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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5c2y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae Rtr1 (regulator of transcription) | ||||||
![]() | RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RTR1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / regulator of transcription / zinc finger motif / phosphatase | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / RNA polymerase core enzyme binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / protein-serine/threonine phosphatase / transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yogesha, S.D. / Irani, S. / Zhang, Y.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Saccharomyces cerevisiae Rtr1 reveals an active site for an atypical phosphatase. 著者: Irani, S. / Yogesha, S.D. / Mayfield, J. / Zhang, M. / Zhang, Y. / Matthews, W.L. / Nie, G. / Prescott, N.A. / Zhang, Y.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21237.148 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-178 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RTR1, YER139C 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P40084, protein-serine/threonine phosphatase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 % / 解説: needle shape |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 1.25M Lithium sulfate / Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.288 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 14886 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.169 / Net I/σ(I): 9.24 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / % possible all: 71.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→45.181 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.181 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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