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万見
- PDB-5c6v: Crystal structure of the rice Topless related protein 2 (TPR2) N-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c6v
タイトルCrystal structure of the rice Topless related protein 2 (TPR2) N-terminal domain (1-209) in complex with Arabidopsis NINJA peptide
要素
  • AFP homolog 2
  • ASPR2 protein
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional corepressor / alpha-helical structure / tetrameric protein / plant transcriptional repression / Plant development
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of leaf morphogenesis / jasmonic acid mediated signaling pathway / response to jasmonic acid / protein sequestering activity / defense response / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ninja family / Tify domain binding domain / Tify domain binding domain / : / TOPLESS, zinc finger domain / Topless family / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Lissencephaly type-1-like homology motif ...Ninja family / Tify domain binding domain / Tify domain binding domain / : / TOPLESS, zinc finger domain / Topless family / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein TPR1 / AFP homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ke, J. / Ma, H. / Gu, X. / Brunzelle, J.S. / Xu, H.E. / Melcher, K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK071662 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102545 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104212 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2015
タイトル: Structural basis for recognition of diverse transcriptional repressors by the TOPLESS family of corepressors.
著者: Ke, J. / Ma, H. / Gu, X. / Thelen, A. / Brunzelle, J.S. / Li, J. / Xu, H.E. / Melcher, K.
履歴
登録2015年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASPR2 protein
B: ASPR2 protein
C: ASPR2 protein
D: ASPR2 protein
E: AFP homolog 2
F: AFP homolog 2
G: AFP homolog 2
H: AFP homolog 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0838
ポリマ－104,0838
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.743, 65.042, 107.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
ASPR2 protein / Os01g0254100 protein / Putative CTV.2 / Uncharacterized protein


分子量: 24903.611 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-209) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: P0705D01.10-1, ASPR2, Os01g0254100, OsJ_01134 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5NBT9
#2: タンパク質・ペプチド
AFP homolog 2 / Ninja-family protein At4g28910 / Novel interactor of JAZ


分子量: 1117.210 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 4-14 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SV55
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% w/v PEG 3,350, 0.2 M NaCl, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 3.0% w/v D-(+)-glucose monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月14日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 20063 / Num. obs: 20063 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZHE

4zhe


解像度: 3.1→48.495 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 34.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2864 1863 4.84 %Random selection
Rwork0.2323 ---
obs0.2349 20020 99.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6880 0 0 34 6914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4119388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.372655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651046
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1001-3.18390.38341370.32452815X-RAY DIFFRACTION100
3.1839-3.27760.39451500.30112822X-RAY DIFFRACTION99
3.2776-3.38330.33641560.28782822X-RAY DIFFRACTION99
3.3833-3.50420.33481600.27072783X-RAY DIFFRACTION99
3.5042-3.64450.30421240.25022846X-RAY DIFFRACTION99
3.6445-3.81030.30631810.23972794X-RAY DIFFRACTION99
3.8103-4.01110.24381450.21742807X-RAY DIFFRACTION99
4.0111-4.26220.24991290.21512812X-RAY DIFFRACTION99
4.2622-4.59110.26161660.20172829X-RAY DIFFRACTION99
4.5911-5.05270.29471110.20472879X-RAY DIFFRACTION100
5.0527-5.78280.26431310.2282826X-RAY DIFFRACTION99
5.7828-7.28170.32341520.24582836X-RAY DIFFRACTION100
7.2817-48.50140.2261210.19682789X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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