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- PDB-5c3f: Crystal structure of Mcl-1 bound to BID-MM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c3f
タイトルCrystal structure of Mcl-1 bound to BID-MM
要素
  • BID-MM
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / Complex / Bcl-2 Family / BH3 / Stapled Peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / positive regulation of fibroblast apoptotic process / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / regulation of epithelial cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination ...Activation and oligomerization of BAK protein / cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / positive regulation of fibroblast apoptotic process / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / regulation of epithelial cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein targeting to mitochondrion / cellular homeostasis / establishment of protein localization to membrane / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / positive regulation of mitochondrial membrane potential / BH domain binding / regulation of T cell proliferation / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / hepatocyte apoptotic process / BH3 domain binding / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / supramolecular fiber organization / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / positive regulation of protein-containing complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / protein-containing complex assembly / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site ...BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BH3-interacting domain death agonist / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Miles, J.A. / Yeo, D.J. / Rowell, P. / Rodriguez-Marin, S. / Pask, C.M. / Warriner, S.L. / Edwards, T.A. / Wilson, A.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-StG-240324 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2016
タイトル: Hydrocarbon constrained peptides - understanding preorganisation and binding affinity.
著者: Miles, J.A. / Yeo, D.J. / Rowell, P. / Rodriguez-Marin, S. / Pask, C.M. / Warriner, S.L. / Edwards, T.A. / Wilson, A.J.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: BID-MM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5763
ポリマ－20,4842
非ポリマー921
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.830, 37.020, 56.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17765.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド BID-MM


分子量: 2719.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55957*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 18% PEG 20000, 0.1 M TRIS pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→46.54 Å / Num. obs: 32047 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.43→1.467 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NL9

2nl9


解像度: 1.43→46.539 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1765 1528 4.77 %
Rwork0.1618 --
obs0.1625 32015 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→46.539 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1393 0 6 190 1589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.681941
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.249556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051217
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003247
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4301-1.47620.26441100.26682700X-RAY DIFFRACTION98
1.4762-1.5290.28481330.24292729X-RAY DIFFRACTION99
1.529-1.59020.29851380.22912720X-RAY DIFFRACTION99
1.5902-1.66260.21961330.21132741X-RAY DIFFRACTION99
1.6626-1.75020.2081500.17962739X-RAY DIFFRACTION100
1.7502-1.85990.21411570.17112753X-RAY DIFFRACTION100
1.8599-2.00350.17181290.14962762X-RAY DIFFRACTION99
2.0035-2.20510.14961480.14212791X-RAY DIFFRACTION100
2.2051-2.52420.15941530.13752788X-RAY DIFFRACTION99
2.5242-3.18010.15631390.14622825X-RAY DIFFRACTION99
3.1801-46.56340.16351380.15922939X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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