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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5c3r | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the full-length Neurospora crassa T7H in complex with alpha-KG and 5-hydroxymethyluracil (5hmU) | |||||||||||||||
![]() | Thymine dioxygenase | |||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / dioxygenase / substrate B / DSBH fold | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Li, W. / Zhang, T. / Ding, J. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for the substrate specificity and catalytic mechanism of thymine-7-hydroxylase in fungi 著者: Li, W. / Zhang, T. / Ding, J. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 518.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 426.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 508.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 518.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 38538.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987 遺伝子: NCU06416 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 582分子 ![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/HMU.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/HMU.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NI / #3: 化合物 | ChemComp-AKG / #4: 化合物 | ChemComp-HMU / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 25%(W/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 53781 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.409 / Net I/av σ(I): 19.3 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 166072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5C3O 解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 11.755 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.514 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 82.21 Å2 / Biso mean: 30.573 Å2 / Biso min: 9.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.35→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.352→2.413 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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