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- PDB-5c6h: Mcl-1 complexed with Mule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c6h
タイトルMcl-1 complexed with Mule
要素
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
  • Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
キーワードAPOPTOSIS/APOPTOSIS REGULATOR / complex. Mcl-1 / Mule / BH3 / APOPTOSIS-APOPTOSIS REGULATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / histone ubiquitin ligase activity / negative regulation of mitochondrial fusion / protein branched polyubiquitination / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of type 2 mitophagy / cell fate determination / HECT-type E3 ubiquitin transferase / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex ...negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / histone ubiquitin ligase activity / negative regulation of mitochondrial fusion / protein branched polyubiquitination / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of type 2 mitophagy / cell fate determination / HECT-type E3 ubiquitin transferase / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / : / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Golgi organization / negative regulation of anoikis / BH3 domain binding / transmembrane protein transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein monoubiquitination / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein K48-linked ubiquitination / response to cytokine / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein ubiquitination / negative regulation of autophagy / circadian regulation of gene expression / sperm end piece / base-excision repair / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / sperm principal piece / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sperm midpiece / secretory granule lumen / regulation of apoptotic process / ficolin-1-rich granule lumen / ubiquitin-dependent protein catabolic process / membrane fusion / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell differentiation / mitochondrial outer membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / Golgi membrane / DNA damage response / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / WWE domain / UBA-like domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. ...HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / WWE domain / UBA-like domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Ubiquitin-binding motif (UBM) domain profile. / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Ubiquitin associated domain / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / UBA-like superfamily / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Song, T. / Wang, Z. / Ji, F. / Chai, G. / Liu, Y. / Li, X. / Li, Z. / Fan, Y. / Zhang, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21402022 中国
National Natural Science Foundation of China21372036 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Mcl-1 complexed with Mule at 2.05 Angstroms resolution
著者: Song, T. / Wang, Z. / Ji, F. / Chai, G. / Liu, Y. / Li, X. / Li, Z. / Fan, Y. / Zhang, Z.
履歴
登録2015年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
D: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
E: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
F: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
G: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
H: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
I: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
J: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
K: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
L: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
M: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
N: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
O: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
P: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
Q: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
R: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
S: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
T: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
U: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
V: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
W: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
X: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,73624
ポリマ－250,73624
非ポリマー00
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39980 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area96530 Å2
2
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8952
ポリマ－20,8952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
3
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
D: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8952
ポリマ－20,8952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9660 Å2
手法PISA
4
E: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
F: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8952
ポリマ－20,8952
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9520 Å2
手法PISA
5
G: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
H: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8952
ポリマ－20,8952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area9380 Å2
手法PISA
6
I: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
J: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8952
ポリマ－20,8952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area9500 Å2
手法PISA
7
K: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
L: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8952
ポリマ－20,8952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9560 Å2
手法PISA
8
M: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
N: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8952
ポリマ－20,8952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area9650 Å2
手法PISA
9
O: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
P: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8952
ポリマ－20,8952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
10
Q: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
R: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8952
ポリマ－20,8952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9200 Å2
手法PISA
11
S: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
T: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8952
ポリマ－20,8952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
12
U: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
V: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8952
ポリマ－20,8952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8820 Å2
手法PISA
13
W: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
X: Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8952
ポリマ－20,8952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.790, 114.240, 135.980
Angle α, β, γ (deg.)90.12, 92.32, 90.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17922.344 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 171-327 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mcl-1, residues 171-327 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド
Mule BH3 peptide from E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量: 2972.287 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Mule BH3, residues 1969-1994 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z6Z7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, calcium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.987, 0.988, 1.0
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9871
20.9881
311
反射解像度: 2.05→35.451 Å / Num. obs: 114746 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 3.26
反射 シェル解像度: 2.05→2.75 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-20002.6データ収集
PHENIX1.8.2_1309モデル構築
Coot0.8.1.1data processing
XDSIA32データ削減
Coot0.8.1.1位相決定
HKL-20002.6データ抽出
精密化解像度: 2.05→35.451 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: NONE / σ(F): 2 / 位相誤差: 42.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3456 5763 5.02 %
Rwork0.2948 --
obs0.2974 114746 95.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→35.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17309 0 0 172 17481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65423617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.916648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.07330.41011970.35223450X-RAY DIFFRACTION91
2.0733-2.09770.38151920.33383630X-RAY DIFFRACTION94
2.0977-2.12330.35541920.31263705X-RAY DIFFRACTION96
2.1233-2.15010.35282000.30853525X-RAY DIFFRACTION96
2.1501-2.17840.40731600.30473598X-RAY DIFFRACTION96
2.1784-2.20830.37771760.30483680X-RAY DIFFRACTION96
2.2083-2.23980.39341730.30283727X-RAY DIFFRACTION96
2.2398-2.27320.40121910.3233534X-RAY DIFFRACTION91
2.2732-2.30870.3631970.2943523X-RAY DIFFRACTION96
2.3087-2.34660.34171840.29213617X-RAY DIFFRACTION96
2.3466-2.3870.33891970.28263684X-RAY DIFFRACTION96
2.387-2.43040.3411870.29933778X-RAY DIFFRACTION97
2.4304-2.47720.36741970.30763618X-RAY DIFFRACTION97
2.4772-2.52770.35462040.30523586X-RAY DIFFRACTION97
2.5277-2.58270.36022130.2853692X-RAY DIFFRACTION97
2.5827-2.64270.32391980.28163772X-RAY DIFFRACTION97
2.6427-2.70880.33032060.29393546X-RAY DIFFRACTION96
2.7088-2.7820.34951910.28853664X-RAY DIFFRACTION97
2.782-2.86380.35621840.27963770X-RAY DIFFRACTION97
2.8638-2.95620.3222000.29773675X-RAY DIFFRACTION97
2.9562-3.06180.36311890.30183660X-RAY DIFFRACTION97
3.0618-3.18440.34352020.29563764X-RAY DIFFRACTION97
3.1844-3.32920.34181760.29683589X-RAY DIFFRACTION97
3.3292-3.50450.35362100.30543705X-RAY DIFFRACTION96
3.5045-3.72390.30461750.28143600X-RAY DIFFRACTION96
3.7239-4.01110.32282020.27883717X-RAY DIFFRACTION97
4.0111-4.4140.31651980.26563641X-RAY DIFFRACTION97
4.414-5.05120.32061750.26753643X-RAY DIFFRACTION96
5.0512-6.3580.32152160.29853628X-RAY DIFFRACTION95
6.358-35.45670.30981810.29133262X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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