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- PDB-1g91: SOLUTION STRUCTURE OF MYELOID PROGENITOR INHIBITORY FACTOR-1 (MPIF-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g91
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF MYELOID PROGENITOR INHIBITORY FACTOR-1 (MPIF-1)
要素MYELOID PROGENITOR INHIBITORY FACTOR-1
キーワードCYTOKINE (サイトカイン) / chemokine (ケモカイン) / MPIF-1 / CKb8 / CCL23
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of C-C chemokine binding / CCR1 chemokine receptor binding / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / chemokine-mediated signaling pathway / chemokine activity / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / 好中球 ...negative regulation of C-C chemokine binding / CCR1 chemokine receptor binding / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / chemokine-mediated signaling pathway / chemokine activity / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / 好中球 / positive regulation of GTPase activity / cellular response to type II interferon / intracellular calcium ion homeostasis / 走化性 / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / heparin binding / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 炎症 / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 23
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Rajarathnam, K. / Li, Y. / Rohrer, T. / Gentz, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Solution structure and dynamics of myeloid progenitor inhibitory factor-1 (MPIF-1), a novel monomeric CC chemokine.
著者: Rajarathnam, K. / Li, Y. / Rohrer, T. / Gentz, R.
履歴
登録2000年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYELOID PROGENITOR INHIBITORY FACTOR-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8691
ポリマ－8,8691
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 MYELOID PROGENITOR INHIBITORY FACTOR-1 / MPIF-1


分子量: 8869.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12-DERIVED STRAIN SGI3009 / 参照: UniProt: P55773

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
121HN(CA)CB
131CBCA(CO)NH
141(H)CCH-TOCSY
2523D 15N-separated NOESY
262HNHA
3732D NOESY
383DQF-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM MPIF-1 U-13C,15N90% H2O, 10% D2O, pH 5.2
22 mM MPIF-1 U-15N90% H2O, 10% D2O, pH 5.2
32 mM MPIF-199.99 % D2O, pH 5.2
試料状態イオン強度: 20 mM sodium acetate / pH: 5.2 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1Brunger構造決定
X-PLOR3.1Brunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 711 NOE, 82 dihedral, and 36 H-bonding restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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