, L. / Machius, M. / Danshina, P. / O'Brien, D.
引用ジャーナル: Mol. Hum. Reprod. / 年: 2016
タイトル: Structural analyses to identify selective inhibitors of glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase-S, a sperm-specific glycolytic enzyme.
著者: Danshina, P.V. / Qu, W. / Temple, B.R. / Rojas, R.J. / Miley, M.J. / Machius, M. / Betts, L. / O'Brien, D.A.
履歴
登録2015年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8546
ポリマ－73,3352
非ポリマー1,5194
水11,331629
1
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
ヘテロ分子

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,70912
ポリマ－146,6714
非ポリマー3,0388
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area21620 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area42250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.442, 71.741, 80.844
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11O-275-

HIS

21O-275-

HIS

31P-275-

HIS

41O-919-

HOH

51P-890-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific / Spermatogenic cell-specific glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 2 / GAPDH-2 / Spermatogenic ...Spermatogenic cell-specific glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 2 / GAPDH-2 / Spermatogenic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 36667.746 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 74-407 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAPDHS, GAPD2, GAPDH2, GAPDS, HSD-35, HSD35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O14556, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1:1 mixture of protein:NAD+ complex at 10 mg/mL with 0.2 M sodium nitrate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0746 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0746 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→31.71 Å / Num. obs: 68115 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 19.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H9E

3h9e


解像度: 1.729→31.706 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1664 2013 2.96 %
Rwork0.1371 66102 -
obs0.138 68115 93.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.93 Å2 / Biso mean: 26.8695 Å2 / Biso min: 10.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.729→31.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5124 0 150 629 5903
Biso mean--27.66 35.2 -
残基数----670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0267452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039833
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8072002
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7288-1.7720.2118770.18942515259250
1.772-1.81990.2391180.19453843396178
1.8199-1.87350.18731360.18164553468991
1.8735-1.93390.1971590.17114862502197
1.9339-2.0030.19741510.159649995150100
2.003-2.08320.18141510.148249825133100
2.0832-2.1780.18551550.14350245179100
2.178-2.29280.16481540.134950115165100
2.2928-2.43640.16611490.133749995148100
2.4364-2.62440.16481500.137650345184100
2.6244-2.88840.1551510.136950465197100
2.8884-3.3060.16771480.137250155163100
3.306-4.16370.14141540.120350705224100
4.1637-31.71080.16021600.122751495309100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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