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- PDB-5c3r: Crystal structure of the full-length Neurospora crassa T7H in com... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c3r | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of the full-length Neurospora crassa T7H in complex with alpha-KG and 5-hydroxymethyluracil (5hmU) | |||||||||||||||
![]() | Thymine dioxygenase | |||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / dioxygenase / substrate B / DSBH fold | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() small molecule biosynthetic process / : / dioxygenase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Li, W. / Zhang, T. / Ding, J. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular basis for the substrate specificity and catalytic mechanism of thymine-7-hydroxylase in fungi Authors: Li, W. / Zhang, T. / Ding, J. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 518.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 426.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 508.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 518.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 51.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 72.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5c3oSC ![]() 5c3pC ![]() 5c3qC ![]() 5c3sC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 38538.242 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987 Gene: NCU06416 / Plasmid: pET-28a / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 582 molecules ![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/HMU.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/HMU.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Chemical | ChemComp-AKG / #4: Chemical | ChemComp-HMU / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M BIS-TRIS, 25%(W/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. obs: 53781 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.409 / Net I/av σ(I): 19.3 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 166072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5C3O Resolution: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 11.755 / SU ML: 0.149 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.514 / ESU R Free: 0.249 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 82.21 Å2 / Biso mean: 30.573 Å2 / Biso min: 9.93 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.352→2.413 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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