[日本語] English
万見
- PDB-5c7l: Structure of human testis-specific glyceraldehyde-3-phosphate deh... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c7l
タイトルStructure of human testis-specific glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase apo form
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
キーワードOXIDOREDUCTASE / human sperm GAPDH metabolic enzyme sperm specific
機能・相同性
機能・相同性情報


flagellated sperm motility / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / Gluconeogenesis / Glycolysis / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of glycolytic process / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding ...flagellated sperm motility / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / Gluconeogenesis / Glycolysis / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of glycolytic process / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.862 Å
データ登録者Betts, L. / Machius, M. / Danshina, P. / O'Brien, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Mol. Hum. Reprod. / 年: 2016
タイトル: Structural analyses to identify selective inhibitors of glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase-S, a sperm-specific glycolytic enzyme.
著者: Danshina, P.V. / Qu, W. / Temple, B.R. / Rojas, R.J. / Miley, M.J. / Machius, M. / Betts, L. / O'Brien, D.A.
履歴
登録2015年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4782
ポリマ－73,4782
非ポリマー00
水6,918384
1
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,9554
ポリマ－146,9554
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area15550 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area44700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.888, 86.888, 159.606
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11O-601-

HOH

21R-539-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific / Spermatogenic cell-specific glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 2 / GAPDH-2 / Spermatogenic ...Spermatogenic cell-specific glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 2 / GAPDH-2 / Spermatogenic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 36738.758 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 74-407 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAPDHS, GAPD2, GAPDH2, GAPDS, HSD-35, HSD35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O14556, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: mix 1:1 volume of protein at 10 mg/mL with 0.2 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0746 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0746 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→38.2 Å / Num. obs: 59104 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.7 % / Net I/σ(I): 17.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.862→38.156 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 1996 3.67 %
Rwork0.1865 52425 -
obs0.188 54421 92.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.51 Å2 / Biso mean: 32.7496 Å2 / Biso min: 8.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.862→38.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5142 0 0 384 5526
Biso mean---33.91 -
残基数----672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3997274
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6941962
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8619-1.90840.2597840.22062250233456
1.9084-1.960.28961090.22842736284568
1.96-2.01770.27271250.2373161328679
2.0177-2.08280.30161400.23143562370290
2.0828-2.15730.30451490.23493897404697
2.1573-2.24360.28521540.217440434197100
2.2436-2.34570.25411500.207940374187100
2.3457-2.46940.26981500.200640364186100
2.4694-2.6240.22061550.192640404195100
2.624-2.82660.21951570.191340654222100
2.8266-3.11090.22231550.18640874242100
3.1109-3.56080.22711530.17840964249100
3.5608-4.48510.17871540.156841284282100
4.4851-38.16430.19761610.16324287444899

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る