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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5c4q | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of bromodomain from Leishmania donovani complexed with bromosporine | ||||||
![]() | Bromodomain | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Structural Genomics Consortium / SGC / Bromodomain / Bromosporine / Leishmania donovani | ||||||
機能・相同性 | ![]() Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Bromodomain / Up-down Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Amani, M. / Hou, C.F.D. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure Analysis of bromodomain from Leishmania donovani complexed with bromosporine 著者: Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Amani, M. / Hou, C.F.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4hbwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly of the protein indicated by Mass spectrometry and Gel filtration is monomer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14440.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: BPK282A1 / 遺伝子: LDBPK_363130 / プラスミド: V3R pRARE2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-UNX / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M sodium malonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月9日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.93→20 Å / Num. obs: 16741 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.524 / Net I/av σ(I): 14.418 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 61331 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4HBW 解像度: 1.932→19.16 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.06 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: Bromosporine restraints generated by PHENIX.ELBOW were modified to restrain coordinates of the lactamate moiety in a single plane, prompted by a MOGUL query of related structures in the ...詳細: Bromosporine restraints generated by PHENIX.ELBOW were modified to restrain coordinates of the lactamate moiety in a single plane, prompted by a MOGUL query of related structures in the Cambridge Structural Database.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.05 Å2 / Biso mean: 23.9427 Å2 / Biso min: 10.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.932→19.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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