PDB-5c78: ATP-driven lipid-linked oligosaccharide flippase PglK in apo-inwa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c78

タイトル

ATP-driven lipid-linked oligosaccharide flippase PglK in apo-inward state (1)

要素

ATP-driven flippase PglK

キーワード

HYDROLASE / ABC transporter flippase

機能・相同性

機能・相同性情報

ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Perez, C. / Locher, K.P.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of an active lipid-linked oligosaccharide flippase.
著者: Perez, C. / Gerber, S. / Boilevin, J. / Bucher, M. / Darbre, T. / Aebi, M. / Reymond, J.L. / Locher, K.P.

履歴

登録	2015年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月2日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c78.cif.gz	918.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c78.ent.gz	777.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c78.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/5c78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/5c78	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c73C 5c76C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p49-2 6bl6-1 1f5p-d 6jmr-d 5zm7-1 1f9e-d 3b5w-3 3jts-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (10) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (10)

登録構造単位

A: ATP-driven flippase PglK

B: ATP-driven flippase PglK

C: ATP-driven flippase PglK

D: ATP-driven flippase PglK

ヘテロ分子

260 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-driven flippase PglK

D: ATP-driven flippase PglK

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP-driven flippase PglK

C: ATP-driven flippase PglK

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.600, 114.420, 145.590
Angle α, β, γ (deg.)	68.440, 73.270, 68.670
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 1 - 564 / Label seq-ID: 1 - 564

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D

#1: タンパク質	ATP-driven flippase PglK 分子量: 64587.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: wlaB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O86150
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 / 詳細: Tris-HCl; MgAcetate; PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 206754 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 71.64 Å² / R_merge F obs: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 1.012 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 1176105

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.9-2.97		0.486	1.202	1.34	6954	18974	1203	1.322	23
2.89-2.97		0.57	1.188	1.31	24150	18736	4310	1.309	23
2.97-3.05		0.573	1.568	1.06	52467	18014	8725	1.714	48.4
3.05-3.15		0.69	1.366	1.24	71286	17566	11781	1.492	67.1
3.15-3.25		0.743	1.215	1.39	84636	17144	14204	1.329	82.9
3.25-3.36		0.847	0.916	1.81	93617	16474	15933	1.004	96.7
3.36-3.49		0.932	0.604	2.6	92203	15920	15883	0.663	99.8
3.49-3.63		0.967	0.381	3.87	88997	15392	15353	0.418	99.7
3.63-3.79		0.979	0.267	5.34	82217	14578	14549	0.294	99.8
3.79-3.98		0.985	0.193	7.02	75166	13970	13945	0.214	99.8
3.98-4.2		0.99	0.141	9.16	70737	13398	13367	0.157	99.8
4.2-4.45		0.991	0.111	12	66922	12598	12570	0.123	99.8
4.45-4.76		0.995	0.092	15.14	69085	11874	11826	0.101	99.6
4.76-5.14		0.995	0.084	16.55	64005	11036	11004	0.093	99.7
5.14-5.63		0.995	0.087	16.71	58499	10164	10117	0.095	99.5
5.63-6.29		0.994	0.084	17.52	51672	9180	9152	0.092	99.7
6.29-7.27		0.994	0.073	19.36	42770	8072	7999	0.081	99.1
7.27-8.9		0.996	0.056	22.56	34946	6872	6845	0.062	99.6
8.9-12.59		0.997	0.051	26.34	30108	5288	5245	0.056	99.2
	12.59	0.996	0.053	26.72	15668	2890	2743	0.059	94.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.9→27.928 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 32.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2671	5133	5 %
R_work	0.2315	97460	-
obs	0.2333	102593	87.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 291.07 Å² / B_iso mean: 80.7514 Å² / B_iso min: 23.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→27.928 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18228	0	80	115	18423
B_iso mean	-	-	69.55	45.12	-
残基数	-	-	-	-	2256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	18804
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.586	25208
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	2896
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3084
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.028	7124

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	10677	X-RAY DIFFRACTION	10.59	TORSIONAL
1	2	B	10677	X-RAY DIFFRACTION	10.59	TORSIONAL
1	3	C	10677	X-RAY DIFFRACTION	10.59	TORSIONAL
1	4	D	10677	X-RAY DIFFRACTION	10.59	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9-2.9329	0.397	60	0.3937	726	786	20
2.9329-2.9674	0.3623	52	0.3981	1102	1154	30
2.9674-3.0035	0.4366	96	0.3832	1620	1716	43
3.0035-3.0415	0.398	97	0.3901	1909	2006	52
3.0415-3.0815	0.3869	128	0.3684	2264	2392	61
3.0815-3.1237	0.3711	128	0.3683	2537	2665	68
3.1237-3.1682	0.3757	146	0.368	2811	2957	75
3.1682-3.2154	0.3856	168	0.374	3078	3246	83
3.2154-3.2656	0.3768	170	0.3471	3311	3481	89
3.2656-3.3191	0.383	180	0.3397	3609	3789	97
3.3191-3.3762	0.3849	179	0.3344	3742	3921	100
3.3762-3.4375	0.3344	193	0.3092	3739	3932	100
3.4375-3.5035	0.3511	202	0.2911	3683	3885	100
3.5035-3.5749	0.3262	188	0.2678	3783	3971	100
3.5749-3.6524	0.3106	202	0.2525	3648	3850	100
3.6524-3.7372	0.2742	194	0.2453	3787	3981	100
3.7372-3.8304	0.2683	205	0.2333	3694	3899	100
3.8304-3.9337	0.2586	197	0.2273	3742	3939	100
3.9337-4.0491	0.2479	199	0.2265	3723	3922	100
4.0491-4.1794	0.2591	189	0.2194	3724	3913	100
4.1794-4.3283	0.2706	206	0.1973	3692	3898	100
4.3283-4.5009	0.1992	193	0.185	3753	3946	100
4.5009-4.7048	0.2128	191	0.1737	3713	3904	100
4.7048-4.9516	0.2157	190	0.1702	3741	3931	100
4.9516-5.2599	0.2041	220	0.1734	3701	3921	100
5.2599-5.6629	0.2724	190	0.2024	3745	3935	100
5.6629-6.227	0.2517	196	0.2081	3702	3898	100
6.227-7.1151	0.2325	198	0.1994	3757	3955	100
7.1151-8.9156	0.2153	190	0.1839	3717	3907	100
8.9156-27.9294	0.2414	186	0.2188	3707	3893	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9284	0.4108	0.1621	0.8796	-0.519	0.8953	0.2074	-0.2086	-0.1594	0.1046	-0.1072	0.0204	-0.1113	-0.087	-0.0495	0.5132	0.0906	0.0922	0.3918	-0.1157	0.2737	121.3733	106.7198	102.5656
2	2.7889	-1.268	2.6942	1.1124	-1.6632	3.3754	-0.4176	-0.1399	-0.1856	0.2731	0.2264	0.214	-0.0884	-0.0915	0.1541	0.6966	0.1179	0.2355	0.7915	0.1044	0.4121	109.8172	110.0638	99.5322
3	3.6257	-1.1878	-0.5017	3.1357	-1.073	3.6568	0.0491	0.5293	0.3832	-0.6041	-0.1719	-0.4137	0.8945	0.1629	0.0605	0.4403	0.0378	0.0619	0.5449	0.1504	0.5133	100.9987	131.5052	54.9906
4	1.4127	0.8053	-0.7168	4.6504	-2.1472	2.5979	0.0763	0.4844	0.569	0.0256	0.3257	0.3709	-0.4833	-0.75	-0.085	0.5265	0.0752	-0.0486	0.5023	0.0748	0.497	114.6528	109.7608	18.7966
5	0.2266	-0.5523	0.0734	0.9591	-0.1715	0.0106	0.0931	0.0915	0.1342	-0.4269	-0.0731	-0.0094	0.3124	-0.0024	-0.0138	0.7014	0.0444	-0.0908	0.6891	-0.0213	0.3389	139.8445	88.0094	10.8781
6	2.8725	1.5408	-2.9853	2.4924	-2.2192	3.6465	-0.5681	0.1436	-0.1082	-0.7124	0.0195	-0.2824	0.1577	0.0094	0.4698	0.8371	-0.235	-0.2145	0.8787	0.0809	0.5049	116.3509	94.8523	17.306
7	4.201	1.7893	0.4236	3.6246	-1.0633	2.6981	0.165	-0.5851	-0.3027	0.5274	-0.2031	-0.1957	-0.5597	0.0649	0.0748	0.3778	-0.0254	0.013	0.5178	0.0735	0.3923	107.4935	71.3565	60.614
8	2.3736	-1.283	0.8511	3.0157	-1.7846	2.74	0.1358	0.9672	0.9066	-0.1183	-0.5395	-0.9741	-0.2191	0.619	0.1514	0.5418	-0.1577	0.0225	0.5659	0.0921	0.5747	157.8726	101.5773	5.1503
9	0.2626	0.0122	-0.392	0.4267	-0.4412	0.806	0.1478	-0.0741	0.0639	0.1979	-0.0741	-0.1625	-0.2491	0.0969	-0.1172	0.6216	-0.1715	-0.0873	0.3655	-0.0431	0.4195	133.6029	102.6193	29.08
10	3.8066	-0.9138	-1.1004	3.088	1.7394	1.5521	0.0641	-0.0676	0.3387	-0.6756	0.5885	0.5448	0.1328	-0.6816	-0.3765	0.9784	-0.276	-0.4876	0.7628	0.3761	1.3181	145.2879	113.3288	12.9871
11	2.5423	0.5793	0.7024	2.991	-0.8791	2.4648	-0.0126	0.0776	-0.5661	-0.8019	-0.0603	-0.2467	0.2558	0.1314	0.0239	0.337	0.0766	0.1594	0.5603	-0.0092	0.6732	169.4844	54.6095	31.156
12	3.4447	1.3546	-0.6931	1.7417	-0.0653	0.4255	0.3437	-1.0166	-1.1205	0.5913	-0.4735	-0.7354	-0.0038	0.3899	-0.2429	0.5717	0.0086	-0.0423	0.4191	-0.0679	0.3911	151.4341	103.487	112.2277
13	1.0028	-0.0627	0.8466	0.2417	-0.3211	0.9305	0.2974	0.1415	-0.026	-0.1936	-0.0855	-0.0827	0.2361	0.0666	-0.1949	0.6359	0.0963	0.0588	0.3407	-0.0862	0.4576	127.0841	102.2272	87.8691
14	2.442	1.1774	-0.1425	3.4531	2.4031	2.1313	0.4043	-0.2636	-0.39	0.147	0.4206	0.4512	0.3081	-0.6978	-0.5539	0.7406	0.0309	0.1227	0.8241	0.5963	1.5065	138.0094	90.3804	105.2496
15	3.0126	-0.5209	-0.4793	1.7742	0.0831	2.4127	-0.0314	0.0168	-0.0753	0.3861	-0.2882	-0.4355	0.0164	0.2572	0.1498	0.2607	-0.0616	-0.1104	0.5807	0.1195	0.6562	168.5964	142.2125	79.1532
16	3.7092	-0.2557	-2.0105	3.4396	-1.3072	7.0292	-0.0043	0.1085	0.7933	0.9306	0.2489	-0.087	-0.4887	-0.1342	-0.2712	0.5973	-0.0495	-0.0829	0.3353	0.0101	0.6967	158.0751	155.9203	89.0527
17	0.0659	0.0991	-0.0483	0.2027	-0.2068	0.1438	-0.0915	0.0043	0.0301	-0.0281	-0.0363	-0.0921	0.0972	-0.0388	-0.022	0.5237	-0.0011	0.0296	0.54	-0.3733	0.4289	132.4576	102.5649	56.995
18	-0.0398	-0.0331	0.0077	-0.0499	0.0352	-0.013	-0.0092	0.0469	0.0395	0.0298	-0.0131	-0.0845	-0.0464	0.0214	-0.2121	0.1926	0.1433	0.0843	0.3041	-0.3961	0.2186	134.7537	103.3766	61.5406

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 277 )	A	0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 278 through 347 )	A	0
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 348 through 564 )	A	0
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 128 )	B	0
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 129 through 277 )	B	0
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 278 through 347 )	B	0
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 348 through 564 )	B	0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 128 )	C	0
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 129 through 280 )	C	0
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 281 through 319 )	C	0
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 320 through 564 )	C	0
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 128 )	D	0
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 129 through 277 )	D	0
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 278 through 319 )	D	0
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 320 through 438 )	D	0
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 439 through 564 )	D	0
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E'	E	1265 - 1269
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F'	F	2 - 116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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