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- PDB-5c46: Crystal structure of an engineered construct of phosphatidylinosi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c46
タイトルCrystal structure of an engineered construct of phosphatidylinositol 4 kinase III beta in complex with GTP gamma S loaded Rab11
要素
  • Phosphatidylinositol 4-kinase beta
  • Ras-related protein Rab-11A
キーワードTransferase/Signaling Protein / Protein-protein complex / lipid kinase / GTPase complex / Transferase-Signaling Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of protein localization to centrosome / synaptic vesicle endosomal processing / : / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / regulation of endocytic recycling / establishment of protein localization to organelle / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process ...: / regulation of protein localization to centrosome / synaptic vesicle endosomal processing / : / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / regulation of endocytic recycling / establishment of protein localization to organelle / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / establishment of vesicle localization / rough endoplasmic reticulum membrane / regulation of cilium assembly / amyloid-beta clearance by transcytosis / regulation of protein transport / presynaptic endosome / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / exosomal secretion / vesicle-mediated transport in synapse / plasma membrane to endosome transport / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / regulation of vesicle-mediated transport / protein transmembrane transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / astral microtubule organization / multivesicular body assembly / phosphatidylinositol biosynthetic process / protein localization to cilium / melanosome transport / Golgi to plasma membrane protein transport / establishment of protein localization to membrane / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / syntaxin binding / dynein light intermediate chain binding / mitotic metaphase chromosome alignment / lysosome organization / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / exocytosis / inner ear development / cleavage furrow / positive regulation of epithelial cell migration / mitotic spindle assembly / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / transport vesicle / phagocytic vesicle / vesicle-mediated transport / multivesicular body / 14-3-3 protein binding / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / receptor-mediated endocytosis / cytoplasmic vesicle membrane / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / regulation of cytokinesis / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / centriole / trans-Golgi network / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / recycling endosome / Schaffer collateral - CA1 synapse / recycling endosome membrane / spindle pole / neuron projection development / endocytic vesicle membrane / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / synaptic vesicle membrane / G protein activity / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / : / Small GTPase Rab domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site ...: / : / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / : / Small GTPase Rab domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-11A / Phosphatidylinositol 4-kinase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Burke, J.E. / Fowler, M.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)NSERC-2014-05218 カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Using hydrogen deuterium exchange mass spectrometry to engineer optimized constructs for crystallization of protein complexes: Case study of PI4KIII beta with Rab11.
著者: Fowler, M.L. / McPhail, J.A. / Jenkins, M.L. / Masson, G.R. / Rutaganira, F.U. / Shokat, K.M. / Williams, R.L. / Burke, J.E.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Phosphatidylinositol 4-kinase beta
F: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1316
ポリマ－85,3762
非ポリマー7564
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area29450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.940, 97.950, 190.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 EF

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4-kinase beta / PtdIns 4-kinase beta / NPIK


分子量: 60683.840 Da / 分子数: 1 / 変異: S294A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PI4KB, PIK4CB / プラスミド: pOPTH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UBF8, 1-phosphatidylinositol 4-kinase
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-11A / Rab-11 / YL8


分子量: 24691.818 Da / 分子数: 1 / 変異: Q70L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11A, RAB11 / プラスミド: pOPTG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62491

-
非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG-4000, sodium citrate, ammonium sulfate, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→48.98 Å / Num. obs: 27529 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 61.39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 173010 / Scaling rejects: 1209
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.65-2.786.20.922.62208835810.8150.40599.9
8.79-48.985.30.04341.645678610.9980.0298.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D0L

4d0l


解像度: 2.65→48.975 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 1402 5.13 %
Rwork0.2161 25912 -
obs0.2177 27314 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.59 Å2 / Biso mean: 82.1371 Å2 / Biso min: 38.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→48.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5172 0 43 4 5219
Biso mean--88.76 64.99 -
残基数----644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5517190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002905
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3261979
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6501-2.74480.44571230.39192559268299
2.7448-2.85470.37851150.32542554266999
2.8547-2.98460.31491270.28122530265799
2.9846-3.1420.34531340.2632558269299
3.142-3.33880.30291610.254725442705100
3.3388-3.59650.24081560.23792550270699
3.5965-3.95830.26231310.20842591272299
3.9583-4.53070.19831360.177226272763100
4.5307-5.70680.21511520.18626242776100
5.7068-48.98340.21531670.191927752942100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97980.2180.65651.51642.2765.47660.1848-0.0467-0.26220.3431-0.0179-0.16480.5603-0.0583-0.16110.62430.0021-0.09630.4987-0.01240.5868-18.2248-0.3384-15.9611
23.71140.79480.32363.1339-0.83682.89380.12050.094-0.1797-0.0084-0.04860.36640.1724-0.4874-0.09410.5733-0.1169-0.02990.7105-0.24310.6624-31.0555-3.9675-35.591
32.2963-1.14910.97473.2165-0.89642.7784-0.01340.43060.1149-0.18830.0289-0.24550.04650.1839-0.03650.3817-0.08540.0090.5105-0.04360.4296-18.50622.4512-30.4254
43.2841.2497-0.66133.3180.0555.55940.1242-0.17820.05590.12720.11770.3523-0.0349-0.3936-0.26570.5255-0.0354-0.04770.79050.0820.5483-15.20458.117829.8523
52.01560.0742.60554.24780.11933.6185-1.0631-0.41511.63080.38710.84070.1995-0.74630.59350.09590.65030.12550.02990.8982-0.02970.7708-11.511513.494716.822
69.5575-0.5181-3.57534.8240.14977.11260.29790.25220.29590.12360.14390.4521-0.7656-1.4013-0.37810.64360.1002-0.05510.8970.10090.5744-16.823310.516434.5112
73.1064-1.52123.76834.7178-2.13144.58390.61980.42-0.4535-0.11870.0912-0.59790.44320.0377-0.61310.80290.1691-0.02231.1325-0.28611.47930.3472.010223.4024
83.4440.999-0.53583.63150.95023.71740.0965-0.6275-0.2753-0.51070.2468-0.15440.6054-0.4868-0.34250.8658-0.1232-0.00840.6440.17380.6256-11.363-0.285725.7541
98.33830.11512.08857.9721-1.04885.49870.147-1.0795-2.37260.32860.7964-1.26091.5183-0.4115-0.72480.974-0.005-0.05790.33210.21711.0582-8.4002-8.379522.8541
105.4462.1593-3.54895.49050.89513.5896-0.2433-0.4494-0.77720.9731-0.1439-0.00930.2193-0.62360.22280.8697-0.2319-0.11710.61870.22190.7799-15.5085-4.047630.0914
114.16862.78681.63812.28051.24426.00660.35740.1224-0.4497-0.3510.0840.17231.3465-1.6469-0.42490.9407-0.3448-0.10610.73950.09830.6684-21.9292-1.21469.072
125.8220.746-0.74175.8001-0.80656.2921-0.0147-0.4842-0.83360.4012-0.01440.16311.3779-1.7249-0.03950.8618-0.3928-0.06730.95590.13070.6497-22.7575-4.967420.7457
136.27071.7083-1.89945.275-2.23589.1665-0.0874-1.0263-0.69270.2791-0.10960.18650.3962-1.0218-0.05830.5834-0.09380.03661.33940.06270.6391-23.2251.123836.7053
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'E' and (resid 128 through 360 )E0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'E' and (resid 361 through 554 )E0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 555 through 782 )E0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 6 through 32 )F0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 33 through 45 )F0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 46 through 67 )F0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 68 through 78 )F0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 79 through 95 )F0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 96 through 112 )F0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 113 through 124 )F0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 125 through 135 )F0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 136 through 160 )F0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 161 through 180 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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