[日本語] English
万見
- PDB-5c53: Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectiv... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c53
タイトルProbing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma
要素
  • DNA (26-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*C)-3')
  • DNA polymerase subunit gamma-1
  • Pol gamma B
キーワードtransferase/dna / Nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTIs) / HIV reverse transcriptase (RT) / human mitochondrial DNA polymerase / mitochondrial toxicity / drug efficacy and toxicity / TRANSFERASE / transferase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA replication proofreading / DNA metabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ ...gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA replication proofreading / DNA metabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / DNA polymerase binding / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / base-excision repair / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-templated DNA replication / double-stranded DNA binding / protease binding / in utero embryonic development / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA-polymerase, family A, mitochondria / DNA mitochondrial polymerase, exonuclease domain / : / DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / DNA polymerase family A ...DNA-directed DNA-polymerase, family A, mitochondria / DNA mitochondrial polymerase, exonuclease domain / : / DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / Anticodon-binding domain superfamily / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4Y3 / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase subunit gamma-1 / DNA polymerase subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.567 Å
データ登録者Sohl, C.D. / Szymanski, M.R. / Mislak, A.C. / Shumate, C.K. / Amiralaei, S. / Schinazi, R.F. / Anderson, K.S. / Yin, Y.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Probing the structural and molecular basis of nucleotide selectivity by human mitochondrial DNA polymerase gamma.
著者: Sohl, C.D. / Szymanski, M.R. / Mislak, A.C. / Shumate, C.K. / Amiralaei, S. / Schinazi, R.F. / Anderson, K.S. / Yin, Y.W.
履歴
登録2015年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年3月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula ..._atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase subunit gamma-1
B: Pol gamma B
C: Pol gamma B
T: DNA (26-MER)
P: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,4869
ポリマ－355,6575
非ポリマー8294
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16300 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area85460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)217.447, 217.447, 163.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 DNA polymerase subunit gamma-1 / Mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit / PolG-alpha


分子量: 135989.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLG, MDP1, POLG1, POLGA
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P54098, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 Pol gamma B


分子量: 102458.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9UHN1*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7955.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 6795.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)

-
非ポリマー , 3種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-4Y3 / [[(2~{S},5~{R})-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3$l^{4}-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / β-L-FddC-TP


分子量: 489.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15FN3O12P3S
#7: 化合物 ChemComp-DOC / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / ddCMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 291.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O6P

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG4000, KCl, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.62→50 Å / Num. obs: 47258 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.567→48.909 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3382 1983 4.24 %
Rwork0.2998 --
obs0.3014 46718 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.567→48.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13627 962 48 0 14637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75120668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1445683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0282225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042474
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5665-3.65570.48161390.43393125X-RAY DIFFRACTION99
3.6557-3.75450.44171420.4273191X-RAY DIFFRACTION100
3.7545-3.86490.44631400.41873162X-RAY DIFFRACTION100
3.8649-3.98960.38311410.37793182X-RAY DIFFRACTION100
3.9896-4.13220.39931400.36923162X-RAY DIFFRACTION99
4.1322-4.29750.39851400.36133121X-RAY DIFFRACTION98
4.2975-4.4930.40281340.35283121X-RAY DIFFRACTION98
4.493-4.72970.36071410.32963156X-RAY DIFFRACTION98
4.7297-5.02570.3711430.32393164X-RAY DIFFRACTION99
5.0257-5.41330.30591390.31463187X-RAY DIFFRACTION99
5.4133-5.95720.35871420.32393222X-RAY DIFFRACTION100
5.9572-6.81730.36191450.32343270X-RAY DIFFRACTION100
6.8173-8.58150.33361450.27263282X-RAY DIFFRACTION100
8.5815-48.91320.26941520.22383390X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3302-0.08880.39081.0807-0.51463.6638-0.2945-0.04560.43190.48260.1864-0.11780.02580.6276-0.00031.0276-0.0533-0.21811.2862-0.00411.385536.425365.0055-16.8479
20.78860.9169-0.60681.0498-1.45250.4005-0.35710.1438-0.412-0.0312-0.0685-2.1049-0.4329-0.33460.13891.59140.0891-0.54131.5120.09321.3864-9.419144.70153.5709
36.3201-1.00330.81931.2518-0.62710.1703-0.18330.8593-2.4011-0.26060.8018-0.76391.3202-0.39910.09691.7432-0.14580.09761.2134-0.29411.9786-0.457524.4363-22.2998
40.7717-0.3878-0.42381.7511.1355-0.53550.05390.67520.0268-0.1287-0.05710.5012-0.1502-0.22060.02941.30060.026-0.33031.6752-0.04161.353223.964756.0074-35.0487
51.58692.1892-3.35523.1808-4.99288.2030.4042-1.738-0.10721.08730.45481.0406-1.5759-1.85510.67050.71380.045-0.04941.9860.55060.6497-36.952749.0984-11.6339
62.8374-0.24531.59152.6963-0.44981.28080.15750.58110.84560.0215-0.0798-0.6236-0.03030.26830.00281.4782-0.18640.01851.51890.26780.5583-25.431774.6659-10.821
72.3199-0.28220.64133.46650.60770.1292-0.52290.870.3257-0.44260.3289-0.9264-0.34940.44110.00081.46870.04-0.20331.39990.25751.3771-20.296969.7678-18.8522
81.9363-1.0619-1.27750.59640.84311.6774-0.83892.12041.3171-1.35490.41431.3928-0.0932-0.0016-0.00231.5129-0.2438-0.38971.60710.17110.9497-21.712866.9498-26.5255
91.99470.49826.49721.51770.96834.43190.6583-1.82744.15062.4387-1.2428-0.29670.7167-0.37670.00851.9625-0.739-0.66931.47150.48232.7919-16.669193.0248-20.3587
107.4449-0.40161.9821.81170.28456.13050.5862-0.5605-1.21650.4964-0.0661-0.15441.28630.09850.01080.939-0.0209-0.24011.08160.0740.885-22.566952.5143-12.8618
113.3898-1.21870.64652.2512-1.46131.0933-0.25610.2925-2.1386-0.69220.2805-0.60071.0416-0.34880.0071.45410.0682-0.23491.45970.36581.571-24.751643.56699.9878
120.19340.0003-0.6870.2089-0.15982.5566-0.1625-1.64120.98741.0855-0.62840.6462-0.62722.8251-0.05671.3885-0.16670.06251.70520.53182.1671-11.818150.30556.8652
138.51471.25515.84436.0526-4.87999.57580.41670.8739-1.7602-0.9275-0.6687-3.29641.18822.0156-1.06521.6843-0.276-0.8430.87250.50451.9359-27.034494.11921.2087
145.48260.0201-1.37957.13-1.81773.012-1.15641.07752.4748-1.49360.9986-0.3163-0.2895-0.88170.02561.09980.0692-0.41751.2165-0.35381.6769-30.918279.55153.2673
152.6841-0.249-0.43092.2767-0.04131.4473-1.18-1.2033-2.42341.09291.77011.77041.0572-0.17170.15351.50790.2110.48421.82940.02552.695-41.376465.2545-1.1367
164.0418-4.9696-2.34982.00380.58882.97270.9099-0.3634-3.2528-0.6402-1.8207-1.05791.0999-1.928-1.06861.244-0.5182-0.17562.54320.59751.7691-44.192554.2191.762
171.07730.6829-0.74110.9820.11551.0542-0.55720.27141.1754-0.68230.48641.1944-0.6811-0.966-0.00041.72570.2458-0.44591.9537-0.17511.5864-43.836571.60952.5179
183.42240.30672.12893.21993.14653.7827-0.2287-1.80790.03280.1545-0.45981.62350.6611-0.70540.0011.54390.11360.00062.4894-0.36991.5454-44.205370.555512.4297
190.61280.30430.65812.35470.59371.8098-1.0379-0.2937-0.513-0.95680.94240.78020.65240.2958-0.01231.43740.0466-0.18441.7764-0.45341.4809-8.580782.48846.2318
203.0442-2.5866-1.60363.60350.29011.30090.0866-0.41491.5066-0.44010.1274-2.0096-0.6891.08590.05251.3466-0.0467-0.27161.4535-0.24830.9765-6.624683.187910.9174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 78:434 )A78 - 434
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 435:590 )A435 - 590
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 591:756 )A591 - 756
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 757:1228 )A757 - 1228
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 68:87 )B68 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 88:205 )B88 - 205
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 206:279 )B206 - 279
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 280:306 )B280 - 306
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 307:333 )B307 - 333
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 334:382 )B334 - 382
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 383:462 )B383 - 462
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 463:485 )B463 - 485
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 67:86 )C67 - 86
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 87:119 )C87 - 119
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 120:186 )C120 - 186
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 187:205 )C187 - 205
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 206:248 )C206 - 248
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 249:353 )C249 - 353
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 354:409 )C354 - 409
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 410:485 )C410 - 485

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る